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万見
- PDB-3s7o: Crystal Structure of the Infrared Fluorescent D207H variant of De... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s7o
タイトルCrystal Structure of the Infrared Fluorescent D207H variant of Deinococcus Bacteriophytochrome chromophore binding domain at 1.24 angstrom resolution
要素Bacteriophytochrome
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / BILIVERDIN / PAS / GAF / Phytochrome / bacteriophytochrome / Photoreceptor
機能・相同性
機能・相同性情報


osmosensory signaling via phosphorelay pathway / detection of visible light / phosphorelay response regulator activity / protein kinase activator activity / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / photoreceptor activity / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / GAF domain / PAS domain ...: / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / GAF domain / PAS domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / PAS domain superfamily / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LBV / Bacteriophytochrome
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.24 Å
データ登録者Forest, K.T. / Auldridge, M.E. / Satyshur, K.A. / Anstrom, D.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structure-guided engineering enhances a phytochrome-based infrared fluorescent protein.
著者: Auldridge, M.E. / Satyshur, K.A. / Anstrom, D.M. / Forest, K.T.
履歴
登録2011年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月28日Group: Database references
改定 1.22014年9月17日Group: Atomic model
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriophytochrome
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8543
ポリマ－37,1761
非ポリマー6782
水6,575365
1
A: Bacteriophytochrome
ヘテロ分子

A: Bacteriophytochrome
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,7086
ポリマ－74,3532
非ポリマー1,3564
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area5330 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area25940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.848, 51.302, 80.363
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.38, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-494-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Bacteriophytochrome / Phytochrome-like protein


分子量: 37176.418 Da / 分子数: 1 / 断片: Chromophore binidng domain (UNP Residues 1-321) / 変異: D207H Y307S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
遺伝子: bphP, DR_A0050 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9RZA4, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-LBV / 3-[2-[(Z)-[3-(2-carboxyethyl)-5-[(Z)-(4-ethenyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-4-methyl-pyrrol-1-ium -2-ylidene]methyl]-5-[(Z)-[(3E)-3-ethylidene-4-methyl-5-oxidanylidene-pyrrolidin-2-ylidene]methyl]-4-methyl-1H-pyrrol-3- yl]propanoic acid / 2(R),3(E)- PHYTOCHROMOBILIN


分子量: 585.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H37N4O6
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.46 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: mother liquor: 20% v/v PEG 4000, 20% v/v isopropanol, 0.1 M sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月22日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.24→25 Å / Num. all: 87959 / Num. obs: 84232 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 24.47
反射 シェル解像度: 1.24→1.28 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.348 / Mean I/σ(I) obs: 2.32 / % possible all: 79.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2O9C

2o9c


解像度: 1.24→24.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 1.335 / SU ML: 0.027 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.044 / ESU R Free: 0.042 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17505 4403 5 %RANDOM
Rwork0.15301 ---
obs0.15407 83531 97.24 %-
all-84232 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.597 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1 Å20 Å20.05 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3---0.01 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.144 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.24→24.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2395 0 49 365 2809
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222670
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021785
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5062.0093675
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.29134371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1475343
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.91622.952105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.34915408
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.631521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2416
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213015
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0150.02524
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5311.51676
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0811.5659
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.66522725
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1273994
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0474.5949
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.4534455
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.24→1.272 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 237 -
Rwork0.237 4866 -
obs--76.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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