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- PDB-3sgl: The crystal structure of MnmC from Yersinia pestis bound with FAD... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sgl
タイトルThe crystal structure of MnmC from Yersinia pestis bound with FAD and SAM
要素tRNA 5-methylaminomethyl-2-thiouridine biosynthesis bifunctional protein mnmC
キーワードtransferase (転移酵素) / oxidoreductase (酸化還元酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Rossmann Fold (ロスマンフォールド) / methyltransferase (メチルトランスフェラーゼ) / FAD binding SAM binding / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; CH-NH結合に対し酸化酵素として働く / tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)(34)-methyltransferase activity / oxidoreductase activity, acting on the CH-NH group of donors / tRNA 5-(aminomethyl)-2-thiouridylate-methyltransferase / tRNA wobble uridine modification / flavin adenine dinucleotide binding / メチル化 / oxidoreductase activity / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / tRNA U-34 5-methylaminomethyl-2-thiouridine biosynthesis protein MnmC, C-terminal / tRNA 5-methylaminomethyl-2-thiouridine biosynthesis bifunctional protein MnmC / MnmC-like methyltransferase / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase / FAD dependent oxidoreductase / FAD dependent oxidoreductase / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / FAD/NAD(P)-binding domain ...: / tRNA U-34 5-methylaminomethyl-2-thiouridine biosynthesis protein MnmC, C-terminal / tRNA 5-methylaminomethyl-2-thiouridine biosynthesis bifunctional protein MnmC / MnmC-like methyltransferase / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase / FAD dependent oxidoreductase / FAD dependent oxidoreductase / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / Vaccinia Virus protein VP39 / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
フラビンアデニンジヌクレオチド / S-アデノシルメチオニン / tRNA 5-methylaminomethyl-2-thiouridine biosynthesis bifunctional protein MnmC
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Kim, J. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2013
タイトル: Structural basis for hypermodification of the wobble uridine in tRNA by bifunctional enzyme MnmC.
著者: Kim, J. / Almo, S.C.
履歴
登録2011年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年11月16日Group: Structure summary
改定 1.32013年12月25日Group: Database references
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA 5-methylaminomethyl-2-thiouridine biosynthesis bifunctional protein mnmC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,5844
ポリマ－77,3641
非ポリマー1,2193
水1,63991
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.085, 59.815, 100.797
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.18, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 tRNA 5-methylaminomethyl-2-thiouridine biosynthesis bifunctional protein mnmC / tRNA mnm(5)s(2)U biosynthesis bifunctional protein / tRNA (mnm(5)s(2)U34)-methyltransferase / FAD- ...tRNA mnm(5)s(2)U biosynthesis bifunctional protein / tRNA (mnm(5)s(2)U34)-methyltransferase / FAD-dependent cmnm(5)s(2)U34 oxidoreductase


分子量: 77364.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: mnmC, YPO2756, y1590, YP_2407 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834
参照: UniProt: Q8ZD36, tRNA 5-(aminomethyl)-2-thiouridylate-methyltransferase, 酸化還元酵素; CH-NH結合に対し酸化酵素として働く
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE / S-アデノシルメチオニン


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.47 %
結晶化温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M HEPES PH 7.0 30% (v/v) Jeffamine ED-2001 PH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 100K, temperature 310K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月11日
放射モノクロメーター: Double silicon(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 21571 / Num. obs: 21571 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.143 / Rsym value: 0.177 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.734 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.819 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3PVC

3pvc


解像度: 2.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.848 / SU B: 12.081 / SU ML: 0.252 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.378 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25933 1022 5.1 %RANDOM
Rwork0.1801 ---
obs0.18413 18983 92.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.751 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2 Å20 Å2-0.3 Å2
2--0.51 Å20 Å2
3----0.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4916 0 81 91 5088
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0215135
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4911.9557004
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7465627
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.3723.525244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.60715771
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1831537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2755
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0213994
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8681.53140
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.71225011
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.94231995
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7744.51993
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.699→2.769 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 31 -
Rwork0.195 686 -
obs--46.05 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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