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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4a6s | ||||||
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タイトル | Structure of the PAIL lectin from Pseudomonas aeruginosa in complex with 2-Naphtyl-1-thio-beta-D-galactopyranoside | ||||||
要素 | PA-I GALACTOPHILIC LECTIN | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / SUGAR-BINDING PROTEIN / GLYCOMIMETIC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / carbohydrate binding / ペリプラズム / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å | ||||||
データ登録者 | Rodrigue, J. / Ganne, G. / Blanchard, B. / Saucier, C. / Giguere, D. / Chiao, T.S. / Varrot, A. / Imberty, A. / Roy, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2013 タイトル: Aromatic Thioglycoside Inhibitors Against the Virulence Factor Leca from Pseudomonas Aeruginosa. 著者: Rodrigue, J. / Ganne, G. / Blanchard, B. / Saucier, C. / Giguere, D. / Shiao, T.C. / Varrot, A. / Imberty, A. / Roy, R. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4a6s.cif.gz | 199.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4a6s.ent.gz | 162.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4a6s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/4a6s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/4a6s | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1okoS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12770.137 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 2-122 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: PAO1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q05097 #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 糖 | ChemComp-GS9 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | ALL NUMBERING SHIFTED BY 1 SINCE N-TERMINAL METHIONINE | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.78 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 4.5 詳細: 0.8 M LISO4, 100 MM SODIUM ACETATE PH 4.5, 25% GLYCEROL (ADDED FOR CRYPROTECTION). |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97623 |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97623 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→40 Å / Num. obs: 37963 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 40 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 14.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1OKO 解像度: 2.15→38.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 14.076 / SU ML: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.207 / ESU R Free: 0.188 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.949 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→38.13 Å
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拘束条件 |
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