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- PDB-4fr4: Crystal structure of human serine/threonine-protein kinase 32A (YANK1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fr4
タイトルCrystal structure of human serine/threonine-protein kinase 32A (YANK1)
要素Serine/threonine-protein kinase 32A
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-serine phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. ...Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
スタウロスポリン / Serine/threonine-protein kinase 32A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Elkins, J.M. / Krojer, T. / Mahajan, P. / Goubin, S. / Szklarz, M. / Tumber, A. / Wang, J. / Savitsky, P. / Shrestha, B. ...Chaikuad, A. / Elkins, J.M. / Krojer, T. / Mahajan, P. / Goubin, S. / Szklarz, M. / Tumber, A. / Wang, J. / Savitsky, P. / Shrestha, B. / Daga, N. / Picaud, S. / Fedorov, O. / Allerston, C.K. / Latwiel, S.V.A. / Vollmar, M. / Canning, P. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of human serine/threonine-protein kinase 32A (YANK1)
著者: Chaikuad, A. / Elkins, J.M. / Krojer, T. / Mahajan, P. / Goubin, S. / Szklarz, M. / Tumber, A. / Wang, J. / Savitsky, P. / Shrestha, B. / Daga, N. / Picaud, S. / Fedorov, O. / Allerston, C.K. ...著者: Chaikuad, A. / Elkins, J.M. / Krojer, T. / Mahajan, P. / Goubin, S. / Szklarz, M. / Tumber, A. / Wang, J. / Savitsky, P. / Shrestha, B. / Daga, N. / Picaud, S. / Fedorov, O. / Allerston, C.K. / Latwiel, S.V.A. / Vollmar, M. / Canning, P. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2012年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase 32A
B: Serine/threonine-protein kinase 32A
C: Serine/threonine-protein kinase 32A
D: Serine/threonine-protein kinase 32A
E: Serine/threonine-protein kinase 32A
F: Serine/threonine-protein kinase 32A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)274,28520
ポリマ-270,9896
非ポリマー3,29614
18,0691003
1
A: Serine/threonine-protein kinase 32A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6933
ポリマ-45,1651
非ポリマー5292
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Serine/threonine-protein kinase 32A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7554
ポリマ-45,1651
非ポリマー5913
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Serine/threonine-protein kinase 32A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8185
ポリマ-45,1651
非ポリマー6534
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Serine/threonine-protein kinase 32A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6312
ポリマ-45,1651
非ポリマー4671
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Serine/threonine-protein kinase 32A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6933
ポリマ-45,1651
非ポリマー5292
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Serine/threonine-protein kinase 32A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6933
ポリマ-45,1651
非ポリマー5292
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.110, 154.110, 112.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
12A
22B
32C
42D
52E
62F
13A
23B
33C
14D
24E
34F
15A
25E
16B
26C
17D
27F
18A
28B
38C
48D
58E
68F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLUGLUILEILE3AA14 - 258 - 19
211GLUGLUILEILE3BB14 - 258 - 19
311GLUGLUILEILE3CC14 - 258 - 19
411GLUGLUILEILE3DD14 - 258 - 19
511GLUGLUILEILE3EE14 - 258 - 19
611GLUGLUILEILE3FF14 - 258 - 19
121LEULEUALAALA6AA26 - 2820 - 22
221LEULEUALAALA6BB26 - 2820 - 22
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521LEULEUALAALA6EE26 - 2820 - 22
621LEULEUALAALA6FF26 - 2820 - 22
131ILEILEMETMET3AA29 - 5123 - 45
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331ILEILEMETMET3CC29 - 5123 - 45
431ILEILEMETMET3DD29 - 5123 - 45
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141ASNASNVALVAL3AA55 - 6549 - 59
241ASNASNVALVAL3BB55 - 6549 - 59
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541ASNASNVALVAL3EE55 - 6549 - 59
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151ASNASNMETMET3AA67 - 7561 - 69
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161GLYGLYPHEPHE2AA77 - 16571 - 159
261GLYGLYPHEPHE2BB77 - 16571 - 159
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461GLYGLYPHEPHE2DD77 - 16571 - 159
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661GLYGLYPHEPHE2FF77 - 16571 - 159
112ILEILETRPTRP2AA167 - 206161 - 200
212ILEILETRPTRP2BB167 - 206161 - 200
312ILEILETRPTRP2CC167 - 206161 - 200
412ILEILETRPTRP2DD167 - 206161 - 200
512ILEILETRPTRP2EE167 - 206161 - 200
612ILEILETRPTRP2FF167 - 206161 - 200
113TRPTRPLEULEU2AA207 - 305201 - 299
213TRPTRPLEULEU2BB207 - 305201 - 299
313TRPTRPLEULEU2CC207 - 305201 - 299
123CYSCYSLYSLYS4AA307 - 321301 - 315
223CYSCYSLYSLYS4BB307 - 321301 - 315
323CYSCYSLYSLYS4CC307 - 321301 - 315
114TRPTRPLYSLYS2DD207 - 321201 - 315
214TRPTRPLYSLYS2EE207 - 321201 - 315
314TRPTRPLYSLYS2FF207 - 321201 - 315
115LYSLYSVALVAL2AA339 - 355333 - 349
215LYSLYSVALVAL2EE339 - 355333 - 349
116LYSLYSVALVAL2BB339 - 355333 - 349
216LYSLYSVALVAL2CC339 - 355333 - 349
117ASPASPVALVAL2DD336 - 355330 - 349
217ASPASPVALVAL2FF336 - 355330 - 349
118GLNGLNPHEPHE2AA356 - 371350 - 365
218GLNGLNPHEPHE2BB356 - 371350 - 365
318GLNGLNPHEPHE2CC356 - 371350 - 365
418GLNGLNPHEPHE2DD356 - 371350 - 365
518GLNGLNPHEPHE2EE356 - 371350 - 365
618GLNGLNPHEPHE2FF356 - 371350 - 365

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.553822, 0.832274, 0.024518), (0.832459, -0.55407, 0.004288), (0.017153, 0.018036, -0.99969)-225.22955, 321.24414, -101.26797
3given(-0.478496, 0.877888, -0.018855), (-0.878071, -0.478516, 0.003688), (-0.005785, 0.01832, 0.999815)-239.15379, 218.81169, -78.3996
4given(-0.994528, 0.103675, 0.01286), (0.103688, 0.99461, 0.00035), (-0.012754, 0.001682, -0.999917)-98.70463, -36.47165, -135.70724
5given(0.422091, -0.90587, 0.035199), (-0.906388, -0.422437, -0.002677), (0.017294, -0.030774, -0.999377)158.27574, 253.5542, -165.21646
6given(-0.487039, -0.873325, -0.009849), (0.873281, -0.487123, 0.009609), (-0.013189, -0.003921, 0.999905)75.92924, 316.78668, -37.44228
詳細THE AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

-
要素

#1: タンパク質
Serine/threonine-protein kinase 32A / YANK1


分子量: 45164.801 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 9-390 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STK32A / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8WU08, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-STU / STAUROSPORINE / スタウロスポリン / スタウロスポリン


分子量: 466.531 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : C28H26N4O3
コメント: 抗がん剤, 抗真菌剤, 抗生剤, alkaloid*YM
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1003 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.63 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M sodium acetate, 10% ethylene glycol, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9173 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年6月1日 / 詳細: Kirkpatrick Baez bimorph mirror pair
放射モノクロメーター: Si (111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→51.68 Å / Num. all: 128341 / Num. obs: 128336 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 35.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.29→2.41 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.638 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 19231 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3A8X, 3L9N and 3G51
解像度: 2.29→50.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 14.251 / SU ML: 0.179 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / ESU R: 0.296 / ESU R Free: 0.224 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24449 6421 5 %RANDOM
Rwork0.20436 ---
obs0.20636 121915 95.73 %-
all-128336 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.803 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.95 Å20.97 Å20 Å2
2--1.95 Å20 Å2
3----2.92 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.29→50.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16848 0 242 1003 18093
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0217740
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0212046
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4881.9624079
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7763.00129318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.93352136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.54524.539901
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.797153108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.0881599
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.22576
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0219629
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Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
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8D146MEDIUM THERMAL3.342
8E146MEDIUM THERMAL4.832
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LS精密化 シェル解像度: 2.29→2.349 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 473 -
Rwork0.309 9265 -
obs--98.01 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
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221.4179-0.67640.36142.16480.0922.41570.07550.0487-0.1574-0.0568-0.0434-0.00670.37350.2099-0.03210.1030.043-0.02990.0955-0.02010.0384-53.8281177.9433-38.9731
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A14 - 66
2X-RAY DIFFRACTION2A67 - 308
3X-RAY DIFFRACTION3A309 - 322
4X-RAY DIFFRACTION4A333 - 373
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9X-RAY DIFFRACTION9C14 - 66
10X-RAY DIFFRACTION10C67 - 305
11X-RAY DIFFRACTION11C306 - 321
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13X-RAY DIFFRACTION13D14 - 66
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21X-RAY DIFFRACTION21F14 - 66
22X-RAY DIFFRACTION22F67 - 299
23X-RAY DIFFRACTION23F300 - 321
24X-RAY DIFFRACTION24F336 - 373

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る