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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4djj | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the complex of Peptidyl-tRNA hydrolase from Pseudomonas aeruginosa with Pimelic acid at 2.9 Angstrom resolution | ||||||
要素 | Peptidyl-tRNA hydrolaseAlternative ribosome-rescue factor B | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / esterase (エステラーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.94 Å | ||||||
データ登録者 | Kumar, A. / Singh, A. / Singh, N. / Sinha, M. / Sharma, S. / Arora, A. / Singh, T.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of the complex of Peptidyl-tRNA hydrolase from Pseudomonas aeruginosa with Pimelic acid at 2.9 Angstrom resolution 著者: Kumar, A. / Singh, A. / Singh, N. / Sinha, M. / Sharma, S. / Arora, A. / Singh, T.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4djj.cif.gz | 86.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4djj.ent.gz | 65.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4djj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/4djj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/4djj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3p2jS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20832.793 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: PA4672, pth / プラスミド: pET-NH6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(de3) / 参照: UniProt: Q9HVC3, peptidyl-tRNA hydrolase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.57 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M HEPES pH 8.5, PEG 4000, 5% Isopropanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.514 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年1月1日 / 詳細: Mirror |
放射 | モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.514 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.94→56.3 Å / Num. obs: 8159 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 53.7 Å2 / Rsym value: 0.147 / Net I/σ(I): 8.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.94→3.05 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.393 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3P2J 解像度: 2.94→56.3 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.8 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 49.643 Å2 | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 74.21 Å2 / Biso mean: 38.4112 Å2 / Biso min: 5.19 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.94→56.3 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.94→3.04 Å | ||||||||||||||||||||
Xplor file |
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