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- PDB-4a0m: CRYSTAL STRUCTURE OF BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE FROM SPINACH ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a0m
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE FROM SPINACH IN COMPLEX WITH NAD
要素BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE, CHLOROPLASTIC
キーワードOXIDOREDUCTASE / ALDEHYDE OXIDATION / NAD COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


4-trimethylammoniobutyraldehyde dehydrogenase / 4-trimethylammoniobutyraldehyde dehydrogenase activity / aminobutyraldehyde dehydrogenase / aminobutyraldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / betaine-aldehyde dehydrogenase / betaine-aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / cellular aldehyde metabolic process / 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / glycine betaine biosynthetic process from choline / cellular detoxification of aldehyde ...4-trimethylammoniobutyraldehyde dehydrogenase / 4-trimethylammoniobutyraldehyde dehydrogenase activity / aminobutyraldehyde dehydrogenase / aminobutyraldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / betaine-aldehyde dehydrogenase / betaine-aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / cellular aldehyde metabolic process / 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / glycine betaine biosynthetic process from choline / cellular detoxification of aldehyde / potassium ion binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Aldehyde dehydrogenase NAD(P)-dependent / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain ...Aldehyde dehydrogenase NAD(P)-dependent / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Aminoaldehyde dehydrogenase BADH
類似検索 - 構成要素
生物種SPINACIA OLERACEA (ホウレンソウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Gonzalez-Segura, L. / Rudino-Pinera, E. / Diaz-Sanchez, A.G. / Munoz-Clares, R.A.
引用ジャーナル: Plant Physiol. / 年: 2012
タイトル: Amino Acid Residues Critical for the Specificity for Betaine Aldehyde of the Plant Aldh10 Isoenzyme Involved in the Synthesis of Glycine Betaine.
著者: Diaz-Sanchez, A.G. / Gonzalez-Segura, L. / Mujica-Jimenez, C. / Rudino-Pinera, E. / Montiel, C. / Martinez-Castilla, L.P. / Munoz-Clares, R.A.
履歴
登録2011年9月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月18日Group: Other
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE, CHLOROPLASTIC
B: BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE, CHLOROPLASTIC
C: BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE, CHLOROPLASTIC
D: BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE, CHLOROPLASTIC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,53123
ポリマ－216,9204
非ポリマー3,61119
水9,440524
1
C: BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE, CHLOROPLASTIC
D: BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE, CHLOROPLASTIC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,40413
ポリマ－108,4602
非ポリマー1,94411
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12500 Å2
ΔGint-64.2 kcal/mol
Surface area31390 Å2
手法PISA
2
A: BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE, CHLOROPLASTIC
B: BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE, CHLOROPLASTIC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,12710
ポリマ－108,4602
非ポリマー1,6678
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11630 Å2
ΔGint-58.2 kcal/mol
Surface area31790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.406, 80.979, 85.540
Angle α, β, γ (deg.)79.06, 84.94, 77.99
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE, CHLOROPLASTIC / BADH


分子量: 54229.914 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 1-496 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SPINACIA OLERACEA (ホウレンソウ)
器官: LEAVES / プラスミド: PET28A-SPBADH-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYS-RIL / 参照: UniProt: P17202, betaine-aldehyde dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 524 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.3 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5
詳細: CRYSTALS WERE GROWN IN 0.085 M TRIS HYDROCHLORIDE PH 8.5, 0.17 M SODIUM ACETATE TRIHYDRATE, 25.5% W/V POLYETHYLENE GLYCOL 4,000, 15% V/V GLYCEROL.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9793
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月18日 / 詳細: DOUBLE CRYSTAL CHANNEL CUT, SI(III) 1M LONG
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 76619 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.28 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.43 Å / 冗長度: 2.22 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.56 / % possible all: 81.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3FG0

3fg0
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.3→29.078 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 30.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2467 3838 5 %
Rwork0.2131 --
obs0.2343 76619 96.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.43 Å2 / ksol: 0.372 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.8302 Å22.4863 Å2-1.5381 Å2
2---2.3988 Å2-0.0967 Å2
3---0.6802 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.078 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15212 0 226 524 15962
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01416005
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.44821836
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.1665889
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082417
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0212794
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.32910.3441280.32842173X-RAY DIFFRACTION80
2.3291-2.35970.35551280.33962621X-RAY DIFFRACTION93
2.3597-2.39210.38711350.34422774X-RAY DIFFRACTION96
2.3921-2.42620.3291300.33042654X-RAY DIFFRACTION97
2.4262-2.46240.35011260.32272726X-RAY DIFFRACTION97
2.4624-2.50090.34891500.31742685X-RAY DIFFRACTION97
2.5009-2.54180.35031500.29782676X-RAY DIFFRACTION97
2.5418-2.58560.33771330.30532736X-RAY DIFFRACTION97
2.5856-2.63260.34341480.30662680X-RAY DIFFRACTION97
2.6326-2.68320.34361180.30172733X-RAY DIFFRACTION96
2.6832-2.7380.3391500.29592708X-RAY DIFFRACTION98
2.738-2.79740.31111480.28422754X-RAY DIFFRACTION97
2.7974-2.86250.33491520.28662686X-RAY DIFFRACTION97
2.8625-2.9340.3571460.28152684X-RAY DIFFRACTION98
2.934-3.01320.3231530.27352739X-RAY DIFFRACTION97
3.0132-3.10180.35851340.26272718X-RAY DIFFRACTION98
3.1018-3.20180.29521400.25952736X-RAY DIFFRACTION97
3.2018-3.31610.26381270.24682721X-RAY DIFFRACTION98
3.3161-3.44870.25141280.22852728X-RAY DIFFRACTION98
3.4487-3.60530.23251610.22012704X-RAY DIFFRACTION98
3.6053-3.7950.22741470.21052761X-RAY DIFFRACTION98
3.795-4.03220.21161340.21222758X-RAY DIFFRACTION98
4.0322-4.34260.22921560.19962717X-RAY DIFFRACTION98
4.3426-4.77790.17741590.16652717X-RAY DIFFRACTION98
4.7779-5.46530.18561410.16982733X-RAY DIFFRACTION98
5.4653-6.87070.20741740.19262711X-RAY DIFFRACTION98
6.8707-29.08060.17191420.16472748X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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