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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3we4 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of S6K1 kinase domain in complex with a pyrimidine derivative PF-4708671 2-{[4-(5-ethylpyrimidin-4-yl)piperazin-1-yl]methyl}-5-(trifluoromethyl)-1H-benzimidazole | ||||||
要素 | Ribosomal protein S6 kinase beta-1リボソーム | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / SERINE/THREONINE PROTEIN KINASE DOMAIN / TRANSFERASE (転移酵素) / PHOSPHORYLATION (リン酸化) / ATP-BINDING / ZINC-BINDING / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 long-chain fatty acid import into cell / response to electrical stimulus involved in regulation of muscle adaptation / skeletal muscle atrophy / positive regulation of skeletal muscle tissue growth / regulation of glucose import / ribosomal protein S6 kinase activity / response to L-leucine / cellular response to nutrient / phosphatidylinositol-mediated signaling / response to glucagon ...long-chain fatty acid import into cell / response to electrical stimulus involved in regulation of muscle adaptation / skeletal muscle atrophy / positive regulation of skeletal muscle tissue growth / regulation of glucose import / ribosomal protein S6 kinase activity / response to L-leucine / cellular response to nutrient / phosphatidylinositol-mediated signaling / response to glucagon / response to testosterone / positive regulation of smooth muscle cell migration / MTOR / mTORC1-mediated signalling / germ cell development / positive regulation of translational initiation / skeletal muscle contraction / behavioral fear response / response to tumor necrosis factor / response to glucose / long-term memory / response to mechanical stimulus / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / positive regulation of TORC1 signaling / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / cellular response to dexamethasone stimulus / positive regulation of mitotic cell cycle / response to nutrient levels / positive regulation of translation / protein phosphatase 2A binding / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / PDZ domain binding / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / peptide binding / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / G1/S transition of mitotic cell cycle / modulation of chemical synaptic transmission / response to toxic substance / cellular response to growth factor stimulus / cellular response to type II interferon / cellular response to insulin stimulus / 遊走 / postsynapse / peptidyl-serine phosphorylation / response to ethanol / mitochondrial outer membrane / response to lipopolysaccharide / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / neuron projection / response to xenobiotic stimulus / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / glutamatergic synapse / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / 細胞膜 / シグナル伝達 / ミトコンドリア / 核質 / ATP binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.995 Å | ||||||
データ登録者 | Niwa, H. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Struct.Funct.Genom. / 年: 2014 タイトル: Crystal structures of the S6K1 kinase domain in complexes with inhibitors 著者: Niwa, H. / Mikuni, J. / Sasaki, S. / Tomabechi, Y. / Honda, K. / Ikeda, M. / Ohsawa, N. / Wakiyama, M. / Handa, N. / Shirouzu, M. / Honma, T. / Tanaka, A. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3we4.cif.gz | 138.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3we4.ent.gz | 105.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3we4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/3we4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/3we4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37178.816 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 78-399 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS6KB1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P23443, non-specific serine/threonine protein kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 化合物 | ChemComp-5FI / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.49 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Tris-HCl, 3.7-3.9M sodium formate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月29日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.995→50 Å / Num. all: 26174 / Num. obs: 26174 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.5 % / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 13.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.995→2.03 Å / 冗長度: 9.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1292 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3A62 解像度: 1.995→35.465 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.08 / 位相誤差: 21.14 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 128.86 Å2 / Biso mean: 51.0227 Å2 / Biso min: 25.74 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.995→35.465 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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