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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3uux | ||||||
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タイトル | Crystal structure of yeast Fis1 in complex with Mdv1 fragment containing N-terminal extension and coiled coil domains | ||||||
要素 |
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キーワード | APOPTOSIS (アポトーシス) / Tetratricopeptide repeat / mitochondrial fission / mitochondria and cytoplasm | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Class I peroxisomal membrane protein import / peroxisome organization / peroxisome fission / mitochondrial genome maintenance / mitochondrial fission / positive regulation of mitochondrial fission / ubiquitin binding / ペルオキシソーム / mitochondrial outer membrane / apoptotic process / ミトコンドリア 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.9 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, Y. / Chan, N.C. / Gristick, H. / Chan, D.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012 タイトル: Crystal structure of mitochondrial fission complex reveals scaffolding function for mitochondrial division 1 (mdv1) coiled coil. 著者: Zhang, Y. / Chan, N.C. / Ngo, H.B. / Gristick, H. / Chan, D.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3uux.cif.gz | 112.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3uux.ent.gz | 90.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3uux.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/3uux ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/3uux | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15128.260 Da / 分子数: 2 / 断片: cytoplasmic portion / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: FIS1, MDV2, YIL065C / プラスミド: pBB75 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: P40515 #2: タンパク質 | 分子量: 27143.021 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal extension and coiled coil / Mutation: K215A, K216A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MDV1, FIS2, GAG3, NET2, YJL112W, J0802 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: P47025 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.41 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 0.54M sodium citrate, 0.1M cacodylate, 4% acetonitrile, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.9999 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月8日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Side-scattering cuberoot I-beam bent single crystal, asymetric cut 12.2 degrees プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9999 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.896→123.514 Å / Num. all: 11999 / Num. obs: 11999 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 14.5 % / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.9→123.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / WRfactor Rfree: 0.2503 / WRfactor Rwork: 0.2399 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7906 / SU B: 37.203 / SU ML: 0.517 / SU Rfree: 0.7063 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.706 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT; IN THE INPUT U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 159.89 Å2 / Biso mean: 126.7367 Å2 / Biso min: 20 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.9→123.51 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: TIGHT POSITIONAL / Weight position: 0.03
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.896→3.997 Å / Total num. of bins used: 20
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