+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4e2h | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of the periplasmic domain of Shigella flexneri WzzB | ||||||
要素 | Chain length determinant protein | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Wzz / LPS O-antigen chain length determination / inner membrane / periplasmic space (ペリプラズム) | ||||||
機能・相同性 | Bacterial polysaccharide co-polymerase-like / FepE-like / Polysaccharide chain length determinant N-terminal domain / Chain length determinant protein / lipopolysaccharide biosynthetic process / 2-Layer Sandwich / 細胞膜 / Alpha Beta / Chain length determinant protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.36 Å | ||||||
データ登録者 | Kalynych, S. / Yao, D. / Magee, J.D. / Cygler, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012 タイトル: Structural Characterization of Closely Related O-antigen Lipopolysaccharide (LPS) Chain Length Regulators. 著者: Kalynych, S. / Yao, D. / Magee, J. / Cygler, M. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4e2h.cif.gz | 133.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4e2h.ent.gz | 109.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4e2h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/4e2h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/4e2h | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27502.115 Da / 分子数: 3 / 断片: Periplasmic domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) 遺伝子: wzzB, cld, rol, SF2089, S2210 / プラスミド: pFO4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P37792 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.03 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG4000, 0.1M Hepes, 0.1M MgCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97912 Å |
検出器 | 日付: 2011年7月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97912 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.36→49.7 Å / Num. all: 24179 / Num. obs: 22670 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): 22.6 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.36→49.597 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.7178 / SU ML: 0.38 / σ(F): 2 / 位相誤差: 34.6 / 立体化学のターゲット値: MLHL
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.383 Å2 / ksol: 0.331 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 157.84 Å2 / Biso mean: 52.9407 Å2 / Biso min: 16 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.36→49.597 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11
|