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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3uem | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human PDI bb'a' domains | ||||||
要素 | Protein disulfide-isomeraseプロテインジスルフィドイソメラーゼ | ||||||
キーワード | CHAPERONE (シャペロン) / Protein disulfide isomerase (プロテインジスルフィドイソメラーゼ) / thioredoxin-like domain | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / procollagen-proline 4-dioxygenase complex / VLDL assembly / insulin processing / procollagen-proline 4-dioxygenase activity / interleukin-23-mediated signaling pathway / LDL remodeling / thiol oxidase activity / プロテインジスルフィドイソメラーゼ / peptidyl-proline hydroxylation to 4-hydroxy-L-proline ...regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / procollagen-proline 4-dioxygenase complex / VLDL assembly / insulin processing / procollagen-proline 4-dioxygenase activity / interleukin-23-mediated signaling pathway / LDL remodeling / thiol oxidase activity / プロテインジスルフィドイソメラーゼ / peptidyl-proline hydroxylation to 4-hydroxy-L-proline / endoplasmic reticulum chaperone complex / protein folding in endoplasmic reticulum / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / Chylomicron assembly / Interleukin-23 signaling / interleukin-12-mediated signaling pathway / cellular response to interleukin-7 / Interleukin-12 signaling / protein disulfide isomerase activity / Insulin processing / Detoxification of Reactive Oxygen Species / protein-disulfide reductase activity / positive regulation of cell adhesion / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / response to endoplasmic reticulum stress / Hedgehog ligand biogenesis / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / メラノソーム / integrin binding / フォールディング / lamellipodium / actin binding / cellular response to hypoxia / positive regulation of viral entry into host cell / 細胞骨格 / protein heterodimerization activity / external side of plasma membrane / 小胞体 / focal adhesion / enzyme binding / 小胞体 / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å | ||||||
データ登録者 | Yu, J. / Wang, C. / Huo, L. / Feng, W. / Wang, C.-C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012 タイトル: Human protein-disulfide isomerase is a redox-regulated chaperone activated by oxidation of domain a' 著者: Wang, C. / Yu, J. / Huo, L. / Wang, L. / Feng, W. / Wang, C.-C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3uem.cif.gz | 163.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3uem.ent.gz | 131.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3uem.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/3uem ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/3uem | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40747.781 Da / 分子数: 1 / 断片: bb'a' domains / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P07237, プロテインジスルフィドイソメラーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-D1D / ( |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.97 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 25%(w/v) PEG3350, 0.1M Tris-HCl, 0.2M ammonium acetate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.29→50 Å / Num. all: 17802 / Num. obs: 17802 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 30.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.29→2.38 Å / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.29→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 17.744 / SU ML: 0.238 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.277 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 55.355 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.29→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.293→2.353 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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