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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4fab | |||||||||
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タイトル | THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF A FLUORESCEIN-FAB COMPLEX CRYSTALLIZED IN 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL | |||||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNOGLOBULIN (抗体) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of B cell activation / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / early endosome to late endosome transport / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / regulation of proteolysis / positive regulation of type I hypersensitivity / 抗体依存性細胞傷害 / Fc-gamma receptor I complex binding / phagocytosis, engulfment ...positive regulation of B cell activation / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / early endosome to late endosome transport / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / regulation of proteolysis / positive regulation of type I hypersensitivity / 抗体依存性細胞傷害 / Fc-gamma receptor I complex binding / phagocytosis, engulfment / endosome to lysosome transport / immunoglobulin complex, circulating / IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin receptor binding / positive regulation of endocytosis / immunoglobulin mediated immune response / antigen processing and presentation / positive regulation of phagocytosis / complement activation, classical pathway / antigen binding / エンドソーム / response to bacterium / positive regulation of immune response / antibacterial humoral response / extracellular space / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Herron, J.N. / He, X. / Mason, M.L. / Vossjunior, E.W. / Edmundson, A.B. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 1989 タイトル: Three-dimensional structure of a fluorescein-Fab complex crystallized in 2-methyl-2,4-pentanediol. 著者: Herron, J.N. / He, X.M. / Mason, M.L. / Voss Jr., E.W. / Edmundson, A.B. #1: ジャーナル: Proteins / 年: 1988 タイトル: Differences in Crystal Properties and Ligand Affinities of an Antifluorescyl Fab (4-4-20) in Two Solvent Systems 著者: Gibson, A.L. / Herron, J.N. / He, X.-M. / Patrick, V.A. / Mason, M.L. / Lin, J.-N. / Kranz, D.M. / Vossjunior, E.W. / Edmundson, A.B. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4fab.cif.gz | 94 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4fab.ent.gz | 73.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4fab.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/4fab ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/4fab | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUES PRO L 8, PRO L 100, PRO L 146, AND PRO H 152 ARE CIS PROLINES. |
-要素
#1: 抗体 | 分子量: 24187.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: GenBank: 1589925 |
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#2: 抗体 | 分子量: 23662.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01865 |
#3: 化合物 | ChemComp-FLU / |
#4: 化合物 | ChemComp-MPD / ( |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.07 % | ||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 12-14 ℃ / 手法: batch method | ||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.7 Å / Num. obs: 11116 |
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-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.7→6 Å / σ(I): 1.5 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.215 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |