[日本語] English
万見
- PDB-4bm1: CRYSTAL STRUCTURE OF MANGANESE PEROXIDASE 4 FROM PLEUROTUS OSTREA... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bm1
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF MANGANESE PEROXIDASE 4 FROM PLEUROTUS OSTREATUS - CRYSTAL FORM I
要素MANGANESE PEROXIDASE 4マンガンペルオキシダーゼ
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / CLASS II (FUNGAL) PEROXIDASES / PROTOPORPHYRIN IX / ELECTRON T LIGNIN PEROXIDASE / LIGNIN DEGRADATION
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / peroxidase activity / cellular response to oxidative stress / heme binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Fungal ligninase / Fungal ligninase, C-terminal / Fungal peroxidase extension region / Heme-binding peroxidase Ccp1-like / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidase; domain 1 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site ...Fungal ligninase / Fungal ligninase, C-terminal / Fungal peroxidase extension region / Heme-binding peroxidase Ccp1-like / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidase; domain 1 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase / ペルオキシダーゼ / Peroxidases proximal heme-ligand signature. / Haem peroxidase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
クエン酸 / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / ペルオキシダーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種PLEUROTUS OSTREATUS (ヒラタケ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.098 Å
データ登録者Medrano, F.J. / Romero, A.
引用ジャーナル: Biotechnol.Biofuels / 年: 2014
タイトル: Ligninolytic Peroxidase Genes in the Oyster Mushroom Genome: Heterologous Expression, Molecular Structure, Catalytic and Stability Properties, and Lignin-Degrading Ability.
著者: Fernandez-Fueyo, E. / Ruiz-Duenas, F.J. / Martinez, M.J. / Romero, A. / Hammel, K.E. / Medrano, F.J. / Martinez, A.T.
履歴
登録2013年5月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月25日Group: Atomic model / Other
改定 2.02023年12月20日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: MANGANESE PEROXIDASE 4
B: MANGANESE PEROXIDASE 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,49531
ポリマ－72,7002
非ポリマー3,79529
水21,7441207
1
A: MANGANESE PEROXIDASE 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,19915
ポリマ－36,3501
非ポリマー1,84914
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: MANGANESE PEROXIDASE 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,29516
ポリマ－36,3501
非ポリマー1,94515
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.990, 75.370, 75.610
Angle α, β, γ (deg.)69.75, 75.69, 75.82
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 MANGANESE PEROXIDASE 4 / マンガンペルオキシダーゼ


分子量: 36350.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PLEUROTUS OSTREATUS (ヒラタケ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): W3110
参照: UniProt: W5IDB6*PLUS, マンガンペルオキシダーゼ

-
非ポリマー , 5種, 1236分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸 / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.16 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1 M NA-CITRATE AT PH 5.5 & 2.0 M (NH4)2SO4.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.891976
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.891976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→50 Å / Num. obs: 271193 / % possible obs: 83.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 8.92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 1.1→1.16 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 43

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3FMU

3fmu


解像度: 1.098→38.148 Å / SU ML: 0.09 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 13.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1473 13516 5 %
Rwork0.1312 --
obs0.132 271117 84.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.371 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1536 Å20.7786 Å21.2304 Å2
2---0.2204 Å21.2987 Å2
3---0.0668 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.098→38.148 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5086 0 221 1207 6514
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0165437
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.717396
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9421974
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.107776
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011969
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.098-1.11050.29091380.26982798X-RAY DIFFRACTION27
1.1105-1.12350.26221970.2293763X-RAY DIFFRACTION37
1.1235-1.13720.21432260.21324496X-RAY DIFFRACTION44
1.1372-1.15160.2272660.20485138X-RAY DIFFRACTION51
1.1516-1.16680.18683250.19266222X-RAY DIFFRACTION61
1.1668-1.18280.19544130.18127873X-RAY DIFFRACTION77
1.1828-1.19970.21334540.17528445X-RAY DIFFRACTION83
1.1997-1.21760.19824150.16468653X-RAY DIFFRACTION84
1.2176-1.23660.19484720.15948879X-RAY DIFFRACTION87
1.2366-1.25690.19234760.15418902X-RAY DIFFRACTION87
1.2569-1.27850.15954770.14549084X-RAY DIFFRACTION89
1.2785-1.30180.16374770.14479288X-RAY DIFFRACTION91
1.3018-1.32680.15285020.13819387X-RAY DIFFRACTION92
1.3268-1.35390.15624920.13459423X-RAY DIFFRACTION92
1.3539-1.38340.16245020.12939532X-RAY DIFFRACTION93
1.3834-1.41550.14595020.12399459X-RAY DIFFRACTION93
1.4155-1.45090.14255110.11599518X-RAY DIFFRACTION93
1.4509-1.49020.13824990.10679669X-RAY DIFFRACTION94
1.4902-1.5340.13465360.10949585X-RAY DIFFRACTION94
1.534-1.58350.12854850.10929620X-RAY DIFFRACTION94
1.5835-1.64010.13054890.10979685X-RAY DIFFRACTION95
1.6401-1.70580.14065270.11189684X-RAY DIFFRACTION95
1.7058-1.78340.1365180.10929655X-RAY DIFFRACTION95
1.7834-1.87750.12765130.11429765X-RAY DIFFRACTION95
1.8775-1.99510.12895090.11469848X-RAY DIFFRACTION96
1.9951-2.14910.12275190.11199777X-RAY DIFFRACTION96
2.1491-2.36530.12575220.1169882X-RAY DIFFRACTION96
2.3653-2.70750.15295240.13519816X-RAY DIFFRACTION96
2.7075-3.41090.14695110.14219691X-RAY DIFFRACTION95
3.4109-38.17150.14815190.140310064X-RAY DIFFRACTION98

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る