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万見
- PDB-3v5k: HLA2.1 KVAELVWFL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v5k
タイトルHLA2.1 KVAELVWFL
要素
  • Beta-2-microglobulinΒ2-ミクログロブリン
  • HIV-based altered-peptide ligand KVAELVWFL
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / peptide-binding groove / T cell receptor (T細胞受容体)
機能・相同性
機能・相同性情報


T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding ...T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / endoplasmic reticulum exit site / beta-2-microglobulin binding / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / T cell receptor binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / response to molecule of bacterial origin / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / cellular response to iron ion / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of neurogenesis / MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / cellular response to nicotine / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / specific granule lumen / viral genome integration into host DNA / peptide antigen binding / establishment of integrated proviral latency / positive regulation of cellular senescence / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / RNA-directed DNA polymerase activity / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / positive regulation of T cell activation / Modulation by Mtb of host immune system / Interferon alpha/beta signaling / positive regulation of type II interferon production / sensory perception of smell / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / negative regulation of neuron projection development / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / T cell differentiation in thymus / late endosome membrane / positive regulation of protein binding / ER-Phagosome pathway / antibacterial humoral response / iron ion transport / T cell receptor signaling pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / endonuclease activity / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / aspartic-type endopeptidase activity / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / 免疫応答 / Amyloid fiber formation / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / 小胞体 / ゴルジ体 / signaling receptor binding / focal adhesion / 自然免疫系 / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Β2-ミクログロブリン / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Reverse transcriptase thumb ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Β2-ミクログロブリン / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Retropepsin-like catalytic domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pol protein / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Β2-ミクログロブリン
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
human (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Collins, E.J. / Lee, H.Y.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Prediction of Immunogenicity of altered-peptide ligands to HIV bound to MHC
著者: Collins, E.J. / Lee, H.Y.
履歴
登録2011年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: HIV-based altered-peptide ligand KVAELVWFL
D: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: HIV-based altered-peptide ligand KVAELVWFL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,7707
ポリマ－89,6786
非ポリマー921
水5,206289
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: HIV-based altered-peptide ligand KVAELVWFL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8393
ポリマ－44,8393
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4650 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area18880 Å2
手法PISA
2
D: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: HIV-based altered-peptide ligand KVAELVWFL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9314
ポリマ－44,8393
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4850 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area18840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.773, 87.078, 79.683
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.040, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain / MHC class I antigen A*2


分子量: 31854.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA*0201, HLA-A, HLAA / プラスミド: pLM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Β2-ミクログロブリン / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, beta-2-microglobulin, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pLM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド HIV-based altered-peptide ligand KVAELVWFL


分子量: 1105.347 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: chemically synthesized peptide based on sequence from HIV
由来: (合成) human (ヒト) / 参照: UniProt: E0YFW1*PLUS
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 289 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25 mM MES pH6.5 12% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月12日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 37378 / Num. obs: 35327 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 0.916 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.3-2.3840.29436930.785198.6
2.38-2.4840.24536720.822198.5
2.48-2.5940.19836600.85198.7
2.59-2.7340.16137280.881198.7
2.73-2.940.12536771.012199.2
2.9-3.1240.09437041.075198.9
3.12-3.4340.07837131.019199.4
3.43-3.933.30.06619620.891152
3.93-4.953.90.05536820.881198.2
4.95-303.90.05238360.923199.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å29.39 Å
Translation2.5 Å29.39 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345dtbデータ収集
DENZOデータ削減
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.31→29.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9205 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8886 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU R Cruickshank DPI: 0.381 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 1754 4.97 %RANDOM
Rwork0.1855 ---
all0.1876 37523 --
obs0.1876 35266 93.53 %-
原子変位パラメータBiso max: 135.07 Å2 / Biso mean: 38.631 Å2 / Biso min: 14.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.8937 Å20 Å2-1.2817 Å2
2---12.4557 Å20 Å2
3---9.562 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.305 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→29.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6326 0 6 289 6621
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d02240SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0173HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0948HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it06532HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion0797SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact07299SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0096532HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.078870HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.41
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.92
LS精密化 シェル解像度: 2.31→2.38 Å / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2664 144 5.19 %
Rwork0.2032 2629 -
all0.2066 2773 -
obs--93.53 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.95170.24980.55040.87990.48612.32290.05740.26320.18680.0389-0.03210.13080.1281-0.2763-0.0253-0.1509-0.01790.0092-0.01190.0223-0.10645.98840.047135.8025
24.41340.735-2.28210.7814-0.2935.6927-0.06660.5443-0.0049-0.10320.1556-0.0712-0.2079-0.0356-0.0889-0.09160.02350.01710.01160.0157-0.143137.51183.875119.1282
32.4079-0.23450.16280.6918-0.19411.2237-0.00860.2085-0.3909-0.17190.0464-0.06750.22990.0421-0.0378-0.0439-0.0176-0.0144-0.046-0.0356-0.017326.5958-14.244927.2031
40.48690.3739-2.32802.91070.8385-0.0142-0.0280.0545-0.10230.0368-0.0246-0.0443-0.0283-0.0226-0.1042-0.05810.03190.08540.01460.0317-1.97970.833839.8728
52.29640.2289-0.33180.7097-0.23462.52960.12270.2324-0.06720.0435-0.0078-0.1035-0.09670.1954-0.1148-0.12350.0042-0.0133-0.037-0.0159-0.089725.403335.732119.2427
63.97210.11742.77310.85540.67268.31930.04750.4852-0.06980.00330.15230.10680.54440.1265-0.1998-0.1020.0658-0.01820.0601-0.0304-0.2137-6.155431.98052.667
71.9394-0.6679-0.23050.9022-0.14881.13940.0940.22660.1315-0.0622-0.02480.049-0.1782-0.1078-0.0693-0.0309-0.01160.02110.01490.0199-0.07774.751250.051510.7818
80.6105-1.3120.63050-2.87651.1382-0.00790.0984-0.04980.0031-0.01450.01150.08170.04790.0224-0.0478-0.012-0.03360.0509-0.0967-0.001533.457234.934222.7646
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|1 - 183}A1 - 183
2X-RAY DIFFRACTION2{A|184 - 275}A184 - 275
3X-RAY DIFFRACTION3{B|0 - 99}B0 - 99
4X-RAY DIFFRACTION4{C|1 - 9}C1 - 9
5X-RAY DIFFRACTION5{D|1 - 183}D1 - 183
6X-RAY DIFFRACTION6{D|184 - 275}D184 - 275
7X-RAY DIFFRACTION7{E|0 - 99}E0 - 99
8X-RAY DIFFRACTION8{F|1 - 9}F1 - 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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