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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3vtc | ||||||
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タイトル | Crystal structure of rat vitamin D receptor bound to a partial agonist 26-adamantyl-23-yne-19-norvitammin D ADTK3 | ||||||
要素 |
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キーワード | HORMONE RECEPTOR / Transcription (転写 (生物学)) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of bone trabecula formation / Vitamin D (calciferol) metabolism / SUMOylation of intracellular receptors / 核小体 / Nuclear Receptor transcription pathway / bile acid nuclear receptor activity / response to bile acid / positive regulation of parathyroid hormone secretion / phosphate ion transmembrane transport / apoptotic process involved in mammary gland involution ...negative regulation of bone trabecula formation / Vitamin D (calciferol) metabolism / SUMOylation of intracellular receptors / 核小体 / Nuclear Receptor transcription pathway / bile acid nuclear receptor activity / response to bile acid / positive regulation of parathyroid hormone secretion / phosphate ion transmembrane transport / apoptotic process involved in mammary gland involution / cellular response to vitamin D / vitamin D binding / calcitriol binding / positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution / lithocholic acid binding / positive regulation of keratinocyte differentiation / negative regulation of ossification / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / vitamin D receptor signaling pathway / bile acid signaling pathway / intestinal absorption / response to aldosterone / mammary gland branching involved in pregnancy / regulation of calcium ion transport / decidualization / negative regulation of keratinocyte proliferation / ヘテロクロマチン / nuclear retinoid X receptor binding / 横行小管 / 授乳 / skeletal system development / apoptotic signaling pathway / animal organ morphogenesis / ユークロマチン / mRNA transcription by RNA polymerase II / cell morphogenesis / intracellular calcium ion homeostasis / nuclear matrix / response to calcium ion / RNA polymerase II transcription regulator complex / cellular response to amyloid-beta / nuclear receptor activity / calcium ion transport / response to estradiol / heart development / sequence-specific DNA binding / 細胞分化 / receptor complex / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Nakabayashi, M. / Kudo, T. / Tokiwa, H. / Makishima, M. / Yamada, S. / Ikura, T. / Ito, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014 タイトル: Combination of Triple Bond and Adamantane Ring on the Vitamin D Side Chain Produced Partial Agonists for Vitamin D Receptor. 著者: Kudo, T. / Ishizawa, M. / Maekawa, K. / Nakabayashi, M. / Watarai, Y. / Uchida, H. / Tokiwa, H. / Ikura, T. / Ito, N. / Makishima, M. / Yamada, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3vtc.cif.gz | 74.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3vtc.ent.gz | 52.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3vtc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/3vtc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/3vtc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30595.037 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 116-423 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Nr1i1, Vdr / プラスミド: pET14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P13053 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1570.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: PEPTIDE SYNTHESIS |
#3: 化合物 | ChemComp-TK3 / ( |
#4: 化合物 | ChemComp-EDO / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.37 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: MOPS-Na, Na formate, PEG 4000, ethyleneglycol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å |
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検出器 | 日付: 2011年12月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 43106 / Biso Wilson estimate: 16.6 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.55 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2ZLC 解像度: 1.5→27.03 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 221567.27 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 55.9161 Å2 / ksol: 0.45 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→27.03 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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