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- PDB-3um9: Crystal Structure of the Defluorinating L-2-Haloacid Dehalogenase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3um9
タイトルCrystal Structure of the Defluorinating L-2-Haloacid Dehalogenase Bpro0530
要素Haloacid dehalogenase, type II
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Haloacid dehalogenase-like hydrolase protein superfamily / defluorinase
機能・相同性
機能・相同性情報


(S)-2-haloacid dehalogenase / (S)-2-haloacid dehalogenase activity
類似検索 - 分子機能
L-2-Haloacid dehalogenase / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 ...L-2-Haloacid dehalogenase / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Haloacid dehalogenase, type II
類似検索 - 構成要素
生物種Polaromonas sp. JS666 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Chan, P.W.Y. / Savchenko, A. / Yakunin, A.F. / Edwards, E.A. / Pai, E.F.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural adaptations of L-2-haloacid dehalogenases that enable hydrolytic defluorination
著者: Chan, P.W.Y. / To, T.K.W. / Petit, P. / Tran, C. / Waelti, M. / Savchenko, A. / Yakunin, A.F. / Edwards, E.A. / Pai, E.F.
履歴
登録2011年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Haloacid dehalogenase, type II
B: Haloacid dehalogenase, type II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3656
ポリマ－51,0562
非ポリマー3104
水1,874104
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3300 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area17830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.640, 96.640, 92.030
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1116A0 - 229
2116B0 - 229

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要素

#1: タンパク質 Haloacid dehalogenase, type II / L-2-Haloacid Dehalogenase Bpro0530


分子量: 25527.912 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Polaromonas sp. JS666 (バクテリア)
株: JS666 / ATCC BAA-500 / 遺伝子: Bpro0530, Bpro_0530 / プラスミド: p15TV-L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q12G50, (S)-2-haloacid dehalogenase
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION / ニッケル


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.38 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1 M lithium sulfate, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, cryoprotectant: Paratone N, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年11月1日 / 詳細: Varimax
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.559
11h+k,-k,-l20.441
反射解像度: 2.19→19.047 Å / Num. obs: 24866 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 38.113 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 32.75
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.19-2.250.4293.848931168991.4
2.25-2.310.4046.03167551782100
2.31-2.380.3636.65165131753100
2.38-2.450.2998.01159981692100
2.45-2.530.2539.46157071655100
2.53-2.620.21511.2152821610100
2.62-2.720.16414.57146181531100
2.72-2.830.13817.35142581486100
2.83-2.960.124.09134771408100
2.96-3.10.07630.54132541376100
3.1-3.270.05938.92124301290100
3.27-3.470.04351.27118471227100
3.47-3.710.03958.68112261164100
3.71-40.03368.22103521073100
4-4.390.02582.789568983100
4.39-4.90.02487.588638891100
4.9-5.660.02676.367769800100
5.66-6.940.02677.826603682100
6.94-9.810.017112.034977517100
9.810.015109.38200725786.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.19→19.047 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 7.311 / SU ML: 0.169 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.044 / ESU R Free: 0.037 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1987 1226 4.9 %RANDOM
Rwork0.1439 ---
obs0.1466 24829 99.06 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 61.02 Å2 / Biso mean: 29.6047 Å2 / Biso min: 11.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.32 Å20 Å20 Å2
2---1.32 Å20 Å2
3---2.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→19.047 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3518 0 12 104 3634
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0223634
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022405
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.881.9494937
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.03635841
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.045454
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.67523.576165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.92915591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.7431523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2547
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024087
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02776
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9151.52244
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2521.5926
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.62923609
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.69131390
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8734.51328
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2938 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
LOOSE POSITIONAL0.455
LOOSE THERMAL4.6910
LS精密化 シェル解像度: 2.19→2.248 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.222 1638 -
obs--88.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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