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- PDB-3s1k: The Development of Peptide-based Tools for the Analysis of Angiog... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s1k
タイトルThe Development of Peptide-based Tools for the Analysis of Angiogenesis
要素
  • Vascular endothelial growth factor A
  • Z-domainZ変換
キーワードSIGNALING PROTEIN / VEGF (血管内皮細胞増殖因子) / cystine knot (シスチンノット) / Z-domain (Z変換) / phage-display / cystine-knot
機能・相同性
機能・相同性情報


basophil chemotaxis / cellular stress response to acid chemical / VEGF-A complex / Signaling by VEGF / lymph vessel morphogenesis / vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / negative regulation of establishment of endothelial barrier / vascular endothelial growth factor receptor binding / VEGF ligand-receptor interactions / positive regulation of mast cell chemotaxis ...basophil chemotaxis / cellular stress response to acid chemical / VEGF-A complex / Signaling by VEGF / lymph vessel morphogenesis / vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / negative regulation of establishment of endothelial barrier / vascular endothelial growth factor receptor binding / VEGF ligand-receptor interactions / positive regulation of mast cell chemotaxis / positive regulation of peptidyl-tyrosine autophosphorylation / negative regulation of adherens junction organization / post-embryonic camera-type eye development / primitive erythrocyte differentiation / positive regulation of protein kinase C signaling / negative regulation of blood-brain barrier permeability / positive regulation of cell proliferation by VEGF-activated platelet derived growth factor receptor signaling pathway / VEGF-activated neuropilin signaling pathway / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / coronary vein morphogenesis / cardiac vascular smooth muscle cell development / positive regulation of trophoblast cell migration / endothelial cell chemotaxis / motor neuron migration / positive regulation of endothelial cell chemotaxis by VEGF-activated vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / eye photoreceptor cell development / vascular endothelial growth factor receptor-2 signaling pathway / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / regulation of nitric oxide mediated signal transduction / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / positive regulation of cell migration by vascular endothelial growth factor signaling pathway / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / positive regulation of protein localization to early endosome / vascular wound healing / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / tube formation / camera-type eye morphogenesis / positive regulation of epithelial tube formation / neuropilin binding / induction of positive chemotaxis / coronary artery morphogenesis / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / commissural neuron axon guidance / dopaminergic neuron differentiation / positive regulation of vascular permeability / surfactant homeostasis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / platelet-derived growth factor receptor binding / cell migration involved in sprouting angiogenesis / extracellular matrix binding / retinal ganglion cell axon guidance / cardiac muscle cell development / 血管新生 / positive regulation of positive chemotaxis / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / vascular endothelial growth factor signaling pathway / positive regulation of leukocyte migration / positive regulation of p38MAPK cascade / artery morphogenesis / positive regulation of DNA biosynthetic process / branching involved in blood vessel morphogenesis / positive regulation of neuroblast proliferation / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive chemotaxis / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / positive regulation of sprouting angiogenesis / outflow tract morphogenesis / chemoattractant activity / activation of protein kinase activity / positive regulation of focal adhesion assembly / mesoderm development / monocyte differentiation / positive regulation of receptor internalization / positive regulation of cell division / macrophage differentiation / fibronectin binding / positive regulation of cell adhesion / mammary gland alveolus development / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / 脈管形成 / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / heart morphogenesis / ovarian follicle development / cell maturation / positive regulation of protein autophosphorylation / epithelial cell differentiation / 授乳 / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / positive regulation of endothelial cell proliferation / 細胞外マトリックス / positive regulation of endothelial cell migration / negative regulation of miRNA transcription / platelet alpha granule lumen / VEGFR2 mediated cell proliferation / 分泌 / kidney development / cytokine activity / positive regulation of epithelial cell proliferation
類似検索 - 分子機能
Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain / Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain superfamily / VEGF heparin-binding domain / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family / Immunoglobulin FC, subunit C ...Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain / Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain superfamily / VEGF heparin-binding domain / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family / Immunoglobulin FC, subunit C / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / リボン / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Vascular endothelial growth factor A, long form
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Murray, J.M. / Wiesmann, C.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2011
タイトル: The development of Peptide-based tools for the analysis of angiogenesis.
著者: Fedorova, A. / Zobel, K. / Gill, H.S. / Ogasawara, A. / Flores, J.E. / Tinianow, J.N. / Vanderbilt, A.N. / Wu, P. / Meng, Y.G. / Williams, S.P. / Wiesmann, C. / Murray, J. / Marik, J. / Deshayes, K.
履歴
登録2011年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Z-domain
B: Z-domain
V: Vascular endothelial growth factor A
W: Vascular endothelial growth factor A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2424
ポリマ－37,2424
非ポリマー00
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5730 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area15080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.228, 72.760, 76.344
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Z-domain / Z変換


分子量: 6672.466 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Fmoc solid-phase peptide synthesis
#2: タンパク質 Vascular endothelial growth factor A / / VEGF-A / Vascular permeability factor / VPF


分子量: 11948.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: vegf / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15692
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.35 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M KI, 0.1 M MES, PEG 4000 25.0% v/v, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月10日
放射プロトコル: SINGLE / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→52.706 Å / Num. all: 14337 / Num. obs: 14337 / % possible obs: 91.7 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.4-2.534.90.5571.41101822300.557100
2.53-2.684.90.4671.7842417080.46780.1
2.68-2.874.90.282.7939719210.2895.9
2.87-3.14.80.1794.2902018600.17999.8
3.1-3.394.80.1066.6819517100.10699.8
3.39-3.794.80.0798.2524110970.07969.4
3.79-4.384.60.05710.5530911620.05783.1
4.38-5.374.20.04413.2483811490.04496.3
5.37-7.594.80.0698.445669420.06999.3
7.59-52.7064.60.03115.625395580.03198.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALA3.2.25データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXdev_751精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.55→41.918 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7681 / SU ML: 0.7 / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 28.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 632 4.87 %Random
Rwork0.2266 ---
obs0.2288 12982 99.23 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 21.967 Å2 / ksol: 0.311 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 152.2 Å2 / Biso mean: 56.9583 Å2 / Biso min: 17.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.0168 Å20 Å20 Å2
2--7.6865 Å2-0 Å2
3---1.3303 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→41.918 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2342 0 0 37 2379
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042404
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7853241
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053346
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004431
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.443911
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5501-2.7470.33991280.31812412254099
2.747-3.02340.36871100.287824612571100
3.0234-3.46070.32821260.252524622588100
3.4607-4.35930.26321240.20862432255698
4.3593-41.92320.21441440.186825832727100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.21562.4133-0.69974.10310.4053.49040.4567-0.1322-0.7571-0.0559-0.5755-0.17690.85440.4634-0.33871.24820.11350.19580.1921-0.10110.5348-11.2979-38.5589-7.493
27.07420.7901-0.78364.37491.30974.13740.1869-0.7936-0.7620.5362-0.4935-0.06441.62930.2646-0.10051.07540.05410.15310.34410.01910.697-14.9533-37.6831.729
36.56871.00320.74734.76540.61254.2825-0.19050.5485-1.50050.08580.122-0.21181.06810.4817-0.21381.57510.1430.16980.38880.03230.7974-13.233-46.9787-3.6233
44.125-2.4752-1.18735.75240.19092.3226-0.1446-0.02090.3236-0.2581-0.0039-0.4041-0.020.2052-0.05620.4408-0.0677-0.0020.1661-0.0030.2201-12.77179.08318.9883
56.153-1.5620.08975.12871.75233.820.3976-0.58390.3372-0.67320.1782-0.3263-0.0706-0.3762-0.08560.653-0.08470.01690.27510.02570.2186-12.28768.54989.0301
65.4575-1.8218-0.15684.17140.60313.38040.21660.07610.6313-0.236-0.0202-0.3572-0.63530.1664-0.26920.6562-0.05960.13490.18130.05810.3945-10.871517.520215.3876
72.08960.27340.4422.13392.67776.4502-0.1716-0.1678-0.1862-0.07720.2061-0.0813-0.0993-0.11120.08340.4277-0.0196-0.01480.15810.0350.227-17.4804-8.60346.0645
84.14423.01691.81332.41160.76642.1982-0.11481.1124-1.5279-1.7435-0.02181.29651.1644-0.1362-0.33881.1111-0.0301-0.4276-0.1504-0.09680.9819-28.3557-25.0762-15.3196
91.5315-0.26521.23615.85210.44624.26580.0346-0.1545-0.1364-0.22060.03610.09860.0734-1.12880.11240.511-0.11660.10860.19810.13440.1776-21.468-12.5731-1.7789
101.7197-0.91770.24523.9529-0.86363.0473-0.02670.6972-0.4002-0.7144-0.08080.16120.0613-0.17090.10660.55690.01320.01160.20060.14290.038-17.685-14.3148-9.3731
113.298-1.29380.72784.9518-0.41084.73530.2210.3041-0.574-0.4167-0.10090.19190.7215-0.0705-0.00980.4978-0.04380.03950.36080.05570.2415-19.8212-17.4925-10.3621
120.3941-0.8709-1.19592.95072.47394.41830.011-0.072-0.45620.2314-0.31190.08020.61830.06040.28070.64090.0060.0610.18860.01210.4034-18.2667-19.86363.4202
134.101-1.2482-0.5653.6795-1.14440.6129-0.7636-1.46810.58990.9605-0.61781.22690.0141-1.13430.41290.54020.0986-0.15490.4143-0.10860.5429-34.244-1.255517.8129
140.658-1.6454-1.03365.79523.04653.6663-0.11960.1305-0.35250.2793-0.55460.57480.9227-0.61940.38990.6915-0.17610.10760.22060.02680.2778-24.2203-15.74978.2828
150.48230.6455-0.11326.113.15172.66120.14340.0407-0.25011.3629-0.6280.00571.1763-0.3530.40890.7546-0.09890.04860.19190.02660.268-23.3187-12.376917.6445
161.34610.48280.43943.52214.0534.433-0.6459-0.9253-0.5255-0.3784-0.71120.55170.7567-0.379-0.01420.6157-0.2270.01940.21670.1454-0.1322-25.099-9.132517.5058
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 6:23)A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 24:37)A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 38:57)A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resseq 6:23)B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resseq 24:37)B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resseq 38:57)B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'V' and (resseq 13:38)V0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'V' and (resseq 39:45)V0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'V' and (resseq 46:65)V0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'V' and (resseq 66:83)V0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'V' and (resseq 84:107)V0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'W' and (resseq 14:38)W0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'W' and (resseq 39:45)W0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'W' and (resseq 46:66)W0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'W' and (resseq 67:83)W0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'W' and (resseq 84:106)W0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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