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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zxl
タイトルEngineering the active site of a GH43 glycoside hydrolase generates a biotechnologically significant enzyme that displays both endo- xylanase and exo-arabinofuranosidase activity
要素HIAXHD3
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / ARABINOSIDASE / XYLOSIDASE
機能・相同性Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Jelly Rolls - #200 / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種HUMICOLA INSOLENS (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.871 Å
データ登録者McKee, L.S. / Pena, M.J. / Rogowski, A. / Jackson, A. / Lewis, R.J. / York, W.S. / Krogh, K.B.R.M. / Vikso-Nielsen, A. / Skjot, M. / Gilbert, H.J. / Marles-Wright, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Introducing Endo-Xylanase Activity Into an Exo-Acting Arabinofuranosidase that Targets Side Chains.
著者: Mckee, L.S. / Pena, M.J. / Rogowski, A. / Jackson, A. / Lewis, R.J. / York, W.S. / Krogh, K.B.R.M. / Vikso-Nielsen, A. / Skjot, M. / Gilbert, H.J. / Marles-Wright, J.
履歴
登録2011年8月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月2日Group: Other
改定 2.02018年4月4日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / diffrn_source
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HIAXHD3
B: HIAXHD3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,4274
ポリマ－120,8622
非ポリマー5652
水19,9611108
1
A: HIAXHD3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,7142
ポリマ－60,4311
非ポリマー2821
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: HIAXHD3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,7142
ポリマ－60,4311
非ポリマー2821
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.310, 83.930, 97.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.81, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 HIAXHD3


分子量: 60431.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Y166A E216A MUTANT / 由来: (組換発現) HUMICOLA INSOLENS (菌類) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: non-reducing end alpha-L-arabinofuranosidase
#2: 化合物 ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル] / Bis-tris propane


分子量: 282.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H26N2O6 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細GENBANK SEQUENCE REF CAL81199. Y166A E216A MUTATION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.3 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5
詳細: 0.1 M BIS-TRIS PROPANE PH 8.5, 20% (W/V) PEG3350, 0.2 M NAF.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / タイプ: APS / 波長: 1
検出器日付: 2009年5月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→48.27 Å / Num. obs: 89446 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 15.19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 21.4
反射 シェル解像度: 1.87→1.89 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Mean I/σ(I) obs: 9.8 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZXJ

3zxj


解像度: 1.871→48.266 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 17.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.187 4137 5 %
Rwork0.1392 --
obs0.1416 82744 97.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.53 Å / VDWプローブ半径: 0.7 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.855 Å2 / ksol: 0.434 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6742 Å20 Å20.0732 Å2
2--0.9814 Å20 Å2
3----0.3072 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.871→48.266 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8357 0 38 1108 9503
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0178663
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.55511820
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4853106
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1231232
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081544
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.871-1.89230.25051230.18052468X-RAY DIFFRACTION93
1.8923-1.91460.24421310.17622583X-RAY DIFFRACTION96
1.9146-1.93790.23271500.16882565X-RAY DIFFRACTION96
1.9379-1.96240.21881340.16142597X-RAY DIFFRACTION96
1.9624-1.98830.21141400.16152580X-RAY DIFFRACTION97
1.9883-2.01550.241410.14942597X-RAY DIFFRACTION97
2.0155-2.04430.20371450.142603X-RAY DIFFRACTION96
2.0443-2.07480.2091390.14392546X-RAY DIFFRACTION97
2.0748-2.10720.21431170.14072618X-RAY DIFFRACTION97
2.1072-2.14180.22311200.13992615X-RAY DIFFRACTION97
2.1418-2.17870.1981440.12862607X-RAY DIFFRACTION97
2.1787-2.21830.18841410.13112585X-RAY DIFFRACTION97
2.2183-2.2610.19121350.13032645X-RAY DIFFRACTION97
2.261-2.30710.19031490.13232568X-RAY DIFFRACTION97
2.3071-2.35730.18341330.12952616X-RAY DIFFRACTION97
2.3573-2.41210.20771420.13332633X-RAY DIFFRACTION97
2.4121-2.47250.19381350.14072600X-RAY DIFFRACTION98
2.4725-2.53930.20711170.14362659X-RAY DIFFRACTION98
2.5393-2.6140.22311400.14442629X-RAY DIFFRACTION98
2.614-2.69840.19171330.12832616X-RAY DIFFRACTION98
2.6984-2.79480.17821650.13032644X-RAY DIFFRACTION98
2.7948-2.90670.17991560.13252606X-RAY DIFFRACTION98
2.9067-3.0390.1891340.13782653X-RAY DIFFRACTION98
3.039-3.19920.17661190.13332657X-RAY DIFFRACTION98
3.1992-3.39960.16611310.13392680X-RAY DIFFRACTION98
3.3996-3.66190.19161430.14052672X-RAY DIFFRACTION99
3.6619-4.03030.16111550.13222648X-RAY DIFFRACTION99
4.0303-4.61310.12921470.10672695X-RAY DIFFRACTION99
4.6131-5.81040.15741400.13162685X-RAY DIFFRACTION99
5.8104-48.28160.19991380.19452737X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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