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- PDB-3qwr: Crystal structure of IL-23 in complex with an adnectin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qwr
タイトルCrystal structure of IL-23 in complex with an adnectin
要素
  • ADNECTINMonobody
  • Interleukin-12 subunit beta
  • Interleukin-23 subunit alphaインターロイキン-23
キーワードPROTEIN BINDING/CYTOKINE / FOUR-HELIX BUNDLE CYTOKINE / IG DOMAIN (免疫グロブリンフォールド) / GLYCOPROTEIN (糖タンパク質) / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN (免疫グロブリンフォールド) / SECRETED (分泌) / ANTIVIRAL DEFENSE / IMMUNE RESPONSE (免疫応答) / INFLAMMATORY RESPONSE (炎症) / INNATE IMMUNITY (自然免疫系) / TISSUE REMODELING / ADNECTIN / ENGINEERED BINDING PROTEIN / ANTIBODY MIMIC / PROTEIN BINDING-CYTOKINE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


late endosome lumen / interleukin-23 receptor binding / interleukin-12 alpha subunit binding / interleukin-12 complex / interleukin-23 complex / regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / natural killer cell activation involved in immune response / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis ...late endosome lumen / interleukin-23 receptor binding / interleukin-12 alpha subunit binding / interleukin-12 complex / interleukin-23 complex / regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / natural killer cell activation involved in immune response / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of tissue remodeling / positive regulation of lymphocyte proliferation / positive regulation of activation of Janus kinase activity / tissue remodeling / 有性生殖 / positive regulation of T-helper 1 type immune response / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / positive regulation of NK T cell activation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / interleukin-12 receptor binding / positive regulation of memory T cell differentiation / natural killer cell activation / T-helper cell differentiation / negative regulation of interleukin-17 production / positive regulation of osteoclast differentiation / Interleukin-23 signaling / positive regulation of T-helper 17 type immune response / positive regulation of NK T cell proliferation / interleukin-12-mediated signaling pathway / positive regulation of neutrophil chemotaxis / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / Interleukin-12 signaling / response to UV-B / cytokine receptor activity / positive regulation of natural killer cell activation / T-helper 1 type immune response / negative regulation of interleukin-10 production / cytokine binding / positive regulation of activated T cell proliferation / defense response to protozoan / positive regulation of interleukin-17 production / Interleukin-10 signaling / positive regulation of natural killer cell proliferation / positive regulation of interleukin-10 production / negative regulation of protein secretion / positive regulation of cell adhesion / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / T cell proliferation / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / regulation of cytokine production / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of defense response to virus by host / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of interleukin-12 production / cytokine activity / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to type II interferon / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / 遊走 / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of tumor necrosis factor production / defense response to virus / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to Gram-negative bacterium / receptor complex / 炎症 / protein heterodimerization activity / 小胞体 / external side of plasma membrane / 自然免疫系 / protein-containing complex binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Interleukin-23 alpha / Interleukin 23 subunit alpha / Interleukin-12 beta / Interleukin-12 beta, central domain / Cytokine interleukin-12p40 C-terminus / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; ...Interleukin-23 alpha / Interleukin 23 subunit alpha / Interleukin-12 beta / Interleukin-12 beta, central domain / Cytokine interleukin-12p40 C-terminus / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-12 subunit beta / Interleukin-23 subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Wei, A. / Sheriff, S.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Structures of adnectin/protein complexes reveal an expanded binding footprint.
著者: Ramamurthy, V. / Krystek, S.R. / Bush, A. / Wei, A. / Emanuel, S.L. / Das Gupta, R. / Janjua, A. / Cheng, L. / Murdock, M. / Abramczyk, B. / Cohen, D. / Lin, Z. / Morin, P. / Davis, J.H. / ...著者: Ramamurthy, V. / Krystek, S.R. / Bush, A. / Wei, A. / Emanuel, S.L. / Das Gupta, R. / Janjua, A. / Cheng, L. / Murdock, M. / Abramczyk, B. / Cohen, D. / Lin, Z. / Morin, P. / Davis, J.H. / Dabritz, M. / McLaughlin, D.C. / Russo, K.A. / Chao, G. / Wright, M.C. / Jenny, V.A. / Engle, L.J. / Furfine, E. / Sheriff, S.
履歴
登録2011年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月29日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-12 subunit beta
B: Interleukin-23 subunit alpha
D: ADNECTIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,6654
ポリマ－65,9163
非ポリマー7491
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6060 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area25680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.700, 91.700, 225.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121

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要素

#1: 抗体 Interleukin-12 subunit beta / / IL-12B / Cytotoxic lymphocyte maturation factor 40 kDa subunit / CLMF p40 / IL-12 subunit p40 / NK ...IL-12B / Cytotoxic lymphocyte maturation factor 40 kDa subunit / CLMF p40 / IL-12 subunit p40 / NK cell stimulatory factor chain 2 / NKSF2


分子量: 34739.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL12B, NKSF2 / プラスミド: PFBDUAL
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: P29460
#2: タンパク質 Interleukin-23 subunit alpha / インターロイキン-23 / IL-23 subunit alpha / IL-23-A / Interleukin-23 subunit p19 / IL-23p19


分子量: 18696.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL23A, SGRF, UNQ2498/PRO5798 / プラスミド: PFBDUAL
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: Q9NPF7
#3: タンパク質 ADNECTIN / Monobody


分子量: 12479.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET9 PCT734 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.68 %
結晶化温度: 293 K / pH: 7
詳細: 0.1 M Tris-HCl, 1 M tri-sodium citrate, 0.2 M NaCl, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→42.48 Å / Num. obs: 12835 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 85.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 3.25→3.37 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
BUSTER-TNTBUSTER 2.13.0精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
PHASER位相決定
AMoRE位相決定
BUSTER2.13.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: IL-23 FROM UNPUBLISHED STRUCTURE AND ADNECTIN FROM PDB ENTRY 1FNF RESIDUES 1421-1437, 1444-1466, 1470-1491, 1502-1509

1fnf


解像度: 3.25→42.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.901 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.47
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 1003 7.83 %RANDOM
Rwork0.234 ---
obs0.235 12815 97.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 100.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--16.6261 Å20 Å20 Å2
2---10.1829 Å20 Å2
3---26.809 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.74 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.25→42.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3989 0 50 1 4040
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014151HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.365684HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1321SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes81HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes604HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4151HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.38
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.15
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion575SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4588SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.25→3.56 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 233 7.66 %
Rwork0.2306 2810 -
all0.2362 3043 -
obs--97.71 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.96280.367-0.83651.1726-0.15792.52970.0791-0.05480.06510.01720.0261-0.0039-0.28010.0804-0.10520.49590.0386-0.0572-0.3345-0.0253-0.40298.8537-41.3024-43.0592
23.7273-0.16961.20842.2769-0.64651.97970.0394-0.40290.20530.1645-0.0429-0.3459-0.03970.44310.00360.49310.0262-0.0993-0.0535-0.0483-0.419318.6541-41.1183-13.1264
32.56140.2341-2.10474.0379-0.07260.8634-0.03710.4725-0.077-0.17170.2310.7036-0.0058-0.3611-0.19390.4814-0.0418-0.0384-0.32580.0179-0.4189-10.0208-34.6959-28.6838
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 305
2X-RAY DIFFRACTION2B7 - 168
3X-RAY DIFFRACTION3D3 - 93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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