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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4cxt | ||||||
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タイトル | BTB domain of KEAP1 in complex with CDDO | ||||||
要素 | KELCH-LIKE ECH-ASSOCIATED PROTEIN 1 | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / BTB DOMAIN / KEAP1 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / centriolar satellite / 封入体 / cellular response to interleukin-4 / regulation of autophagy / マイクロフィラメント / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity ...regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / centriolar satellite / 封入体 / cellular response to interleukin-4 / regulation of autophagy / マイクロフィラメント / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / disordered domain specific binding / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / cellular response to oxidative stress / Neddylation / midbody / ubiquitin-dependent protein catabolic process / in utero embryonic development / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Potential therapeutics for SARS / protein ubiquitination / Ub-specific processing proteases / 小胞体 / 核質 / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / その他 / 解像度: 2.66 Å | ||||||
データ登録者 | Cleasby, A. / Yon, J. / Day, P.J. / Richardson, C. / Tickle, I.J. / Williams, P.A. / Callahan, J.F. / Carr, R. / Concha, N. / Kerns, J.K. ...Cleasby, A. / Yon, J. / Day, P.J. / Richardson, C. / Tickle, I.J. / Williams, P.A. / Callahan, J.F. / Carr, R. / Concha, N. / Kerns, J.K. / Qi, H. / Sweitzer, T. / Ward, P. / Davies, T.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2014 タイトル: Structure of the Btb Domain of Keap1 and its Interaction with the Triterpenoid Antagonist Cddo. 著者: Cleasby, A. / Yon, J. / Day, P.J. / Richardson, C. / Tickle, I.J. / Williams, P.A. / Callahan, J.F. / Carr, R. / Concha, N. / Kerns, J.K. / Qi, H. / Sweitzer, T. / Ward, P. / Davies, T.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4cxt.cif.gz | 64.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4cxt.ent.gz | 52.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4cxt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cx/4cxt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cx/4cxt | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15293.651 Da / 分子数: 1 / 断片: BTB, RESIDUES 48-180 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q14145 |
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#2: 化合物 | ChemComp-SXJ / ( |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: NONE |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.66→45.17 Å / Num. obs: 4283 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 17.4 % / Biso Wilson estimate: 82.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 14.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: その他 開始モデル: NONE 解像度: 2.66→45.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9386 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9408 / SU R Cruickshank DPI: 1.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.322 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.302
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原子変位パラメータ | Biso mean: 82.604 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.478 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.66→45.17 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.66→2.97 Å / Total num. of bins used: 5
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 7.8996 Å / Origin y: -10.0312 Å / Origin z: -15.5259 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: CHAIN A AND RESIDUES 49-179 |