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- PDB-3r5g: Crystal structure of the adenylyl cyclase CyaB from P. aeruginosa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r5g
タイトルCrystal structure of the adenylyl cyclase CyaB from P. aeruginosa
要素CyaB
キーワードLYASE (リアーゼ) / adenylyl cyclase (アデニル酸シクラーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / : / membrane => GO:0016020 / intracellular signal transduction
類似検索 - 分子機能
MASE2 / MASE2 domain / Nucleotide cyclase, GGDEF domain / Adenylyl- / guanylyl cyclase, catalytic domain / Adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase / Adenylate and Guanylate cyclase catalytic domain / Guanylate cyclase domain profile. / Nucleotide cyclase / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Topal, H. / Steegborn, C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure and Regulation Mechanisms of the CyaB Adenylyl Cyclase from the Human Pathogen Pseudomonas aeruginosa.
著者: Topal, H. / Fulcher, N.B. / Bitterman, J. / Salazar, E. / Buck, J. / Levin, L.R. / Cann, M.J. / Wolfgang, M.C. / Steegborn, C.
履歴
登録2011年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年1月25日Group: Database references
改定 1.22012年2月15日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CyaB
B: CyaB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3173
ポリマ－44,2252
非ポリマー921
水5,711317
1
A: CyaB

A: CyaB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2252
ポリマ－44,2252
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area2890 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area17590 Å2
手法PISA
2
B: CyaB
ヘテロ分子

B: CyaB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4094
ポリマ－44,2252
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area3420 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area18140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.360, 36.310, 94.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.76, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121

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要素

#1: タンパク質 CyaB


分子量: 22112.473 Da / 分子数: 2 / 断片: catalytic domain, UNP residues 220-416 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: cyaB, PA3217 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HZ23
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.71 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 10 % (v/v) 2-Propanol, 20 % (w/v) PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月1日
放射モノクロメーター: Double xtal Si(111) fixed-exit monochromator, first xtal LN2-cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→48 Å / Num. all: 55882 / Num. obs: 50946 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 20.6
反射 シェル解像度: 1.5→1.6 Å / Rmerge(I) obs: 0.364 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 61.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1WC1

1wc1


解像度: 1.5→47.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 1.456 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23019 2548 5 %RANDOM
Rwork0.18584 ---
all0.18803 48397 --
obs0.18803 48397 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.926 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1 Å20 Å20.12 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→47.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3054 0 6 317 3377
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.0223099
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3671.9694160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0525389
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.12923.768138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.01415588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.2261526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1570.2470
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.022282
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6471.51927
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.70523096
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.06431172
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.6454.51064
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 112 -
Rwork0.231 2120 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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