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万見
- PDB-3wfv: HIV-1 CRF07 gp41 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wfv
タイトルHIV-1 CRF07 gp41
要素Envelope glycoprotein gp160
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / DOUBLE HELIX / alpha-helix (Αヘリックス) / virus fusion / glycoprotein (糖タンパク質) / membrane (生体膜)
機能・相同性
機能・相同性情報


virus-mediated perturbation of host defense response => GO:0019049 / : / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane ...virus-mediated perturbation of host defense response => GO:0019049 / : / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #210 / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Gp120 (HIV) / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Du, J. / Xue, H. / Ma, J. / Liu, F. / Zhou, J. / Shao, Y. / Qiao, W. / Liu, X.
引用ジャーナル: Virology / 年: 2013
タイトル: The crystal structure of HIV CRF07 B'/C gp41 reveals a hyper-mutant site in the middle of HR2 heptad repeat
著者: Du, J. / Xue, H. / Ma, J. / Liu, F. / Zhou, J. / Shao, Y. / Qiao, W. / Liu, X.
履歴
登録2013年7月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月16日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope glycoprotein gp160


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7461
ポリマ－9,7461
非ポリマー00
水54030
1
A: Envelope glycoprotein gp160

A: Envelope glycoprotein gp160

A: Envelope glycoprotein gp160


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2373
ポリマ－29,2373
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area8110 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area12740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.920, 46.920, 185.051
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-701-

HOH

21A-702-

HOH

31A-730-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Envelope glycoprotein gp160


分子量: 9745.812 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 542-577 and 624-660 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: env / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q994K2
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.84 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 8% PEG6000, 0.1M Tris, 40% MPD, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月16日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20.102 Å / Num. obs: 7326 / % possible obs: 95.76 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル最高解像度: 1.8 Å / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Mean I/σ(I) obs: 17.5 / Num. unique all: 7326 / Rsym value: 0.053 / % possible all: 95.76

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→20.102 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7533 / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 29.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2582 336 4.59 %RANDOM
Rwork0.2201 ---
obs0.2219 7326 95.76 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 87.432 Å2 / ksol: 0.478 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 91.06 Å2 / Biso mean: 32.1715 Å2 / Biso min: 13.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.806 Å20 Å20 Å2
2---2.806 Å20 Å2
3---5.612 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20.102 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数685 0 0 30 715
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008693
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.226935
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084102
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004124
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.14259
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 2 / % reflection obs: 96 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.8-2.26740.2961750.223334173592
2.2674-20.10360.24731610.219235733734

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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