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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3zbr | |||||||||
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タイトル | Catalytic domain of mouse 2',3'-cyclic nucleotide 3'- phosphodiesterase, with mutation H230S, crystallized with NADP | |||||||||
要素 | 2', 3'-CYCLIC-NUCLEOTIDE 3'-PHOSPHODIESTERASE | |||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / MYELIN (髄鞘) / NERVOUS SYSTEM (神経系) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cyclic nucleotide catabolic process / 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase / 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase activity / myelin sheath abaxonal region / myelin sheath adaxonal region / cyclic nucleotide binding / regulation of mitochondrial membrane permeability / oligodendrocyte differentiation / 仮足 / 微絨毛 ...cyclic nucleotide catabolic process / 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase / 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase activity / myelin sheath abaxonal region / myelin sheath adaxonal region / cyclic nucleotide binding / regulation of mitochondrial membrane permeability / oligodendrocyte differentiation / 仮足 / 微絨毛 / forebrain development / 軸索誘導 / adult locomotory behavior / cell projection / response to toxic substance / メラノソーム / 髄鞘 / ミトコンドリア内膜 / 微小管 / mitochondrial outer membrane / response to lipopolysaccharide / perinuclear region of cytoplasm / extracellular space / RNA binding / 生体膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.304 Å | |||||||||
データ登録者 | Myllykoski, M. / Raasakka, A. / Lehtimaki, M. / Han, H. / Kursula, P. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013 タイトル: Crystallographic Analysis of the Reaction Cycle of 2',3'-Cyclic Nucleotide 3'-Phosphodiesterase, a Unique Member of the 2H Phosphoesterase Family 著者: Myllykoski, M. / Raasakka, A. / Lehtimaki, M. / Han, H. / Kursula, I. / Kursula, P. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3zbr.cif.gz | 254 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3zbr.ent.gz | 211.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3zbr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/3zbr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/3zbr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24242.857 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINAL CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 159-378 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PTH 27 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA 参照: UniProt: P16330, 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | N-TERMINAL GLYCINE REMAINS FROM TEV-CLEAVAGE OF EXPRESSION TAG. RESIDUE NUMBERING IS ACCORDING TO ...N-TERMINAL GLYCINE REMAINS FROM TEV-CLEAVAGE OF EXPRESSION | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.8 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 277 K / pH: 4 詳細: 250 UM PROTEIN WITH 10 MM 23-CNADP MIXED IN 0.5 PLUS 0.5 UL DROPS WITH 50 MM NA-FORMATE (1:2 PH3:PH5) AND 23% PEG 4000 IN 4 DEGC |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.04088 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH SX-165 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月2日 詳細: MULTILAYER MIRROR, CURVED TO FOCUS IN THE VERTICAL (R 400 M) |
放射 | モノクロメーター: BENT SI (111) CRYSTAL, HORIZONTALLY FOCUSING プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.04088 Å / 相対比: 1 |
Reflection twin | Operator: h,-k,-l / Fraction: 0.46 |
反射 | 解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 19310 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 44.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 10.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 1.14 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 91.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2XMI 解像度: 2.304→29.123 Å / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 27.5 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F 詳細: HYDROGENS WERE INCLUDED IN RIDING POSITIONS. RESIDUES 158-160, 210-212 FROM CHAIN A, AND RESIDUES 158-160, 210-213 AND 294-296 WERE EXCLUDED FROM THE MODEL DUE TO INSUFFICIENT ELECTRON DENSITY
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.5 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.304→29.123 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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