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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3smb | ||||||
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タイトル | Phenethylisothiocyanate Covalently Bound to Macrophage Migration Inhibitory Factor (MIF) | ||||||
要素 | Macrophage migration inhibitory factor | ||||||
キーワード | ISOMERASE/ISOMERASE INHIBITOR / cytokine (サイトカイン) / receptor binding (受容体) / secreted (分泌) / ISOMERASE-ISOMERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / フェニルピルビン酸タウトメラーゼ / L-ドパクロムイソメラーゼ / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / cytokine receptor binding / positive regulation of arachidonic acid secretion / negative regulation of myeloid cell apoptotic process ...positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / フェニルピルビン酸タウトメラーゼ / L-ドパクロムイソメラーゼ / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / cytokine receptor binding / positive regulation of arachidonic acid secretion / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of mature B cell apoptotic process / negative regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / prostaglandin biosynthetic process / carboxylic acid metabolic process / regulation of macrophage activation / negative regulation of protein metabolic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / chemoattractant activity / protein homotrimerization / positive regulation of protein kinase A signaling / negative regulation of cellular senescence / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of phosphorylation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / negative regulation of cell migration / cytokine activity / positive regulation of cytokine production / Cell surface interactions at the vascular wall / positive regulation of fibroblast proliferation / 細胞老化 / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / secretory granule lumen / protease binding / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / 炎症 / negative regulation of gene expression / 自然免疫系 / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / 細胞膜 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 核質 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Crichlow, G.V. / Lolis, E.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012 タイトル: Structural interactions dictate the kinetics of macrophage migration inhibitory factor inhibition by different cancer-preventive isothiocyanates. 著者: Crichlow, G.V. / Fan, C. / Keeler, C. / Hodsdon, M. / Lolis, E.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3smb.cif.gz | 90.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3smb.ent.gz | 66.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3smb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sm/3smb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sm/3smb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12355.056 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GLIF, MIF, MMIF / プラスミド: pET11b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P14174, フェニルピルビン酸タウトメラーゼ, L-ドパクロムイソメラーゼ #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | THE STARTING MATERIAL IS PHENETHYL ISOTHIOCYANATE. IT BINDS COVALENTLY TO PRO 1. LE2 CORRESPONDS TO ...THE STARTING MATERIAL IS PHENETHYL ISOTHIOCYA | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.51 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2 M ammonium sulfate, 3% isopropanol, 0.1 M tris(hydroxymethyl)aminomethane; mixed with protein:inhibitor complex in a 1:1 ratio, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年11月10日 / 詳細: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.6→100 Å / Num. obs: 52662 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Χ2: 1.565 / Net I/σ(I): 19.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 0.374 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.647 / Cor.coef. Io to Ic: 0.606
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 3DJH 解像度: 1.6→100 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.24 / Isotropic thermal model: isotropic, restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso max: 61.2 Å2 / Biso mean: 19.52 Å2 / Biso min: 11.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→100 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.022
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