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- PDB-3x0u: Crystal structure of PirB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3x0u
タイトルCrystal structure of PirB
要素Uncharacterized protein
キーワードTOXIN (毒素) / seven-helix bundle / beta barrel (Βバレル) / pore-forming toxin (膜孔形成毒素)
機能・相同性Pesticidal crystal protein, N-terminal domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha / :
機能・相同性情報
生物種Vibrio parahaemolyticus M0605 (腸炎ビブリオ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Wang, H.C. / Ko, T.P. / Wang, A.H.J. / Lo, C.F.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: The opportunistic marine pathogen Vibrio parahaemolyticus becomes virulent by acquiring a plasmid that expresses a deadly toxin.
著者: Lee, C.T. / Chen, I.T. / Yang, Y.T. / Ko, T.P. / Huang, Y.T. / Huang, J.Y. / Huang, M.F. / Lin, S.J. / Chen, C.Y. / Lin, S.S. / Lin, S.S. / Lightner, D.V. / Wang, H.C. / Wang, A.H. / Wang, H. ...著者: Lee, C.T. / Chen, I.T. / Yang, Y.T. / Ko, T.P. / Huang, Y.T. / Huang, J.Y. / Huang, M.F. / Lin, S.J. / Chen, C.Y. / Lin, S.S. / Lin, S.S. / Lightner, D.V. / Wang, H.C. / Wang, A.H. / Wang, H.C. / Hor, L.I. / Lo, C.F.
履歴
登録2014年10月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22022年8月24日Group: Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,5162
ポリマ－102,5162
非ポリマー00
水17,925995
1
A: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2581
ポリマ－51,2581
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2581
ポリマ－51,2581
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)120.897, 128.618, 117.104
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-781-

HOH

21A-887-

HOH

31A-943-

HOH

41A-1016-

HOH

51B-665-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein / PirB


分子量: 51257.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus M0605 (腸炎ビブリオ)
遺伝子: AJ90_20625, pirB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: X7RH70
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 995 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 20mM Tris, 300mM NaCl, 20% 1,4-butanediol, 0.1M Na-acetate, 15% 2,3-butanediol, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月5日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 99968 / Num. obs: 99668 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 24.8
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.509 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceIceデータ収集
SHELXS位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→26.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 1.915 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18046 4891 4.9 %RANDOM
Rwork0.14889 ---
all0.15045 100047 --
obs0.15045 94329 99.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.691 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å2-0 Å2
2---0.1 Å20 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→26.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6854 0 0 995 7849
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0197027
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026404
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7311.9389542
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87314742
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2875844
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.20924.974378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.096151152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0191530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.21011
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.028100
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021688
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9431.5823382
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9421.583381
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1062.3584224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.1052.364225
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8511.9153644
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.851.9173645
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.4652.7595319
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.09314.8379187
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.6713.9228660
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 346 -
Rwork0.225 6563 -
obs--94.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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