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- PDB-3vsv: The complex structure of XylC with xylose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vsv
タイトルThe complex structure of XylC with xylose
要素Xylosidase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / glycoside hydrolase (グリコシダーゼ) / beta-xylosidase / product inhibition
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Glycoside hydrolase 120, insertion domain / Right handed beta helix domain / Right handed beta helix region / Parallel beta-helix repeat / Parallel beta-helix repeats / Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like / Pectate Lyase C-like / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor ...: / Glycoside hydrolase 120, insertion domain / Right handed beta helix domain / Right handed beta helix region / Parallel beta-helix repeat / Parallel beta-helix repeats / Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like / Pectate Lyase C-like / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / 3 Solenoid / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-xylopyranose / alpha-D-xylopyranose / Parallel beta-helix repeat protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoanaerobacterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Huang, C.H. / Sun, Y. / Ko, T.P. / Ma, Y. / Chen, C.C. / Zheng, Y. / Chan, H.C. / Pang, X. / Wiegel, J. / Shao, W. / Guo, R.T.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2012
タイトル: The substrate/product-binding modes of a novel GH120 beta-xylosidase (XylC) from Thermoanaerobacterium saccharolyticum JW/SL-YS485
著者: Huang, C.H. / Sun, Y. / Ko, T.P. / Chen, C.C. / Zheng, Y. / Chan, H.C. / Pang, X. / Wiegel, J. / Shao, W. / Guo, R.T.
履歴
登録2012年5月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_validate_close_contact / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xylosidase
B: Xylosidase
C: Xylosidase
D: Xylosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)296,63639
ポリマ－291,3824
非ポリマー5,25535
水65,0883613
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24530 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area83420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.779, 201.948, 100.105
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.18, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Xylosidase / beta-xylosidase


分子量: 72845.398 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoanaerobacterium (バクテリア)
株: JW/SL YS485 / プラスミド: pHsh / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: A2ICH1, xylan 1,4-beta-xylosidase
#2: 糖...
ChemComp-XYP / beta-D-xylopyranose / beta-D-xylose / D-xylose / xylose / β-D-キシロピラノ-ス / キシロース


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5
識別子タイププログラム
DXylpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-xylopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-XylpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
XylSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 糖
ChemComp-XYS / alpha-D-xylopyranose / alpha-D-xylose / D-xylose / xylose / XYLOPYRANOSE / α-D-キシロピラノ-ス / キシロース


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5
識別子タイププログラム
DXylpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-xylopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-XylpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
XylSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3613 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.54 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2M sodium citrate, 15-17%(w/v) polyethylene glycol 3350, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器日付: 2011年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→25 Å / Num. obs: 574432 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 20.9
反射 シェル解像度: 1.48→1.53 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.496 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 57397 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VST

3vst


解像度: 1.48→25 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.168 27272 RANDOM
Rwork0.15 --
all-575333 -
obs-548128 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.48→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20588 0 350 3613 24551
LS精密化 シェル解像度: 1.48→1.53 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 2468 -
Rwork0.217 --
obs-49577 95.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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