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万見
- PDB-3vym: Dimeric Hydrogenobacter thermophilus cytochrome c552 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vym
タイトルDimeric Hydrogenobacter thermophilus cytochrome c552
要素Cytochrome c-552
キーワードELECTRON TRANSPORT (電子伝達系)
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class ID / シトクロムc / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Cytochrome c-552
類似検索 - 構成要素
生物種Hydrogenobacter thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Hayashi, Y. / Nagao, S. / Osuka, H. / Komori, H. / Higuchi, Y. / Hirota, S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Domain Swapping of the Heme and N-Terminal alpha-Helix in Hydrogenobacter thermophilus Cytochrome c(552) Dimer
著者: Hayashi, Y. / Nagao, S. / Osuka, H. / Komori, H. / Higuchi, Y. / Hirota, S.
履歴
登録2012年9月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c-552
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2052
ポリマ－8,5861
非ポリマー6191
水57632
1
A: Cytochrome c-552
ヘテロ分子

A: Cytochrome c-552
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4094
ポリマ－17,1722
非ポリマー1,2372
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_645y+1,x-1,-z1
Buried area5310 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area9440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.148, 46.148, 78.407
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome c-552 / Cytochrome c552


分子量: 8586.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hydrogenobacter thermophilus (バクテリア)
株: TK-6 / 遺伝子: HTH_0988, Hydth_0984 / プラスミド: pKO2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JCB387 / 参照: UniProt: P15452
#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C / Heme C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.18 % / Mosaicity: 1.641 °
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100mM HEPES buffer, 800mM ammonium sulfate, 45% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月19日
放射モノクロメーター: Si double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 6916 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Χ2: 1.531 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2-2.07100.8596701.0431100
2.07-2.1510.30.6886581.1591100
2.15-2.2510.40.5116771.0831100
2.25-2.3710.40.3886781.1691100
2.37-2.5210.30.2516861.222199.9
2.52-2.7110.40.196991.4641100
2.71-2.9910.30.1346641.9261100
2.99-3.4210.10.087082.119199.9
3.42-4.319.90.0557112.1811100
4.31-509.50.047651.91199.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→39.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 4.722 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.173 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2635 327 4.8 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs0.2067 6526 99.22 %-
all-6853 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 74.82 Å2 / Biso mean: 38.3436 Å2 / Biso min: 19.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.43 Å20.72 Å20 Å2
2--1.43 Å20 Å2
3----2.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→39.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数601 0 43 32 676
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.022668
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1652.174914
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.05581
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.93126.36422
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.65915117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.256151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1370.288
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021499
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3031.5399
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.282631
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2353269
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0054.5282
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0.173 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 16 -
Rwork0.267 462 -
all-478 -
obs-478 98.15 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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