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- PDB-4fzl: High resolution structure of truncated bacteriocin syringacin M f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fzl
タイトルHigh resolution structure of truncated bacteriocin syringacin M from Pseudomonas syringae pv. tomato DC3000
要素Bacteriocinバクテリオシン
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN (抗微生物ペプチド) / Phosphatase (ホスファターゼ) / Calcium binding (カルシウム) / Lipid II binding (脂質)
機能・相同性
機能・相同性情報


killing of cells of another organism / defense response to bacterium / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase; domain 1 - #790 / Colicin M, catalytic domain / Colicin M / Colicin M / Β-ラクタマーゼ / DNA polymerase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bacteriocin, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas syringae pv. tomato (シュードモナス・シリンガエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Roszak, A.W. / Grinter, R. / Cogdell, J.R. / Walker, D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: The Crystal Structure of the Lipid II-degrading Bacteriocin Syringacin M Suggests Unexpected Evolutionary Relationships between Colicin M-like Bacteriocins.
著者: Grinter, R. / Roszak, A.W. / Cogdell, R.J. / Milner, J.J. / Walker, D.
履歴
登録2012年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月28日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriocin
B: Bacteriocin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,44620
ポリマ－53,4642
非ポリマー98218
水9,926551
1
A: Bacteriocin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,24210
ポリマ－26,7321
非ポリマー5109
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Bacteriocin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,20410
ポリマ－26,7321
非ポリマー4729
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Bacteriocin
ヘテロ分子

A: Bacteriocin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,44620
ポリマ－53,4642
非ポリマー98218
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
Buried area3360 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area22480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.810, 96.090, 64.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.17, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Bacteriocin / バクテリオシン


分子量: 26731.904 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 38-276 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. tomato (シュードモナス・シリンガエ)
株: DC3000 / 遺伝子: PSPTO_0572 / プラスミド: pETMDC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q88A25

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非ポリマー , 5種, 569分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 551 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.04 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 8% w/v PEG 8000, 30% v/v ethylene glycol, 0.13 M CaCl2, 0.03 M MgCl2, 0.1 M Bicine/Tris base, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97631 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月29日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97631 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→50.92 Å / Num. all: 106648 / Num. obs: 106648 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 23.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 1.46→1.5 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.966 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 7853 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
EDNAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.46→50.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 4.133 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.063 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20117 5244 5 %RANDOM
Rwork0.15157 ---
all0.15406 99482 --
obs0.15406 99482 97.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.937 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.67 Å20 Å21.9 Å2
2---1.85 Å20 Å2
3----0.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.46→50.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3645 0 57 551 4253
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0193945
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022621
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0971.9495380
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1636410
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7245523
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.58724.469179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.79215609
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9451524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1320.2604
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0214527
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02793
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.87336566
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free40.4035198
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded24.14456835
LS精密化 シェル解像度: 1.46→1.498 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 382 -
Rwork0.307 7091 -
obs--96.28 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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