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Yorodumi- PDB-5hjx: Structure function studies of R. palustris RubisCO (A47V mutant; ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5hjx | |||||||||
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Title | Structure function studies of R. palustris RubisCO (A47V mutant; CABP-bound) | |||||||||
Components | Ribulose bisphosphate carboxylaseRuBisCO | |||||||||
Keywords | LYASE / RubisCO / hexamer | |||||||||
Function / homology | Function and homology information ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / monooxygenase activity / magnesium ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Rhodopseudomonas palustris (phototrophic) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.799 Å | |||||||||
Authors | Arbing, M.A. / Shin, A. / Satagopan, S. / North, J.A. / Tabita, F.R. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Structure function studies of R. palustris RubisCO. Authors: Arbing, M.A. / Satagopan, S. / Varaljay, V.A. / Shin, A. / Tabita, F.R. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5hjx.cif.gz | 1.5 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5hjx.ent.gz | 1.3 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5hjx.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/5hjx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/5hjx | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5haoC 5hatC 5hjyC 5hk4C 5hqmC 5kozC 4lf1S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 52785.395 Da / Num. of mol.: 6 / Mutation: A47V Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rhodopseudomonas palustris (phototrophic) Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q6N0W9, ribulose-bisphosphate carboxylase #2: Sugar | ChemComp-CAP / #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.21 Å3/Da / Density % sol: 44.3 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: Protein storage buffer: 20 mM Tris, pH 8.0, 300 mM NaCl, 10% glycerol, 10 mM MgCl2, 20 mM NaHCO3. Reservoir solution: 20-24% PEG 3350, 200 mM sodium sulfate, 100 mM Bis-tris propane pH 7.0-8.0 PH range: 7-8 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.9797 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Mar 1, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9797 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.799→87.22 Å / Num. obs: 208202 / % possible obs: 87 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 25.69 Å2 / Rmerge F obs: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 1.03 / Net I/σ(I): 7.98 / Num. measured all: 388868 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4LF1 Resolution: 1.799→87.22 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 22.48 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.799→87.22 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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