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- PDB-4cp3: The structure of BCL6 BTB (POZ) domain in complex with the ansamy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cp3
タイトルThe structure of BCL6 BTB (POZ) domain in complex with the ansamycin antibiotic rifabutin.
要素B-CELL LYMPHOMA 6 PROTEIN
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / BTB/POZ / TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR / RIFAMYCIN / ANTIBIOTIC (抗生物質) / SMRT / INHIBITOR (酵素阻害剤)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of memory T cell differentiation / negative regulation of mitotic cell cycle DNA replication / intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of mast cell cytokine production / regulation of germinal center formation / plasma cell differentiation ...regulation of memory T cell differentiation / negative regulation of mitotic cell cycle DNA replication / intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of mast cell cytokine production / regulation of germinal center formation / plasma cell differentiation / paraspeckles / germinal center formation / negative regulation of leukocyte proliferation / pyramidal neuron differentiation / regulation of immune system process / type 2 immune response / positive regulation of regulatory T cell differentiation / T-helper 2 cell differentiation / negative regulation of B cell apoptotic process / positive regulation of cell motility / negative regulation of Rho protein signal transduction / erythrocyte development / FOXO-mediated transcription of cell death genes / negative regulation of cell-matrix adhesion / regulation of T cell proliferation / negative regulation of Notch signaling pathway / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / B cell proliferation / regulation of cell differentiation / negative regulation of cellular senescence / Rho protein signal transduction / regulation of immune response / heterochromatin formation / positive regulation of B cell proliferation / regulation of cytokine production / positive regulation of neuron differentiation / cell-matrix adhesion / transcription corepressor binding / 運動性 / cell morphogenesis / protein localization / negative regulation of cell growth / chromatin DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific double-stranded DNA binding / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / actin cytoskeleton organization / 精子形成 / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / 炎症 / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin binding / 核小体 / ゴルジ体 / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / ジンクフィンガー / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily ...Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / ジンクフィンガー / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リファブチン / B-cell lymphoma 6 protein
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Evans, S.E. / Fairall, L. / Goult, B.T. / Jamieson, A.G. / Ferrigno, P.K. / Ford, R. / Wagner, S.D. / Schwabe, J.W.R.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: The Ansamycin Antibiotic, Rifamycin Sv, Inhibits Bcl6 Transcriptional Repression and Forms a Complex with the Bcl6-Btb/Poz Domain.
著者: Evans, S.E. / Goult, B.T. / Fairall, L. / Jamieson, A.G. / Ko Ferrigno, P. / Ford, R. / Schwabe, J.W.R. / Wagner, S.D.
履歴
登録2014年1月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: B-CELL LYMPHOMA 6 PROTEIN
B: B-CELL LYMPHOMA 6 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3043
ポリマ－28,4572
非ポリマー8471
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4050 Å2
ΔGint-31.7 kcal/mol
Surface area13290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.172, 54.828, 58.159
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.21, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 B-CELL LYMPHOMA 6 PROTEIN / / BCL-6 / B-CELL LYMPHOMA 5 PROTEIN / BCL-5 / PROTEIN LAZ-3 / ZINC FINGER AND BTB DOMAIN-CONTAINING ...BCL-6 / B-CELL LYMPHOMA 5 PROTEIN / BCL-5 / PROTEIN LAZ-3 / ZINC FINGER AND BTB DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 27 / ZINC FINGER PROTEIN 51


分子量: 14228.543 Da / 分子数: 2 / 断片: BTB DOMAIN, RESIDUES 9-128 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: P41182
#2: 化合物 ChemComp-RBT / RIFABUTIN / (9S,12E,14S,15R,16S,17R,18R,19R,20S,21S,22E,24Z)-6-16,18,20- TETRAHYDROXY-1'-ISOBUTYL-14-METHOXY-7,9,15,17,19,21,25- HEPTAMETHYLSPIRO(9,4-(EPOXYPENTADECA(1,11,13)TRIENIMINO)-2H- FURO(2',3':7,8)NAPHTH(1,2-D)IMIDAZOLE-2,4'-PIPERIDINE)- 5,10,26(3H,9H)-TRIONE,16-ACETATE / ANSAMYCIN / リファブチン / リファブチン


分子量: 847.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C46H62N4O11 / コメント: 抗生剤, 抗レトロウイルス剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.17 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5 / 詳細: 20% PEG 6000, 100MM SODIUM CITRATE, PH 5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96861
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96861 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→39.82 Å / Num. obs: 9168 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 4.1 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.518 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1R2B

1r2b


解像度: 2.3→57.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.878 / SU B: 9.861 / SU ML: 0.237 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.688 / ESU R Free: 0.3 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26875 466 4.8 %RANDOM
Rwork0.19877 ---
obs0.20193 9168 97.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.366 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.85 Å20 Å2-0.01 Å2
2---0.11 Å20 Å2
3----1.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→57.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1969 0 61 23 2053
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0192063
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022046
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8751.9952794
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86334659
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6235242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.03423.12596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.08915375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5751520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1710.2332
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022279
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02499
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8482.609974
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.842.607973
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0323.91214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5943.1931089
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 45 -
Rwork0.229 664 -
obs--96.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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