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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3rw8 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of lysozyme in 40% ethanol | ||||||
要素 | Lysozyme C | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / cytoplasmic vesicles (lysosomes) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium ...抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 小胞体 / extracellular space / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.855 Å | ||||||
データ登録者 | Sharma, P. / Solanki, A.K. / Ashish | ||||||
引用 | ジャーナル: to be published タイトル: Crystal structure of lysozyme in 40% ethanol 著者: Sharma, P. / Solanki, A.K. / Ashish | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3rw8.cif.gz | 37.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3rw8.ent.gz | 28.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3rw8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rw/3rw8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rw/3rw8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, リゾチーム |
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-非ポリマー , 5種, 101分子
#2: 化合物 | ChemComp-EOH / #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-ACT / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.51 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.8 詳細: 40mM Sodium acetate, 150mM Sodium chloride, 40% Ethanol, pH 3.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年3月31日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.855→50 Å / Num. all: 10292 / Num. obs: 10292 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 29.25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 29.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.152 / Mean I/σ(I) obs: 10 / Num. unique all: 332 / % possible all: 66.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.855→34.979 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.7 / FOM work R set: 0.8418 / SU ML: 0.56 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 1.35 / σ(I): 0 / 位相誤差: 21.62 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.575 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 52.46 Å2 / Biso mean: 29.25 Å2 / Biso min: 15.93 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.855→34.979 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3
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