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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4gua | ||||||
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タイトル | Alphavirus P23pro-zbd | ||||||
要素 | Non-structural polyprotein | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / viral precursor polyprotein / protease (プロテアーゼ) / zinc-binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell filopodium / ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase / mRNA methyltransferase activity / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / positive stranded viral RNA replication / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity ...host cell filopodium / ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase / mRNA methyltransferase activity / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / positive stranded viral RNA replication / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / cysteine-type peptidase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / host cell cytoplasmic vesicle membrane / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / nucleoside-triphosphate phosphatase / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / ヘリカーゼ / RNA依存性RNAポリメラーゼ / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / GTP binding / host cell plasma membrane / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Sindbis virus (シンドビスウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.854 Å | ||||||
データ登録者 | Shin, G. / Yost, S. / Miller, M. / Marcotrigiano, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012 タイトル: Structural and functional insights into alphavirus polyprotein processing and pathogenesis. 著者: Shin, G. / Yost, S.A. / Miller, M.T. / Elrod, E.J. / Grakoui, A. / Marcotrigiano, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4gua.cif.gz | 770.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4gua.ent.gz | 647.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4gua.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/4gua ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/4gua | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 74770.422 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 1011-1675 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Sindbis virus (シンドビスウイルス) 株: Toto1101 / 遺伝子: P1234 polyprotein / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P03317, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの, ...参照: UniProt: P03317, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの, ポリヌクレオチド-5'-ホスファターゼ, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ, nucleoside-triphosphate phosphatase, ヘリカーゼ, RNA依存性RNAポリメラーゼ #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-MES / #4: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.02 Å3/Da |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2 M ammonium sulfate, 0.1 M 2-(N-morpholino)ethane sulfonic acid (MES) (pH 6.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.2824 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月19日 / 詳細: Double silicon(111) crystal monochromator |
放射 | モノクロメーター: Double silicon(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.2824 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.85→52.05 Å / Num. all: 105939 / Num. obs: 105713 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 シェル | 解像度: 2.85→3.01 Å / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 1.103 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8_1066) / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRIES 2HWK, 3GPG 解像度: 2.854→48.176 Å / SU ML: 0.31 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.84 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 64.65 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.09 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.854→48.176 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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