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- PDB-3zdy: Integrin alphaIIB beta3 headpiece and RGD peptide complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zdy
タイトルIntegrin alphaIIB beta3 headpiece and RGD peptide complex
要素
  • 10E5 FAB HEAVY CHAIN
  • 10E5 FAB LIGHT CHAIN
  • INTEGRIN ALPHA-IIB
  • INTEGRIN BETA-3Integrin beta 3
  • RGD PEPTIDEArginylglycylaspartic acid
キーワードCELL ADHESION/IMMUNE SYSTEM/PEPTIDE / CELL ADHESION-IMMUNE SYSTEM-PEPTIDE COMPLEX / CELL ADHESION (細胞接着)
機能・相同性
機能・相同性情報


tube development / regulation of serotonin uptake / positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / alpha9-beta1 integrin-ADAM8 complex / regulation of trophoblast cell migration / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / maintenance of postsynaptic specialization structure / positive regulation of glomerular mesangial cell proliferation / regulation of extracellular matrix organization ...tube development / regulation of serotonin uptake / positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / alpha9-beta1 integrin-ADAM8 complex / regulation of trophoblast cell migration / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / maintenance of postsynaptic specialization structure / positive regulation of glomerular mesangial cell proliferation / regulation of extracellular matrix organization / platelet alpha granule membrane / integrin alphav-beta3 complex / negative regulation of lipoprotein metabolic process / alphav-beta3 integrin-PKCalpha complex / fibrinogen binding / glycinergic synapse / alphav-beta3 integrin-HMGB1 complex / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / blood coagulation, fibrin clot formation / negative regulation of lipid transport / negative regulation of low-density lipoprotein receptor activity / Elastic fibre formation / cell-substrate junction assembly / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / mesodermal cell differentiation / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / angiogenesis involved in wound healing / platelet-derived growth factor receptor binding / filopodium membrane / extracellular matrix binding / positive regulation of fibroblast migration / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / apolipoprotein A-I-mediated signaling pathway / regulation of bone resorption / wound healing, spreading of epidermal cells / apoptotic cell clearance / heterotypic cell-cell adhesion / integrin complex / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / Molecules associated with elastic fibres / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / positive regulation of leukocyte migration / positive regulation of cell-matrix adhesion / cell adhesion mediated by integrin / smooth muscle cell migration / microvillus membrane / Syndecan interactions / negative chemotaxis / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / protein disulfide isomerase activity / cell-substrate adhesion / positive regulation of smooth muscle cell migration / activation of protein kinase activity / positive regulation of osteoblast proliferation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / PECAM1 interactions / lamellipodium membrane / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / fibronectin binding / ECM proteoglycans / positive regulation of T cell migration / positive regulation of bone resorption / Integrin cell surface interactions / coreceptor activity / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / 着床 / positive regulation of endothelial cell proliferation / cell adhesion molecule binding / Integrin signaling / substrate adhesion-dependent cell spreading / cell-matrix adhesion / protein kinase C binding / positive regulation of endothelial cell migration / response to activity / Signal transduction by L1 / integrin-mediated signaling pathway / regulation of actin cytoskeleton organization / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / wound healing / MAP2K and MAPK activation / 細胞接着 / 血小板 / ruffle membrane / 凝固・線溶系 / VEGFA-VEGFR2 Pathway / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of angiogenesis / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / regulation of protein localization
類似検索 - 分子機能
ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / ntegrin, alpha v. Chain A, domain 3 / Integrin alpha, N-terminal / ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : ...ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / ntegrin, alpha v. Chain A, domain 3 / Integrin alpha, N-terminal / ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin beta tail domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain cysteine-rich domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / Integrin alpha cytoplasmic region / EGF-like domain, extracellular / EGF様ドメイン / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / von Willebrand factor, type A domain / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin domain superfamily / Integrin alpha, N-terminal / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrin beta-3 / Integrin alpha-IIb
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Zhu, J.H. / Zhu, J.Q. / Springer, T.A.
引用ジャーナル: J.Cell Biol. / 年: 2013
タイトル: Complete Integrin Headpiece Opening in Eight Steps.
著者: Zhu, J. / Zhu, J. / Springer, T.A.
履歴
登録2012年12月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月10日Group: Database references
改定 2.02017年10月25日Group: Advisory / Atomic model / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_struct_assembly_gen ...atom_site / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 3.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12023年12月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INTEGRIN ALPHA-IIB
B: INTEGRIN BETA-3
C: INTEGRIN ALPHA-IIB
D: INTEGRIN BETA-3
E: 10E5 FAB HEAVY CHAIN
F: 10E5 FAB LIGHT CHAIN
H: 10E5 FAB HEAVY CHAIN
I: RGD PEPTIDE
J: RGD PEPTIDE
L: 10E5 FAB LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)303,82350
ポリマ－298,58310
非ポリマー5,23940
水15,979887
1
A: INTEGRIN ALPHA-IIB
B: INTEGRIN BETA-3
H: 10E5 FAB HEAVY CHAIN
I: RGD PEPTIDE
L: 10E5 FAB LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,29629
ポリマ－149,2925
非ポリマー3,00424
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13200 Å2
ΔGint-214 kcal/mol
Surface area56980 Å2
手法PISA
2
C: INTEGRIN ALPHA-IIB
D: INTEGRIN BETA-3
E: 10E5 FAB HEAVY CHAIN
F: 10E5 FAB LIGHT CHAIN
J: RGD PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,52721
ポリマ－149,2925
非ポリマー2,23516
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12430 Å2
ΔGint-166 kcal/mol
Surface area56970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)257.760, 145.250, 106.060
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 INTEGRIN ALPHA-IIB / GPALPHA IIB / GPIIB / PLATELET MEMBRANE GLYCOPROTEIN IIB


分子量: 49515.965 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 32-488 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO LEC 3.2.1.8
発現宿主: CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P08514
#2: タンパク質 INTEGRIN BETA-3 / Integrin beta 3 / PLATELET MEMBRANE GLYCOPROTEIN IIIA / GPIIIA


分子量: 52087.902 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 27-498 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO LEC 3.2.1.8
発現宿主: CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P05106

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 IJ

#5: タンパク質・ペプチド RGD PEPTIDE / Arginylglycylaspartic acid


分子量: 588.593 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト)

-
抗体 , 2種, 4分子 EHFL

#3: 抗体 10E5 FAB HEAVY CHAIN


分子量: 23766.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 解説: HYBRIDOMA / 発現宿主: MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
#4: 抗体 10E5 FAB LIGHT CHAIN


分子量: 23332.686 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 解説: HYBRIDOMA / 発現宿主: MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

-
糖 , 3種, 6分子

#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#11: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 921分子

#8: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#9: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#10: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#12: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 887 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.9
詳細: 11% PEG 8000, 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M TRIS-HCL, PH 8.9

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23ID / 波長: 0.97934
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: DOUBLE SI CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 146427 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 45.59 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.45→2.51 Å / Rmerge(I) obs: 1.39 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3T3P

3t3p


解像度: 2.45→49.15 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2156 1015 0.7 %
Rwork0.182 --
obs0.1823 146295 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.514 Å2 / ksol: 0.336 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 77.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.4654 Å20 Å20 Å2
2--2.2087 Å20 Å2
3----7.6741 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→49.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20778 0 298 887 21963
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00521810
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5729536
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.987889
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0383278
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0023825
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.45-2.57920.28581360.265320485X-RAY DIFFRACTION100
2.5792-2.74070.33781320.258520545X-RAY DIFFRACTION100
2.7407-2.95230.29531510.230820597X-RAY DIFFRACTION100
2.9523-3.24940.2561310.200720660X-RAY DIFFRACTION100
3.2494-3.71940.23971500.181520726X-RAY DIFFRACTION100
3.7194-4.68550.16781650.146320883X-RAY DIFFRACTION100
4.6855-49.15990.17841500.15821384X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5564-0.0659-0.10990.83950.26070.65080.0084-0.0179-0.04030.1082-0.03030.08390.1786-0.095-0.02150.27910.00460.0745-0.00570.0580.152250.969590.437154.7385
21.26760.0308-0.38110.6921-0.04371.5431-0.07830.0982-0.1418-0.14770.0549-0.17070.33570.40480.01470.2090.06720.07870.2445-0.02870.147884.527787.1546119.4334
34.1788-2.0559-1.78194.2741-0.34491.2173-0.09520.5302-0.4902-0.1176-0.0914-1.12860.23110.60250.27220.53120.3502-0.06911.4957-0.19340.8316123.568489.382835.1357
44.5657-1.104-2.23143.91393.62517.6004-0.0243-0.0830.21880.080.2625-0.23780.22920.8065-0.19060.17360.0569-0.08390.4778-0.080.3818101.2858108.198353.4242
50.93360.25730.09261.58910.34660.60670.0239-0.09240.18220.1320.0721-0.0679-0.18280.0647-0.03490.32130.030.0572-0.0550.00530.187667.6653118.773864.3397
62.66712.2025-1.63414.1397-1.27711.00350.28230.08-0.2975-0.79140.0213-1.1176-0.26140.3885-0.33380.59940.29450.09821.677-0.10710.6815116.008489.943519.4222
76.51422.1569-2.14965.4127-1.33912.823-0.4758-0.0445-0.7126-0.12890.0280.66050.8288-0.83140.33360.9178-0.56990.14991.1551-0.09040.569215.271270.525142.732
82.731-0.103-0.58861.9574-1.16886.5103-0.14720.5181-0.0706-0.12760.10560.06830.4874-0.98970.05610.3341-0.1923-0.02330.65880.03190.249131.20887.424117.3885
91.4381-0.42990.60570.8591-0.29812.348-0.04020.29440.2166-0.16720.06660.0297-0.1223-0.2457-0.0590.2773-0.06240.03490.28670.08780.085260.359102.6816100.6281
105.46992.4387-0.62025.92422.09285.1612-0.25070.0607-0.59760.27750.08290.38241.0904-1.12610.16730.5511-0.21460.19310.5592-0.09910.494321.624278.9521156.6558
114.10970.7522-2.01130.68930.42783.848-0.2019-0.7585-0.06330.90850.13290.25850.3731-0.10590.11230.59850.11830.19760.576-0.00880.3518.001796.537783.6955
124.42620.2042-0.82440.0507-0.29081.6905-0.3839-0.6196-1.72210.13430.10660.03090.5519-0.18220.3190.60470.17720.39090.78880.481.3877-13.708680.709994.5229
136.32511.0771-0.4050.5392-0.54021.2542-0.0630.2727-0.12150.1489-0.20390.84720.1711-0.64040.18880.29980.00660.14570.6398-0.1280.5496.367595.661565.3048
143.53010.1392-1.20521.38761.11296.3528-0.5161-0.2021-0.90720.2649-0.00770.36130.3217-0.39770.39610.34060.11950.28580.680.10580.8833-22.01492.872187.8553
152.7953-0.4782-1.66960.6173-0.16837.2664-0.01680.4165-0.0626-0.7611-0.1078-0.3281.1432-0.20610.18850.8013-0.11620.32630.7732-0.04510.5082114.812290.462387.2259
162.8510.5969-0.88792.14040.73190.69430.11790.5691-0.6374-0.14660.1743-0.92080.63861.6267-0.22561.07320.62660.20971.65910.07090.8706150.68582.436580.5665
173.40421.39070.10260.86130.1311.37490.0181-0.1160.7598-0.0239-0.2527-1.0727-0.04740.82980.15170.3518-0.11340.17290.9748-0.08640.9101125.6631100.6998103.1462
180.62530.1451-1.15022.21490.87092.710.17121.050.1833-1.03450.1869-0.976-0.62520.5884-0.4770.84220.03990.37862.00810.46651.2543154.412798.31980.9234
190.4903-0.311.60690.8696-1.11315.75250.1617-0.16030.01040.9887-0.07750.0646-0.3134-0.4684-0.03870.524-0.17880.031.143-0.18110.343553.1377110.244975.2552
207.5794-5.2984-6.59944.02034.76245.81620.49450.75470.3627-1.6915-0.7173-0.6740.59520.29490.23751.0885-0.37840.15341.42360.12590.508977.720194.950893.5591
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 1:454 OR RESID 2004:2007)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN C AND (RESID 1:454 OR RESID 2004:2007)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN B AND RESID 1:57
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND (RESID 58:107 OR RESID 354:432)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESID 109:352 OR RESID 2001:2003)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND RESID 433:466
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN D AND RESID 1:57
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN D AND (RESID 58:107 OR RESID 354:432)
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN D AND (RESID 109:352 OR RESID 2001:2003)
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN D AND RESID 433:471
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN H AND RESID 1:119
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN H AND RESID 120:221
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN L AND RESID 1:108
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN L AND RESID 109:214
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN E AND RESID 1:119
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN E AND RESID 120:221
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN F AND RESID 1:108
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN F AND RESID 109:214
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN I
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN J

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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