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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4gst | ||||||
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タイトル | REACTION COORDINATE MOTION IN AN SNAR REACTION CATALYZED BY GLUTATHIONE TRANSFERASE | ||||||
要素 | GLUTATHIONE S-TRANSFERASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / GLUTATHIONE TRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Glutathione conjugation / nitrobenzene metabolic process / cellular detoxification of nitrogen compound / glutathione derivative biosynthetic process / glutathione binding / response to metal ion / prostaglandin metabolic process / nickel cation binding / glutathione transferase / glutathione transferase activity ...Glutathione conjugation / nitrobenzene metabolic process / cellular detoxification of nitrogen compound / glutathione derivative biosynthetic process / glutathione binding / response to metal ion / prostaglandin metabolic process / nickel cation binding / glutathione transferase / glutathione transferase activity / response to axon injury / response to amino acid / xenobiotic catabolic process / hepoxilin biosynthetic process / steroid binding / glutathione metabolic process / response to lead ion / cellular response to xenobiotic stimulus / sensory perception of smell / response to ethanol / response to xenobiotic stimulus / protein kinase binding / enzyme binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / extracellular region / identical protein binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus rattus (エジプトネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Ji, X. / Armstrong, R.N. / Gilliland, G.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993 タイトル: Snapshots along the reaction coordinate of an SNAr reaction catalyzed by glutathione transferase. 著者: Ji, X. / Armstrong, R.N. / Gilliland, G.L. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1993 タイトル: Tyrosine 115 Participates Both in Chemical and Physical Steps of the Catalytic Mechanism of a Glutathione S-Transferase 著者: Johnson, W.W. / Liu, S. / Ji, X. / Gilliland, G.L. / Armstrong, R.N. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1992 タイトル: Contribution of Tyrosine 6 to the Catalytic Mechanism of Isoenzyme 3-3 of Glutathione S-Transferase 著者: Liu, S. / Zhang, P. / Ji, X. / Johnson, W.W. / Gilliland, G.L. / Armstrong, R.N. #3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992 タイトル: The Three-Dimensional Structure of a Glutathione S-Transferase from the Mu Gene Class. Structural Analysis of the Binary Complex of Isoenzyme 3-3 and Glutathione at 2.2 Angstroms Resolution 著者: Ji, X. / Zhang, P. / Armstrong, R.N. / Gilliland, G.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4gst.cif.gz | 113.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4gst.ent.gz | 87.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4gst.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4gst_validation.pdf.gz | 523.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4gst_full_validation.pdf.gz | 548.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4gst_validation.xml.gz | 14.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4gst_validation.cif.gz | 22.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/4gst ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/4gst | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUES 38, 60, AND 206 OF BOTH CHAINS ARE CIS PROLINES. | |||||||||
Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.8258, -0.0683, 0.5599), ベクター: 詳細 | THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN *B* WHEN APPLIED TO CHAIN *A*, WHICH CORRESPONDS TO A ROTATION OF 179.749 DEGREES AROUND THE DIRECTION 0.9536 -0.0553 0.2959. | |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25818.791 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rattus rattus (エジプトネズミ) 参照: UniProt: P04905, glutathione transferase #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.9 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 6.9 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: referred to 'Sesay, M. A.', (1987) J.Mol.Biol., 197, 377-378 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / Num. all: 91596 / Num. obs: 36138 / Rmerge(I) obs: 0.0657 |
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-解析
ソフトウェア | 名称: GPRLSA / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | Rfactor obs: 0.18 / 最高解像度: 1.9 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.9 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. reflection obs: 29072 / σ(I): 2 / Rfactor obs: 0.18 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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