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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3wp1 | ||||||
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タイトル | Phosphorylation-dependent interaction between tumor suppressors Dlg and Lgl | ||||||
要素 |
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キーワード | PEPTIDE BINDING PROTEIN / MaGuk / Phosphorylation (リン酸化) / Cell polarity / tumor suppressors / phosphorylation dependent | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 establishment of spindle orientation / regulation of establishment or maintenance of cell polarity / RHO GTPases activate CIT / positive regulation of AMPA glutamate receptor clustering / neuronal ion channel clustering / P2Y1 nucleotide receptor binding / L-leucine transport / beta-1 adrenergic receptor binding / Neurexins and neuroligins / neuroligin family protein binding ...establishment of spindle orientation / regulation of establishment or maintenance of cell polarity / RHO GTPases activate CIT / positive regulation of AMPA glutamate receptor clustering / neuronal ion channel clustering / P2Y1 nucleotide receptor binding / L-leucine transport / beta-1 adrenergic receptor binding / Neurexins and neuroligins / neuroligin family protein binding / regulation of Notch signaling pathway / receptor localization to synapse / positive regulation of neuron projection arborization / regulation of grooming behavior / structural constituent of postsynaptic density / synaptic vesicle maturation / proximal dendrite / AMPA glutamate receptor clustering / myosin II binding / cerebellar mossy fiber / protein localization to synapse / cellular response to potassium ion / vocalization behavior / LGI-ADAM interactions / neuron spine / Trafficking of AMPA receptors / 樹状突起 / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / juxtaparanode region of axon / neuron projection terminus / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / dendritic spine morphogenesis / negative regulation of receptor internalization / postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / frizzled binding / dendritic spine organization / acetylcholine receptor binding / positive regulation of synapse assembly / RAF/MAP kinase cascade / Synaptic adhesion-like molecules / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / positive regulation of dendrite morphogenesis / beta-2 adrenergic receptor binding / cortical actin cytoskeleton organization / regulation of neuronal synaptic plasticity / cortical actin cytoskeleton / locomotory exploration behavior / cortical cytoskeleton / regulation of protein secretion / エキソサイトーシス / regulation of NMDA receptor activity / social behavior / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / AMPA glutamate receptor complex / kinesin binding / neuromuscular process controlling balance / excitatory synapse / D1 dopamine receptor binding / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / glutamate receptor binding / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / positive regulation of synaptic transmission / ionotropic glutamate receptor binding / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / dendrite cytoplasm / GTPase activator activity / synaptic membrane / PDZ domain binding / cell periphery / postsynaptic density membrane / 接着結合 / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / neuromuscular junction / establishment of protein localization / 細胞接着 / cerebral cortex development / kinase binding / cell-cell junction / シナプス小胞 / 細胞結合 / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / postsynapse / scaffold protein binding / basolateral plasma membrane / protein-containing complex assembly / protein phosphatase binding / 樹状突起スパイン / postsynaptic density / neuron projection / 細胞分裂 / signaling receptor binding / intracellular membrane-bounded organelle / 樹状突起 / glutamatergic synapse / シナプス / protein-containing complex binding / protein kinase binding / 小胞体 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.804 Å | ||||||
データ登録者 | Zhu, J. / Shang, Y. / Wan, Q. / Xia, Y. / Chen, J. / Du, Q. / Zhang, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell Res. / 年: 2014 タイトル: Phosphorylation-dependent interaction between tumor suppressors Dlg and Lgl 著者: Zhu, J. / Shang, Y. / Wan, Q. / Xia, Y. / Chen, J. / Du, Q. / Zhang, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3wp1.cif.gz | 90 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3wp1.ent.gz | 74.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3wp1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/3wp1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/3wp1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21414.131 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 531-713 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Dlg4, Dlgh4, Psd95 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31016 | ||
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2292.695 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 646-657 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans. / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6P1M3 | ||
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.61 % |
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-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97893 Å |
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検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97893 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 8937 / Num. obs: 8915 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.7.3_928) / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.804→42.865 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.56 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 67.275 Å2 / ksol: 0.356 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.804→42.865 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3 / % reflection obs: 100 %
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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