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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3swc | ||||||
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タイトル | GLP (G9a-like protein) SET domain in complex with Dnmt3aK44me2 peptide | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / epigenetics (エピジェネティクス) / non-histone lysine methylation / SET domain / protein lysine methyltransferase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpN substrates / : / positive regulation of cellular response to hypoxia / : / PRC2 methylates histones and DNA / [histone H3]-lysine9 N-methyltransferase / epigenetic programming of gene expression / cellular response to bisphenol A / histone H3K27 methyltransferase activity / protein-cysteine methyltransferase activity ...DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpN substrates / : / positive regulation of cellular response to hypoxia / : / PRC2 methylates histones and DNA / [histone H3]-lysine9 N-methyltransferase / epigenetic programming of gene expression / cellular response to bisphenol A / histone H3K27 methyltransferase activity / protein-cysteine methyltransferase activity / peptidyl-lysine monomethylation / histone H3K9 methyltransferase activity / histone H3K9me2 methyltransferase activity / peptidyl-lysine dimethylation / RMTs methylate histone arginines / facultative heterochromatin formation / ゲノム刷り込み / DNAメチルトランスフェラーゼ / unmethylated CpG binding / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / autosome genomic imprinting / XY body / DNA methylation-dependent heterochromatin formation / protein-lysine N-methyltransferase activity / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / cellular response to ethanol / C2H2 zinc finger domain binding / response to vitamin A / : / response to ionizing radiation / hepatocyte apoptotic process / Transcriptional Regulation by E2F6 / regulation of embryonic development / chromosome, centromeric region / catalytic complex / Transcriptional Regulation by VENTX / ヘテロクロマチン / response to fungicide / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / transcription corepressor binding / response to cocaine / methyltransferase activity / cellular response to amino acid stimulus / response to lead ion / ユークロマチン / Regulation of TP53 Activity through Methylation / neuron differentiation / response to toxic substance / PKMTs methylate histone lysines / nuclear matrix / p53 binding / response to estradiol / positive regulation of cold-induced thermogenesis / chromatin organization / cellular response to hypoxia / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / 精子形成 / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / nuclear body / response to xenobiotic stimulus / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / クロマチン / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.332 Å | ||||||
データ登録者 | Chang, Y. / Horton, J.R. / Zhang, X. / Cheng, X. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2011 タイトル: MPP8 mediates the interactions between DNA methyltransferase Dnmt3a and H3K9 methyltransferase GLP/G9a. 著者: Chang, Y. / Sun, L. / Kokura, K. / Horton, J.R. / Fukuda, M. / Espejo, A. / Izumi, V. / Koomen, J.M. / Bedford, M.T. / Zhang, X. / Shinkai, Y. / Fang, J. / Cheng, X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3swc.cif.gz | 129 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3swc.ent.gz | 97.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3swc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/3swc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/3swc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32830.219 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 982-1266 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EHMT1, EUHMTASE1, GLP, KIAA1876, KMT1D / プラスミド: pXC681 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9H9B1, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの, ヒストンメチルトランスフェラーゼ #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1286.509 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 39-50 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) 参照: UniProt: O88508, DNAメチルトランスフェラーゼ #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.3 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M Hepes, 16% polyethylene glycol 4000 and 8% isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97949 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月7日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.33→40.78 Å / Num. obs: 29318 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 26 |
反射 シェル | 解像度: 2.33→2.4 Å / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.406 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Num. unique all: 2825 / % possible all: 95.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB 3MO5 解像度: 2.332→40.78 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.04 / 位相誤差: 22.5 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.413 Å2 / ksol: 0.354 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.332→40.78 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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