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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4blc | ||||||
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タイトル | THE STRUCTURE OF ORTHORHOMBIC CRYSTALS OF BEEF LIVER CATALASE | ||||||
要素 | PROTEIN (CATALASE) | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / LATTICE CONTACT / HEME PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Detoxification of Reactive Oxygen Species / catalase complex / cellular detoxification of hydrogen peroxide / Peroxisomal protein import / カタラーゼ / catalase activity / Neutrophil degranulation / positive regulation of cell division / hydrogen peroxide catabolic process / response to hydrogen peroxide ...Detoxification of Reactive Oxygen Species / catalase complex / cellular detoxification of hydrogen peroxide / Peroxisomal protein import / カタラーゼ / catalase activity / Neutrophil degranulation / positive regulation of cell division / hydrogen peroxide catabolic process / response to hydrogen peroxide / ペルオキシソーム / heme binding / enzyme binding / ミトコンドリア / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Ko, T.P. / Day, J. / Malkin, A. / McPherson, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999 タイトル: Structure of orthorhombic crystals of beef liver catalase. 著者: Ko, T.P. / Day, J. / Malkin, A.J. / McPherson, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4blc.cif.gz | 414.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4blc.ent.gz | 340.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4blc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/4blc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/4blc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7catS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57664.465 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PURCHASED FROM SIGMA CHEMICAL CO., ST.LOUIS, MO / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: LIVER肝臓 / 参照: UniProt: P00432, カタラーゼ #2: 化合物 | ChemComp-HEM / #3: 化合物 | ChemComp-NDP / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | THE FE ATOM IS BOUND TO TYR 357 OH | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 6 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: VAPOR DIFFUSION AGAINST 10% N-PROPANOL, AND 0.1 M NA-PO4 BUFFER PH 6.2 TO 6.8 DROP SET UP 15 UL OF 40 MG/ML PROTEIN PLUS 5 UL 1% NACL PLUS 5 UL RESERVOIR., pH 6.5, vapor diffusion PH範囲: 6.2-6.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法 / PH range low: 6.8 / PH range high: 6.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 290 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | モノクロメーター: SUPPER GRAPHITE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→100 Å / Num. obs: 128019 / % possible obs: 88.5 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 46.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rsym value: 0.115 / Net I/σ(I): 10.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.226 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Rsym value: 0.226 / % possible all: 26.9 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 603135 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 26.9 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 7CAT 解像度: 2.3→20 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 47.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.4 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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