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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3utp | ||||||
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タイトル | 1E6 TCR specific for HLA-A*0201-ALWGPDPAAA | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / T cell receptor (T細胞受容体) / Type I Diabetes (1型糖尿病) | ||||||
機能・相同性 | 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.574 Å | ||||||
データ登録者 | Rizkallah, P.J. / Cole, D.K. / Sewell, A.K. / Bulek, A.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2012 タイトル: Structural basis for the killing of human beta cells by CD8(+) T cells in type 1 diabetes. 著者: Bulek, A.M. / Cole, D.K. / Skowera, A. / Dolton, G. / Gras, S. / Madura, F. / Fuller, A. / Miles, J.J. / Gostick, E. / Price, D.A. / Drijfhout, J.W. / Knight, R.R. / Huang, G.C. / Lissin, N. ...著者: Bulek, A.M. / Cole, D.K. / Skowera, A. / Dolton, G. / Gras, S. / Madura, F. / Fuller, A. / Miles, J.J. / Gostick, E. / Price, D.A. / Drijfhout, J.W. / Knight, R.R. / Huang, G.C. / Lissin, N. / Molloy, P.E. / Wooldridge, L. / Jakobsen, B.K. / Rossjohn, J. / Peakman, M. / Rizkallah, P.J. / Sewell, A.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3utp.cif.gz | 368.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3utp.ent.gz | 313.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3utp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ut/3utp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ut/3utp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 4分子 DKEL
#1: タンパク質 | 分子量: 22613.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3 #2: タンパク質 | 分子量: 28026.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3 |
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-非ポリマー , 4種, 95分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 化合物 | ChemComp-BTB / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.96 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 20% w/v PEG3350, 0.2 M sodium iodide, 0.1 M Bis-tris propane, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9778 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年2月25日 / 詳細: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: ACCEL Fixed exit Double Crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9778 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.574→30.578 Å / Num. all: 32433 / Num. obs: 32433 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 9.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.574→30.578 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / WRfactor Rfree: 0.2943 / WRfactor Rwork: 0.2304 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7782 / SU B: 29.459 / SU ML: 0.319 / SU R Cruickshank DPI: 1.2327 / SU Rfree: 0.3701 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.233 / ESU R Free: 0.37 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 169.82 Å2 / Biso mean: 57.8729 Å2 / Biso min: 12.76 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.574→30.578 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.574→2.64 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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