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万見
- PDB-3mq4: Metabotropic glutamate receptor mGluR7 complexed with LY341495 an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mq4
タイトルMetabotropic glutamate receptor mGluR7 complexed with LY341495 antagonist
要素Metabotropic glutamate receptor 7
キーワードSIGNALING PROTEIN / GLUTAMATE RECEPTORS / MGLUR7 / DIMERIZATION / GLUTAMIC ACID BINDING / STRUCTURAL GENOMICS / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


group III metabotropic glutamate receptor activity / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / adenylate cyclase inhibitor activity / glycosylation / negative regulation of glutamate secretion / serine binding / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / glutamate receptor activity / glutamate binding ...group III metabotropic glutamate receptor activity / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / adenylate cyclase inhibitor activity / glycosylation / negative regulation of glutamate secretion / serine binding / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / glutamate receptor activity / glutamate binding / axon development / presynaptic active zone / asymmetric synapse / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / dendritic shaft / PDZ domain binding / sensory perception of sound / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / cell cortex / G alpha (i) signalling events / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / receptor complex / protein dimerization activity / axon / dendrite / calcium ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 7 / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / : / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3, conserved site ...GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 7 / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / : / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3, conserved site / GPCR, family 3 / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / Response regulator / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-Z99 / Metabotropic glutamate receptor 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Dobrovetsky, E. / Khutoreskaya, G. / Seitova, A. / He, H. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Cossar, D. / Bochkarev, A. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: mGluR7 complexed with LY341495
著者: Dobrovetsky, E. / Khutoreskaya, G. / Seitova, A. / He, H. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Cossar, D. / Bochkarev, A.
履歴
登録2010年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月6日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metabotropic glutamate receptor 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9913
ポリマ－53,6131
非ポリマー3782
水00
1
A: Metabotropic glutamate receptor 7
ヘテロ分子

A: Metabotropic glutamate receptor 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,9826
ポリマ－107,2262
非ポリマー7554
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area1500 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area36740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.673, 131.159, 140.644
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細dimer

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要素

#1: タンパク質 Metabotropic glutamate receptor 7 / mGluR7


分子量: 53613.152 Da / 分子数: 1 / 断片: Ligand binding domain, residues 37-513 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GPRC1G, GRM7, MGLUR7 / プラスミド: pFHMSP-LIC-C / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q14831
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-Z99 / 2-[(1S,2S)-2-carboxycyclopropyl]-3-(9H-xanthen-9-yl)-D-alanine / (1S,2S)-2-[(2S)-2-amino-1-hydroxy-1-oxo-3-(9H-xanthen-9-yl)propan-2-yl]cyclopropane-1-carboxylic acid / LY-491395


分子量: 353.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H19NO5 / コメント: 抗うつ薬, アンタゴニスト*YM
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.68 %
結晶化温度: 298 K / pH: 7.5
詳細: 20.0% PEG 3350, 0.2M NaH2PO4. protein at 5mg/mL plus 2mM LY341495, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月24日
放射モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→26.87 Å / Num. obs: 12809 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 98.52 Å2 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 46.29
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 6.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.12 / Rsym value: 0.78 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
MOLREP位相決定
BUSTER2.8.0精密化
HKL-3000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KS9

3ks9


解像度: 2.8→27.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9082 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8821 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The structure was refined with BUSTER-TNT using TLS. The TLS records were excluded from the REMARK 3, since BUSTER-TNT TLS records contain characters not supported by PDB format
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2933 626 4.9 %RANDOM
Rwork0.262 ---
obs0.2635 12769 --
原子変位パラメータBiso mean: 114.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--16.7052 Å20 Å20 Å2
2---3.908 Å20 Å2
3---20.6132 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.666 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→27.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2678 0 27 0 2705
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0092754HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.153759HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d811SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes59HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes421HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2754HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.89
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion3895
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact29534
LS精密化 シェル解像度: 2.8→3.07 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3224 161 5.35 %
Rwork0.2781 2846 -
all0.2806 3007 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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