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万見
- PDB-3r1l: Crystal structure of the Class I ligase ribozyme-substrate prelig... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r1l
タイトルCrystal structure of the Class I ligase ribozyme-substrate preligation complex, C47U mutant, Mg2+ bound
要素
  • 5'-R(*UP*CP*CP*AP*GP*UP*A)-3'
  • Class I ligase ribozyme
  • U1 small nuclear ribonucleoprotein A
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / ligase ribozyme / catalytic RNA (リボザイム) / ribozyme (リボザイム) / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / 核質 ...U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / 核質 / identical protein binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 2 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 1 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA認識モチーフ / RNA認識モチーフ / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits ...U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 2 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 1 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA認識モチーフ / RNA認識モチーフ / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / U1 small nuclear ribonucleoprotein A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.125 Å
データ登録者Shechner, D.M. / Bartel, D.P.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: The structural basis of RNA-catalyzed RNA polymerization.
著者: Shechner, D.M. / Bartel, D.P.
履歴
登録2011年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年9月7日Group: Database references
改定 1.22011年9月21日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.42023年9月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
B: 5'-R(*UP*CP*CP*AP*GP*UP*A)-3'
C: Class I ligase ribozyme
D: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
E: 5'-R(*UP*CP*CP*AP*GP*UP*A)-3'
F: Class I ligase ribozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,36752
ポリマ－111,2496
非ポリマー1,11846
水91951
1
A: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
B: 5'-R(*UP*CP*CP*AP*GP*UP*A)-3'
C: Class I ligase ribozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,23228
ポリマ－55,6253
非ポリマー60825
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6740 Å2
ΔGint-201 kcal/mol
Surface area26800 Å2
手法PISA
2
D: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
E: 5'-R(*UP*CP*CP*AP*GP*UP*A)-3'
F: Class I ligase ribozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,13524
ポリマ－55,6253
非ポリマー51021
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6470 Å2
ΔGint-181 kcal/mol
Surface area26660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.190, 70.237, 71.214
Angle α, β, γ (deg.)99.860, 99.340, 103.810
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 U1 small nuclear ribonucleoprotein A / U1A / U1 snRNP A / U1-A


分子量: 11340.315 Da / 分子数: 2 / 断片: RNA binding domain (UNP residues 1-98) / 変異: Y31H,Q36R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRPA / プラスミド: p11U1ADb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P09012
#2: RNA鎖 5'-R(*UP*CP*CP*AP*GP*UP*A)-3'


分子量: 2181.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Ligase substrate
#3: RNA鎖 Class I ligase ribozyme


分子量: 42102.906 Da / 分子数: 2 / 変異: C47U / 由来タイプ: 合成
詳細: RNA WAS PREPARED BY IN VITRO TRANSCRIPTION WITH T7 RNA POLYMERASE FROM LINEARIZED PLASMID p307HU_C47U
#4: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.56 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 50 mM sodium cacodylate, pH 6.0, 20 mM calcium chloride, 10 mM strontium chloride, 1 mM spermine, 26% MPD, crystals were crushed and used as microseeding stocks, calcium chloride was replaced ...詳細: 50 mM sodium cacodylate, pH 6.0, 20 mM calcium chloride, 10 mM strontium chloride, 1 mM spermine, 26% MPD, crystals were crushed and used as microseeding stocks, calcium chloride was replaced with magnesium chloride prior to freezing, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月8日
放射モノクロメーター: crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.125→40 Å / Num. obs: 18739 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.135 / Χ2: 1.194 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
3.15-3.25.40.4699180.467198.1
3.2-3.2660.3899400.509198.4
3.26-3.336.40.3749370.576198.7
3.33-3.396.70.3859360.578198.9
3.39-3.476.90.3699110.586198.9
3.47-3.557.30.349640.654199.2
3.55-3.647.50.3019190.66198.8
3.64-3.737.60.2469540.745199
3.73-3.847.60.2299130.844199.1
3.84-3.977.50.2029660.929199.2
3.97-4.117.60.1869031.028199.2
4.11-4.277.60.1779551.161199.3
4.27-4.477.60.1569501.249199.4
4.47-4.77.60.1419241.389199.4
4.7-57.50.1359391.53199.5
5-5.387.60.1329571.818199.6
5.38-5.927.50.1229322.083199.6
5.92-6.787.40.1179372.114199.8
6.78-8.527.30.0979462.236199.8
8.52-407.30.0749382.126199

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3HHN

3hhn


解像度: 3.125→37.9073 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8006 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2398 964 5.15 %RANDOM
Rwork0.1974 ---
obs-18730 98.67 %-
溶媒の処理Bsol: 11.869 Å2 / ksol: 0.209 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 171.46 Å2 / Biso mean: 76.199 Å2 / Biso min: 34.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.294 Å2-3.251 Å27.469 Å2
2---0.062 Å2-0.719 Å2
3---1.356 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.45 Å / Luzzati sigma a obs: 0.39 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.125→37.9073 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1475 5862 46 51 7434
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007662
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3272668
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055118
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00381
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.1972102
X-RAY DIFFRACTIONf_nbd_refined4.0861414
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RworkNum. reflection RworkRefine-IDTotal num. of bins used% reflection obs (%)
3.1249-3.15440.255407X-RAY DIFFRACTION3677
3.1544-3.1850.2609481X-RAY DIFFRACTION3692
3.185-3.21680.2316501X-RAY DIFFRACTION3695
3.2168-3.250.2346491X-RAY DIFFRACTION3694
3.25-3.28450.2253501X-RAY DIFFRACTION3693
3.2845-3.32060.2241488X-RAY DIFFRACTION3696
3.3206-3.35830.2545513X-RAY DIFFRACTION3693
3.3583-3.39780.2355498X-RAY DIFFRACTION3694
3.3978-3.43920.2331464X-RAY DIFFRACTION3694
3.4392-3.48270.2091531X-RAY DIFFRACTION3693
3.4827-3.52850.2126482X-RAY DIFFRACTION3694
3.5285-3.57680.2228472X-RAY DIFFRACTION3695
3.5768-3.62790.211503X-RAY DIFFRACTION3694
3.6279-3.6820.1958520X-RAY DIFFRACTION3693
3.682-3.73950.1874467X-RAY DIFFRACTION3694
3.7395-3.80070.1912500X-RAY DIFFRACTION3694
3.8007-3.86620.1809489X-RAY DIFFRACTION3693
3.8662-3.93640.1891502X-RAY DIFFRACTION3694
3.9364-4.01210.1649498X-RAY DIFFRACTION3694
4.0121-4.09390.1702483X-RAY DIFFRACTION3694
4.0939-4.18280.1803505X-RAY DIFFRACTION3693
4.1828-4.280.1844481X-RAY DIFFRACTION3695
4.28-4.38680.1636507X-RAY DIFFRACTION3695
4.3868-4.50530.1748501X-RAY DIFFRACTION3694
4.5053-4.63760.1801489X-RAY DIFFRACTION3693
4.6376-4.7870.18499X-RAY DIFFRACTION3695
4.787-4.95780.2095499X-RAY DIFFRACTION3695
4.9578-5.15580.198482X-RAY DIFFRACTION3694
5.1558-5.38980.1928528X-RAY DIFFRACTION3694
5.3898-5.67310.1783487X-RAY DIFFRACTION3695
5.6731-6.02720.1905501X-RAY DIFFRACTION3694
6.0272-6.49050.2094497X-RAY DIFFRACTION3695
6.4905-7.13970.2095510X-RAY DIFFRACTION3696
7.1397-8.16380.1947497X-RAY DIFFRACTION3696
8.1638-10.25180.2003508X-RAY DIFFRACTION3695
10.2518-37.91010.1872484X-RAY DIFFRACTION3693

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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