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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3wul | ||||||
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タイトル | Crystal structure of hen egg-white lysozyme | ||||||
要素 | Lysozyme C | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / serial femtosecond crystallography | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium ...抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 小胞体 / extracellular space / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / 自由電子レーザー / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Sugahara, M. / Nango, E. / Suzuki, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Methods / 年: 2015 タイトル: Grease matrix as a versatile carrier of proteins for serial crystallography 著者: Sugahara, M. / Mizohata, E. / Nango, E. / Suzuki, M. / Tanaka, T. / Masuda, T. / Tanaka, R. / Shimamura, T. / Tanaka, Y. / Suno, C. / Ihara, K. / Pan, D. / Kakinouchi, K. / Sugiyama, S. / ...著者: Sugahara, M. / Mizohata, E. / Nango, E. / Suzuki, M. / Tanaka, T. / Masuda, T. / Tanaka, R. / Shimamura, T. / Tanaka, Y. / Suno, C. / Ihara, K. / Pan, D. / Kakinouchi, K. / Sugiyama, S. / Murata, M. / Inoue, T. / Tono, K. / Song, C. / Park, J. / Kameshima, T. / Hatsui, T. / Joti, Y. / Yabashi, M. / Iwata, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3wul.cif.gz | 36.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3wul.ent.gz | 27.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3wul.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/3wul ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/3wul | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, リゾチーム |
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#2: 化合物 | ChemComp-NA / |
#3: 化合物 | ChemComp-CL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 34438 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.54 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: バッチ法 / pH: 3 詳細: sodium chloride, PEG 6000, pH 3.0, batch, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL3 / 波長: 1.23 Å |
検出器 | タイプ: MPCCD octal / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月9日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.23 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. all: 8545 / Num. obs: 8545 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.04 Å / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2→19.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.894 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.231 / ESU R Free: 0.173 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.82 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→19.16 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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