PDB-3t6g: Structure of the complex between NSP3 (SHEP1) and p130Cas

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3t6g

タイトル

Structure of the complex between NSP3 (SHEP1) and p130Cas

要素

Breast cancer anti-estrogen resistance protein 1
SH2 domain-containing protein 3C

キーワード

SIGNALING PROTEIN /

CELL ADHESION (細胞接着) / Cdc25-homology domain / GTPase exchange factor / Focal-adhesion targeting domain

機能・相同性

機能・相同性情報

antigen receptor-mediated signaling pathway / endothelin receptor signaling pathway / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / small GTPase-mediated signal transduction / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Mace, P.D. / Robinson, H. / Riedl, S.J.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: NSP-Cas protein structures reveal a promiscuous interaction module in cell signaling.
著者: Mace, P.D. / Wallez, Y. / Dobaczewska, M.K. / Lee, J.J. / Robinson, H. / Pasquale, E.B. / Riedl, S.J.

履歴

登録	2011年7月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年12月28日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3t6g.cif.gz	347.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3t6g.ent.gz	286.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3t6g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t6/3t6g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t6/3t6g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3t6aC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3l9r-1 6yhn-d 5rxm-d 1tqd-2 5uq1-1 6kyz-2 1tqd-1 5rxd-d 3l9r-2 1tpz-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (8) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (2) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (2) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (8)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#83 - 2006年11月
フィブリン (Fibrin)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (2)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (2)
#209 - 2017年5月
組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (2)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (1)

登録構造単位

A: SH2 domain-containing protein 3C

B: Breast cancer anti-estrogen resistance protein 1

C: SH2 domain-containing protein 3C

D: Breast cancer anti-estrogen resistance protein 1

ヘテロ分子

125 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SH2 domain-containing protein 3C

B: Breast cancer anti-estrogen resistance protein 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: SH2 domain-containing protein 3C

D: Breast cancer anti-estrogen resistance protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	171.883, 171.883, 78.270
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁

#1: タンパク質	SH2 domain-containing protein 3C / Novel SH2-containing protein 3 分子量: 37003.707 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 539-860 / 変異: C654S, C755S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SH2D3C, NSP3, UNQ272/PRO309/PRO34088 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8N5H7
#2: タンパク質	Breast cancer anti-estrogen resistance protein 1 / CRK-associated substrate / Cas scaffolding protein family member 1 / p130cas 分子量: 25544.709 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 645-870 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCAR1, CAS, CASS1, CRKAS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56945
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.77 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: PEG3350 and sodium citrate (pH 7.8), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器	日付: 2009年9月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→29.5 Å / Num. obs: 39585 / % possible obs: 99.8 % / R_merge(I) obs: 0.071

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SHARP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.4_486)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 2.5→29.555 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 0 / 位相誤差: 31.93 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2658	1871	5.02 %
R_work	0.1966	-	-
obs	0.1999	37296	94.1 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 81.968 Å² / k_sol: 0.338 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-11.3128 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-11.3128 Å²	0 Å²
3-	-	-	22.6255 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.555 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6527	0	4	59	6590

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6649
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.076	8996
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.104	2458
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	1070
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1140

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5001-2.5894	0.4133	178	0.2975	3081	X-RAY DIFFRACTION	83
2.5894-2.693	0.3291	169	0.2649	3234	X-RAY DIFFRACTION	86
2.693-2.8155	0.3103	172	0.2346	3395	X-RAY DIFFRACTION	90
2.8155-2.9638	0.3171	186	0.2323	3457	X-RAY DIFFRACTION	93
2.9638-3.1493	0.3675	188	0.2399	3558	X-RAY DIFFRACTION	95
3.1493-3.3921	0.3109	200	0.229	3643	X-RAY DIFFRACTION	97
3.3921-3.7329	0.2571	197	0.2117	3709	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7329-4.2717	0.2446	194	0.1779	3750	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2717-5.3765	0.2149	191	0.1598	3782	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3765-29.557	0.2498	196	0.1835	3816	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2063	1.2681	0.6696	2.5442	1.3201	2.7168	0.1078	-0.1157	0.1215	-0.0059	0.0724	-0.1938	-0.1548	0.0391	-0.1126	0.1634	0.009	-0.0686	0.2837	0.1295	0.2559	65.1552	80.2116	17.1066
2	1.6977	-0.3571	0.1338	5.9707	1.5083	0.4329	-0.1055	0.4592	-0.0581	-1.4832	-0.3973	0.0541	-0.504	0.577	0.3302	0.4106	0.0313	-0.118	0.4937	0.023	0.1778	54.2606	78.5243	6.9184
3	1.9973	0.8309	1.4361	2.558	0.4629	3.6632	0.0392	-0.2362	-0.1251	0.0966	0.007	-0.0617	0.1162	-0.0473	-0.0723	0.2551	-0.0667	-0.0729	0.4045	0.0705	0.3761	61.3789	78.7053	18.7765
4	2.0759	-0.0333	-1.6008	2.4566	0.476	2.0671	0.3178	0.8798	-0.3149	-0.8848	0.2913	-0.9386	0.1291	0.7147	-0.3886	0.8303	-0.2341	0.3505	1.3451	-0.7669	0.9346	94.0795	57.4603	-15.0256
5	1.7062	-0.277	0.0782	0.2694	1.007	3.007	-0.0942	0.8435	-1.2671	-0.1185	0.4657	-0.0619	0.1826	0.3943	-0.2806	0.4187	-0.1496	0.1197	0.7256	-0.5017	0.8789	82.2836	56.8679	-5.3411
6	3.1001	-0.5745	0.3591	1.3299	0.682	0.6697	0.2198	0.2426	-1.6091	0.5051	-1.1069	1.2603	-0.1064	-1.2968	0.914	0.5911	0.0406	0.1707	0.8555	-0.4431	1.5987	96.8817	49.0852	8.2019
7	0.1291	-0.129	0.4742	1.3564	-0.3083	2.0814	-0.1849	1.1844	-0.4299	-0.0554	0.7397	-0.8978	-0.0848	0.5807	-0.5433	0.6596	-0.2139	0.3359	1.5155	-0.7123	1.1429	92.9963	62.4737	-14.4779
8	7.6599	1.0748	-0.291	4.3746	1.2213	9.0487	0.3704	-0.0266	-0.603	-0.8047	-0.827	1.4721	1.7704	0.2416	0.2449	0.6902	0.1869	-0.0223	0.4248	0.236	0.7961	39.7159	57.1243	10.503
9	2.3483	0.1717	-0.0995	1.2668	-0.3638	2.0297	-0.1037	-0.0982	-0.2187	0.0349	-0.0626	0.4693	-0.0245	-0.0585	0.1246	0.294	0.0084	-0.1913	0.39	-0.0543	0.525	32.0014	75.5141	5.3231
10	0.57	1.1425	0.5694	9.9402	3.1631	5.2965	0.1954	-0.0992	-0.3315	0.0347	-1.175	1.4609	0.4964	-0.9752	0.7782	0.4478	-0.0229	-0.0804	0.4671	-0.0567	0.7302	32.3969	55.2746	3.9824
11	0.465	-1.2915	-0.0986	3.6532	0.8779	3.4027	-0.3168	2.6159	0.1269	0.1709	-2.4486	0.1639	0.4928	-0.5556	2.3853	0.2078	0.0565	0.3434	1.5296	-0.3273	2.4384	119.0207	46.2232	1.0954
12	1.4341	-0.4567	-0.307	1.4235	0.7369	1.3128	-0.0316	0.1798	-1.9343	-0.2087	0.0955	-1.148	0.2727	0.9335	-0.1434	0.2281	0.1384	0.0673	0.6204	-0.0862	1.772	107.2781	47.2814	16.3702
13	0.1084	0.2831	-0.3919	0.6277	-0.8814	1.2151	-0.4349	-0.6328	-1.0803	-0.1638	-0.5478	-1.3258	-0.104	1.1923	0.9014	0.4072	-0.0184	0.1783	1.113	-0.4967	3.1218	122.9737	38.0037	6.7509

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 543:732)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 733:769)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 770:855)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain C and resid 569:661)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain C and resid 662:755)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain C and resid 757:785)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain C and resid 786:855)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 738:755)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 756:857)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 858:872)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain D and resid 742:755)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain D and resid 756:858)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain D and resid 859:872)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)