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- PDB-1g9u: CRYSTAL STRUCTURE OF YOPM-LEUCINE RICH EFFECTOR PROTEIN FROM YERS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g9u
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF YOPM-LEUCINE RICH EFFECTOR PROTEIN FROM YERSINIA PESTIS
要素OUTER PROTEIN YOPM
キーワードTOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
LRR-containing bacterial E3 ligase, N-terminal / Type III secretion system leucine rich repeat protein / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / Outer membrane protein YopM
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Evdokimov, A.G. / Anderson, D.E. / Routzahn, K.M. / Waugh, D.S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Unusual molecular architecture of the Yersinia pestis cytotoxin YopM: a leucine-rich repeat protein with the shortest repeating unit.
著者: Evdokimov, A.G. / Anderson, D.E. / Routzahn, K.M. / Waugh, D.S.
履歴
登録2000年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年2月14日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
Remark 300BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S) ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE representing a possible biologically significant oligomerization state.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OUTER PROTEIN YOPM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,80520
ポリマ－51,5891
非ポリマー2,21619
水4,252236
1
A: OUTER PROTEIN YOPM
ヘテロ分子

A: OUTER PROTEIN YOPM
ヘテロ分子

A: OUTER PROTEIN YOPM
ヘテロ分子

A: OUTER PROTEIN YOPM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,22080
ポリマ－206,3554
非ポリマー8,86576
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation5_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation6_556x,-y,-z+11
Buried area21320 Å2
ΔGint-826 kcal/mol
Surface area57510 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)109.359, 109.359, 101.499
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number93
Space group name H-MP4222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-3005-

HOH

21A-3030-

HOH

31A-3073-

HOH

41A-3158-

HOH

51A-3226-

HOH

詳細Putative biological assembly is a tetramer.

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要素

#1: タンパク質 OUTER PROTEIN YOPM


分子量: 51588.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: YOPM / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: P17778
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.14 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 10% isopropanol 0.1 M MES, 0.2-0.4 M Ca(OAc)2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 321.0K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
詳細: Evdokimov, A.G., (2000) Acta Crystallog., D56, 1676.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 %2-propanol1reservoir
2450 mM1reservoirCa(OAc)2
3100 mMsodium-MES1reservoir
420 %ethylene glycol1reservoir
56-8 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 0.9879 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年3月22日 / 詳細: synchrotron Si monochromator + Osmic mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9879 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→74 Å / Num. all: 49157 / Num. obs: 39896 / % possible obs: 81 % / Observed criterion σ(F): 4 / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.32→2.45 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 7609 / % possible all: 96.4
反射
*PLUS
最低解像度: 74 Å

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解析

ソフトウェア
名称分類
SOLVE位相決定
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換
開始モデル: new structure

解像度: 2.35→100 Å / Isotropic thermal model: isotropic per atom / 交差検証法: random 5% throughout the refinement / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 2285 -random 5%
Rwork0.2 ---
all0.21 43317 --
obs0.17 33478 97 %-
原子変位パラメータBiso mean: 33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2793 0 46 236 3075
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.04
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.014
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.34
LS精密化 シェル解像度: 2.35→100 Å / Rfactor Rfree error: 0.02
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 2285 -
Rwork0.2 --
obs-33478 77 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 100 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor all: 0.21 / Rfactor obs: 0.17 / Rfactor Rfree: 0.23 / Rfactor Rwork: 0.17
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.04
X-RAY DIFFRACTIONs_planar_d0.34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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