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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4el1 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of oxidized hPDI (abb'xa') | ||||||
要素 | Protein disulfide-isomeraseプロテインジスルフィドイソメラーゼ | ||||||
キーワード | CHAPERONE (シャペロン) / abb'a' domains / "CGHC" active sites / Horseshoe shape / enzyme (酵素) / a redox-regulated chaperone / Endoplasmic reticulum (小胞体) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / procollagen-proline 4-dioxygenase complex / VLDL assembly / insulin processing / procollagen-proline 4-dioxygenase activity / interleukin-23-mediated signaling pathway / LDL remodeling / thiol oxidase activity / プロテインジスルフィドイソメラーゼ / peptidyl-proline hydroxylation to 4-hydroxy-L-proline ...regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / procollagen-proline 4-dioxygenase complex / VLDL assembly / insulin processing / procollagen-proline 4-dioxygenase activity / interleukin-23-mediated signaling pathway / LDL remodeling / thiol oxidase activity / プロテインジスルフィドイソメラーゼ / peptidyl-proline hydroxylation to 4-hydroxy-L-proline / endoplasmic reticulum chaperone complex / protein folding in endoplasmic reticulum / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / Chylomicron assembly / Interleukin-23 signaling / interleukin-12-mediated signaling pathway / cellular response to interleukin-7 / Interleukin-12 signaling / protein disulfide isomerase activity / Insulin processing / Detoxification of Reactive Oxygen Species / protein-disulfide reductase activity / positive regulation of cell adhesion / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / response to endoplasmic reticulum stress / Hedgehog ligand biogenesis / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / メラノソーム / integrin binding / フォールディング / lamellipodium / actin binding / cellular response to hypoxia / positive regulation of viral entry into host cell / 細胞骨格 / protein heterodimerization activity / external side of plasma membrane / 小胞体 / focal adhesion / enzyme binding / 小胞体 / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.883 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, C. / Li, W. / Ren, J. / Ke, H. / Gong, W. / Feng, W. / Wang, C.-C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Antioxid Redox Signal / 年: 2013 タイトル: Structural insights into the redox-regulated dynamic conformations of human protein disulfide isomerase 著者: Wang, C. / Li, W. / Ren, J. / Fang, J. / Ke, H. / Gong, W. / Feng, W. / Wang, C.-C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4el1.cif.gz | 362.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4el1.ent.gz | 300 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4el1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/4el1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/4el1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54204.883 Da / 分子数: 2 / 断片: oxidized full-length hPDI, UNP residues 18-479 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: P4HB, ERBA2L, PDI, PDIA1, PO4DB / プラスミド: modified pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Codon plus 参照: UniProt: P07237, プロテインジスルフィドイソメラーゼ #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.69 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 9.8 詳細: 25% PEG 3350, 0.1M Bis-Tris, 0.2M ammonium acetate, pH 9.8, EVAPORATION, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å | ||||||||||||
検出器 | タイプ: APEX II CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月2日 / 詳細: MIRRORS | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||
反射 | 解像度: 2.883→30 Å / Num. all: 19160 / Num. obs: 19053 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 45.3 Å2 | ||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4EKZ 解像度: 2.883→29.837 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.6946 / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.8 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 18.549 Å2 / ksol: 0.323 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 163.54 Å2 / Biso mean: 51.9688 Å2 / Biso min: 11.12 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.883→29.837 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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