PDB-3wv0: O-glycan attached to herpes simplex virus type 1 glycoprotein gB ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3wv0

タイトル

O-glycan attached to herpes simplex virus type 1 glycoprotein gB is recognized by the Ig V-set domain of human paired immunoglobulin-like type 2 receptor alpha

要素

Envelope glycoprotein B
Paired immunoglobulin-like type 2 receptor alpha

キーワード

MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) /

Immunoglobulin-like (抗体) / Immunological receptor /

Membrane (生体膜)

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell Golgi membrane / MHC class I protein binding / host cell endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / symbiont entry into host cell /

エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane /

シグナル伝達 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Kuroki, K. / Wang, J. / Ose, T. / Yamaguchi, M. / Tabata, S. / Maita, N. / Nakamura, S. / Kajikawa, M. / Kogure, A. / Satoh, T. ...

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structural basis for simultaneous recognition of an O-glycan and its attached peptide of mucin family by immune receptor PILR alpha
著者: Kuroki, K. / Wang, J. / Ose, T. / Yamaguchi, M. / Tabata, S. / Maita, N. / Nakamura, S. / Kajikawa, M. / Kogure, A. / Satoh, T. / Arase, H. / Maenaka, K.

履歴

登録	2014年5月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月17日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3wv0.cif.gz	71.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3wv0.ent.gz	51.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3wv0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/3wv0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/3wv0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3wuzSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3qzm-1 3qzp-1 4prq-2 1klv-d 4liz-d 2hnu-3 3esk-d 4yhu-2 5xof-1 3mwn-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Paired immunoglobulin-like type 2 receptor alpha

B: Paired immunoglobulin-like type 2 receptor alpha

X: Envelope glycoprotein B

Y: Envelope glycoprotein B

ヘテロ分子

30.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Paired immunoglobulin-like type 2 receptor alpha

X: Envelope glycoprotein B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Paired immunoglobulin-like type 2 receptor alpha

Y: Envelope glycoprotein B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.313, 155.887, 67.354
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質

Paired immunoglobulin-like type 2 receptor alpha

分子量: 13967.697 Da / 分子数: 2 / 断片: V-set domain, UNP residues 32-150 / 変異: R78G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PILRA / プラスミド: pGMT7 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C9JGG1, UniProt: Q9UKJ1*PLUS

#2: タンパク質・ペプチド

Envelope glycoprotein B / gB / gB-1 / gB1

分子量: 609.671 Da / 分子数: 2 / 断片: O-glycan with attached peptide, UNP residues 50-56 / 由来タイプ: 合成
詳細: O-glycan with peptide derived from human herpesvirus 1
由来: (合成)

Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
参照: UniProt: P06437

#3: 多糖

N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖 / 分子量: 512.463 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DNeup5Aca2-6DGalpNAca1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1a_1-5_2NCC/3=O][Aad21122h-2a_2-6_5NCC/3=O]/1-2/a6-b2	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(3+1)][a-D-GalpNAc]{[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン /

硫酸塩

分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#5: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.69 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.2 M ammonium sulfate 30% PEG 8000, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月16日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 12122 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 13.473 Å² / R_merge(I) obs: 0.168 / R_sym value: 0.156 / Net I/σ(I): 4.7
反射シェル	解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.567 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / R_sym value: 0.512 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
MOLREP		位相決定
CNS		精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3WUZ

3wuz

解像度: 2.3→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2995	584	-	RANDOM
R_work	0.231	-	-	-
all	-	12150	-	-
obs	-	12109	99.7 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.141 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.534 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-6.261 Å²	-0 Å²
3-	-	-	7.795 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2042	0	108	162	2312

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.2
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	24.6
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.85

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.46 Å /

	R_factor	反射数
R_free	0.4315	59
R_work	0.2796	-
obs	-	1039

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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