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万見
- PDB-4fbj: Structure of the Cif:Nedd8 complex - Photorhabdus luminescens Cyc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fbj
タイトルStructure of the Cif:Nedd8 complex - Photorhabdus luminescens Cycle Inhibiting Factor in complex with human Nedd8
要素
  • Hypothetical protein
  • NEDD8
キーワードCELL CYCLE/PROTEIN BINDING / Effector-Host target complex / Glutamine deamidase / Deamidation (脱アミド) / BACTERIAL EFFECTOR / CELL CYCLE-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host cell cycle progression / protein-glutamine glutaminase / regulation of proteolysis / protein neddylation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / anatomical structure morphogenesis / Iron uptake and transport / protein modification process / modification-dependent protein catabolic process / protein localization ...symbiont-mediated perturbation of host cell cycle progression / protein-glutamine glutaminase / regulation of proteolysis / protein neddylation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / anatomical structure morphogenesis / Iron uptake and transport / protein modification process / modification-dependent protein catabolic process / protein localization / protein tag activity / UCH proteinases / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Neddylation / toxin activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / hydrolase activity / ubiquitin protein ligase binding / host cell nucleus / regulation of transcription by RNA polymerase II / タンパク質分解 / extracellular exosome / extracellular region / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Protein-glutamine deamidase Cif / Cycle inhibiting factor (CIF) / Nedd8-like ubiquitin / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues ...Protein-glutamine deamidase Cif / Cycle inhibiting factor (CIF) / Nedd8-like ubiquitin / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / ユビキチン様タンパク質 / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NEDD8 / Protein-glutamine deamidase Cif
類似検索 - 構成要素
生物種Photorhabdus luminescens subsp. laumondii (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Crow, A. / Banfield, M.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: The molecular basis of Nedd8 deamidation by the bacterial effector protein Cif
著者: Crow, A. / Hughes, R.K. / Taieb, F. / Oswald, E. / Banfield, M.J.
履歴
登録2012年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein
B: NEDD8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7173
ポリマ－39,6822
非ポリマー351
水6,774376
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2800 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area14660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.730, 56.090, 67.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.13, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein / / Cif


分子量: 29637.326 Da / 分子数: 1 / 断片: Effector domain, UNP residues 53-313 / 変異: C123S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Photorhabdus luminescens subsp. laumondii (バクテリア)
株: TT01 / 遺伝子: plu2515 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7N439
#2: タンパク質 NEDD8 / / Neddylin / Neural precursor cell expressed developmentally down-regulated protein 8 / NEDD-8 / ...Neddylin / Neural precursor cell expressed developmentally down-regulated protein 8 / NEDD-8 / Ubiquitin-like protein Nedd8


分子量: 10044.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NEDD8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rossetta (DE3) / 参照: UniProt: Q15843
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 376 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細THE LIGAND IN THE STRUCTURE IS AN UNKNOWN ATOM OR ION WHICH MAY PROBABABLY BE AN CHLORIDE, AND WAS ...THE LIGAND IN THE STRUCTURE IS AN UNKNOWN ATOM OR ION WHICH MAY PROBABABLY BE AN CHLORIDE, AND WAS REFINED AS CL A 401.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.77 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 20% PEG 4000, 200mM sodium acetate, 100mM MES pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9134 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月30日
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9134 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→42.6 Å / Num. all: 39093 / Num. obs: 39093 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.4 % / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.288 / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 3GQJ and 1NDD

3gqj

1ndd


解像度: 1.6→38.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 4.185 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23624 1881 5 %RANDOM
Rwork0.16485 ---
obs0.16848 35599 95.87 %-
all-39093 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.474 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.21 Å20 Å2-0.43 Å2
2---0.46 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→38.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2586 0 1 376 2963
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0222829
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0471.9773850
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8735366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.81425.942138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.65115551
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9831515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1430.2429
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212167
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4131.51742
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.62822853
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.33331087
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.6424.5997
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.82932417
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 120 -
Rwork0.263 2634 -
obs--95.36 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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