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- PDB-4emx: Crystal structure analysis of Human Serum Albumin in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4emx
タイトルCrystal structure analysis of Human Serum Albumin in complex with chloride anions at cryogenic temperature
要素Serum albumin
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / plasma / drug binding (薬物) / antioxidant (抗酸化物質) / allostery (アロステリック効果) / redox biology / all alpha / disulfide bond stabilized / human plasma osmotic regulation / transport / extracellular space / free radicals
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / ヘム / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / ヘム / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / toxic substance binding / Scavenging of heme from plasma / Recycling of bile acids and salts / cellular response to starvation / platelet alpha granule lumen / fatty acid binding / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / pyridoxal phosphate binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / copper ion binding / 小胞体 / ゴルジ体 / 小胞体 / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin ...Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Botti, H. / Bonilla, L. / Trajtenberg, F. / Radi, R. / Buschiazzo, A.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: New insights on B factors in crystal structure analysis and crystallographic model refinement
著者: Botti, H. / Bonilla, L. / Trajtenberg, F. / Radi, R. / Buschiazzo, A.
履歴
登録2012年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serum albumin
B: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,3558
ポリマ－133,1422
非ポリマー2136
水4,107228
1
A: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,6784
ポリマ－66,5711
非ポリマー1063
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,6784
ポリマ－66,5711
非ポリマー1063
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.880, 59.230, 95.610
Angle α, β, γ (deg.)75.170, 87.830, 74.200
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B
13A
23B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A4 - 199
2114B4 - 199
1123A200 - 389
2123B200 - 389
1131A390 - 582
2131B390 - 582

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Serum albumin /


分子量: 66571.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02768
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2 microL 100 mg/mL protein in 50 mM disodium/monosodium phosphate buffer and 100 mM NaCl were mixed with 2 uL 25% PEG 3350, 50 mM disodium/monosodium phosphate buffer, 100 mM NaCl, pH 7.5, ...詳細: 2 microL 100 mg/mL protein in 50 mM disodium/monosodium phosphate buffer and 100 mM NaCl were mixed with 2 uL 25% PEG 3350, 50 mM disodium/monosodium phosphate buffer, 100 mM NaCl, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.0809 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月23日 / 詳細: Crystal Type: Si(111)
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0809 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→25.566 Å / Num. all: 50973 / Num. obs: 50973 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 2.6 % / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.28-2.42.60.3671.91977675790.36795
2.4-2.552.60.2342.91875372100.23495
2.55-2.732.60.1631.21757867320.16394.7
2.73-2.942.60.1076.41644863080.10795
2.94-3.222.60.0788.31495457220.07894.3
3.22-3.612.60.0629.51343551580.06293.9
3.61-4.162.60.0569.31182345120.05692.3
4.16-5.12.60.0511.7929436240.0588.9
5.1-7.212.70.05411.1792028830.05490.6
7.21-25.7232.70.04114.8340112450.04172

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.9データスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→25.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / WRfactor Rfree: 0.2593 / WRfactor Rwork: 0.2025 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8281 / SU B: 17.279 / SU ML: 0.204 / SU R Cruickshank DPI: 0.4073 / SU Rfree: 0.2479 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.407 / ESU R Free: 0.248 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2381 1010 2 %RANDOM
Rwork0.1873 ---
obs0.1883 49673 93.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 185.73 Å2 / Biso mean: 76.1408 Å2 / Biso min: 16.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.44 Å2-0.17 Å2-0.76 Å2
2---0.19 Å21.43 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→25.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9079 0 6 228 9313
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.029362
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6661.9712685
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.95551176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.09624.744430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.462151670
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.9731549
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.21415
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0217040
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11539MEDIUM POSITIONAL0.240.5
11539MEDIUM THERMAL5.312
2693LOOSE POSITIONAL0.075
2745TIGHT THERMAL2.890.5
2693LOOSE THERMAL3.9510
31451TIGHT THERMAL4.610.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 79 -
Rwork0.245 3678 -
all-3757 -
obs--94.73 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.47280.08230.33522.3702-0.01773.66960.1635-0.06480.06620.10590.01580.12420.2803-0.6936-0.17930.0983-0.0726-0.01840.1380.03780.0789-8.5357-15.8473-2.8526
21.811.14510.69474.9701-0.58972.2367-0.12260.11570.11510.1335-0.2528-1.3-0.18570.36790.37540.0643-0.0127-0.07750.0810.11630.630819.49090.7674-4.65
34.0880.062-0.64172.72-0.26683.68490.1012-0.42050.3370.85970.1040.2351-0.6212-0.4977-0.20530.53620.07790.11910.16710.07160.2704-9.525915.63357.049
41.18590.5190.9451.35921.20975.00670.1682-0.1513-0.32260.115-0.0519-0.02560.6696-0.6378-0.11630.1081-0.0304-0.02680.39420.06520.1556-22.6481-25.1137-42.9529
52.78380.5453-0.17961.7018-0.73492.55730.00730.10390.26550.0506-0.2614-0.2595-0.42770.3060.25410.11580.03130.00320.31510.17470.16050.7166-2.3891-42.0686
62.15140.97520.07932.97110.82174.61780.02250.3898-0.3459-0.30050.0187-0.39180.68960.1817-0.04120.21390.1082-0.01640.55370.06910.25837.242-34.4656-52.5555
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 199
2X-RAY DIFFRACTION2A200 - 389
3X-RAY DIFFRACTION3A390 - 582
4X-RAY DIFFRACTION4B2 - 199
5X-RAY DIFFRACTION5B200 - 389
6X-RAY DIFFRACTION6B390 - 582

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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