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- PDB-3hhn: Crystal structure of class I ligase ribozyme self-ligation produc... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3hhn | ||||||
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Title | Crystal structure of class I ligase ribozyme self-ligation product, in complex with U1A RBD | ||||||
![]() |
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![]() | LIGASE/RNA / Ligase Ribozyme / Ribozyme / Catalytic RNA / Protein-RNA complex / Ribonucleoprotein / RNA-binding / LIGASE-RNA COMPLEX | ||||||
Function / homology | ![]() U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm ...U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shechner, D.M. / Grant, R.A. / Bagby, S.C. / Bartel, D.P. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of the catalytic core of an RNA-polymerase ribozyme. Authors: Shechner, D.M. / Grant, R.A. / Bagby, S.C. / Koldobskaya, Y. / Piccirilli, J.A. / Bartel, D.P. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 214.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 160.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 483.8 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 500.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 22.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 32.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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Details | THIS CRYSTAL STRUCTURE IS NOT A BIOLOGICAL ASSEMBLY. IN SOLUTION, THE RNA-U1A COMPLEX IS EXPECTED TO HAVE ONE COPY OF EACH MOLECULE. |
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Components
#1: Protein | Mass: 11209.120 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: RNA binding domain: UNP residues 1-100 / Mutation: Y31H, Q31R Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Overexpressed in E. coli from a pET11a derivative bearing the the "double" mutant U1A RBD (1-98) Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: RNA chain | Mass: 44168.270 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically Details: Synthetic construct transcribed in vitro using T7 RNA polymerase off of a linearized plasmid pUC307HP #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.49 Å3/Da / Density % sol: 50.58 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 50mM Sodium cacodylate pH 6.0, 40mM Magnesium acetate, 26% 2-methyl-2,4-pentane diol (MPD), 1mM Spermine HCl. Diffraction-quality crystals grown by microseeding., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jul 22, 2004 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.987→50 Å / Num. obs: 21075 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Χ2: 2.471 / Net I/σ(I): 28.185 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Bsol: 29.083 Å2 / ksol: 0.249 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 174.15 Å2 / Biso mean: 77.482 Å2 / Biso min: 30.91 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.33 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.987→40.121 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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