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- PDB-3q5l: Crystal structure of the amino-terminal domain of HSP90 from Leis... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q5l
タイトルCrystal structure of the amino-terminal domain of HSP90 from Leishmania major, LMJF33.0312:M1-K 213 in the presence of 17-AEP-geldanamycin
要素Heat shock protein 83-1Heat shock response
キーワードCHAPERONE (シャペロン) / SLEEPING SICKNESS (アフリカ睡眠病) / LEISHMANIA (リーシュマニア) / HEAT SHOCK PROTEIN (熱ショックタンパク質) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / フォールディング / cellular response to heat / protein stabilization / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / 核質 / ATP binding ...ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / フォールディング / cellular response to heat / protein stabilization / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / 核質 / ATP binding / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Heat shock protein Hsp90, conserved site / Heat shock hsp90 proteins family signature. / HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Hsp90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases ...Heat shock protein Hsp90, conserved site / Heat shock hsp90 proteins family signature. / HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Hsp90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KX2 / Heat shock protein 83-1
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania major (大形リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Wernimont, A.K. / Tempel, W. / Lin, Y.H. / Hutchinson, A. / MacKenzie, F. / Fairlamb, A. / Cossar, D. / Zhao, Y. / Schapira, M. / Arrowsmith, C.H. ...Wernimont, A.K. / Tempel, W. / Lin, Y.H. / Hutchinson, A. / MacKenzie, F. / Fairlamb, A. / Cossar, D. / Zhao, Y. / Schapira, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Ferguson, M.A.J. / Hui, R. / Pizarro, J.C. / Hills, T. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the amino-terminal domain of HSP90 from Leishmania major, LMJF33.0312:M1-K 213 in the presence of 17-AEP-geldanamycin.
著者: Wernimont, A.K. / Tempel, W. / Lin, Y.H. / Hutchinson, A. / MacKenzie, F. / Fairlamb, A. / Cossar, D. / Zhao, Y. / Schapira, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. ...著者: Wernimont, A.K. / Tempel, W. / Lin, Y.H. / Hutchinson, A. / MacKenzie, F. / Fairlamb, A. / Cossar, D. / Zhao, Y. / Schapira, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Ferguson, M.A.J. / Hui, R. / Pizarro, J.C. / Hills, T.
履歴
登録2010年12月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年12月5日Group: Database references / Structure summary
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Heat shock protein 83-1
B: Heat shock protein 83-1
C: Heat shock protein 83-1
D: Heat shock protein 83-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,0138
ポリマ－104,4424
非ポリマー2,5714
水0
1
A: Heat shock protein 83-1
ヘテロ分子

B: Heat shock protein 83-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5064
ポリマ－52,2212
非ポリマー1,2862
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545y,-x-1,z+1/41
Buried area1240 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area20210 Å2
手法PISA
2
C: Heat shock protein 83-1
ヘテロ分子

D: Heat shock protein 83-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5064
ポリマ－52,2212
非ポリマー1,2862
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-y,x,z-1/41
Buried area1310 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area20750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)161.341, 161.341, 48.142
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
12A
22B
32C
42D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / Refine code: 5

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRAA1 - 15819 - 176
21THRTHRBB1 - 15819 - 176
31THRTHRCC1 - 15819 - 176
41THRTHRDD1 - 15819 - 176
12LEULEUAA165 - 205183 - 223
22LEULEUBB165 - 205183 - 223
32LEULEUCC165 - 205183 - 223
42LEULEUDD165 - 205183 - 223

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Heat shock protein 83-1 / Heat shock response


分子量: 26110.465 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア)
遺伝子: LMJF33.0312 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4Q4I6
#2: 化合物
ChemComp-KX2 / (4E,6Z,8S,9S,10E,12S,13R,14S,16R)-13-hydroxy-8,14-dimethoxy-4,10,12,16-tetramethyl-3,20,22-trioxo-19-{[2-(pyrrolidin-1-yl)ethyl]amino}-2-azabicyclo[16.3.1]docosa-1(21),4,6,10,18-pentaen-9-yl carbamate


分子量: 642.783 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H50N4O8

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M disodium tartrate, 1 mM AEP-GA, 4 mM MgCl2, 2 mM TCEP, Glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97942 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97942 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. all: 36754 / Num. obs: 36607 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 72.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Χ2: 0.848 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.65-2.74.90.60518100.5071100
2.7-2.7450.52417930.523199.9
2.74-2.850.45118270.511199.9
2.8-2.8550.37718370.5511100
2.85-2.9250.28917830.556199.8
2.92-2.9850.24818580.58199.9
2.98-3.064.90.17617920.596199.9
3.06-3.1450.15718280.6081100
3.14-3.2350.13318330.632199.8
3.23-3.3450.10617980.681100
3.34-3.4650.08718370.712199.8
3.46-3.64.90.0718270.772199.9
3.6-3.7650.06118560.84199.9
3.76-3.9650.05518010.88199.9
3.96-4.214.90.0518351.074199.8
4.21-4.534.90.0518351.426199.8
4.53-4.994.90.05318501.869199.8
4.99-5.714.80.04918641.581199.8
5.71-7.194.70.03718751.006199.5
7.19-504.60.03218681.107195.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 61.89 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.65 Å44.75 Å
Translation2.65 Å44.75 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3H80

3h80


解像度: 2.65→24.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / WRfactor Rfree: 0.2795 / WRfactor Rwork: 0.2239 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8043 / SU B: 25.295 / SU ML: 0.242 / SU R Cruickshank DPI: 0.5494 / SU Rfree: 0.3276 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.328 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2777 1822 5 %RANDOM
Rwork0.2267 ---
all0.2292 36598 --
obs0.2292 36452 99.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 169.71 Å2 / Biso mean: 69.1992 Å2 / Biso min: 36.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.38 Å20 Å20 Å2
2---0.38 Å20 Å2
3---0.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→24.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6423 0 184 0 6607
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0226713
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024327
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1441.9929098
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.851310597
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2885849
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.37524.909275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.103151079
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4881531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.21056
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.027533
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021337
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2881.54224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.061.51745
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.55426739
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.95532489
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6664.52359
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A933MEDIUM POSITIONAL0.130.5
12B933MEDIUM POSITIONAL0.170.5
13C933MEDIUM POSITIONAL0.140.5
14D933MEDIUM POSITIONAL0.220.5
11A938LOOSE POSITIONAL0.385
12B938LOOSE POSITIONAL0.495
13C938LOOSE POSITIONAL0.365
14D938LOOSE POSITIONAL0.465
11A933MEDIUM THERMAL0.212
12B933MEDIUM THERMAL0.22
13C933MEDIUM THERMAL0.212
14D933MEDIUM THERMAL0.272
11A938LOOSE THERMAL0.310
12B938LOOSE THERMAL0.3110
13C938LOOSE THERMAL0.3410
14D938LOOSE THERMAL0.3710
21A243MEDIUM POSITIONAL0.130.5
22B243MEDIUM POSITIONAL0.240.5
23C243MEDIUM POSITIONAL0.150.5
24D243MEDIUM POSITIONAL0.150.5
21A231LOOSE POSITIONAL0.275
22B231LOOSE POSITIONAL0.325
23C231LOOSE POSITIONAL0.265
24D231LOOSE POSITIONAL0.255
21A243MEDIUM THERMAL0.172
22B243MEDIUM THERMAL0.172
23C243MEDIUM THERMAL0.182
24D243MEDIUM THERMAL0.222
21A231LOOSE THERMAL0.310
22B231LOOSE THERMAL0.2610
23C231LOOSE THERMAL0.2910
24D231LOOSE THERMAL0.2710
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.718 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 139 -
Rwork0.327 2511 -
all-2650 -
obs--99.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.84170.76280.89044.5432-0.34592.64890.0913-0.2612-0.38890.1127-0.0667-0.0230.4685-0.4713-0.02460.235-0.12060.03460.18640.05650.0758-52.5369-59.7327-16.8389
28.7295-1.16371.10384.6615-1.22731.7804-0.3548-0.38241.46320.32470.15730.357-0.651-0.33520.19750.32830.07760.0160.3502-0.0420.4699-65.2078-29.4627-28.7036
34.2326-0.42620.33553.63550.67471.9207-0.1451-0.2019-0.28970.25460.0951-0.40350.33580.27020.050.14010.04390.0020.18650.03760.0871-21.6086-49.7131-4.1162
44.76250.3401-0.92735.74120.61211.81970.1944-0.56220.46340.6203-0.092-0.1871-0.29420.3146-0.10230.2949-0.0635-0.00490.1719-0.02480.0625-30.3385-17.82648.2146
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-10 - 9999
2X-RAY DIFFRACTION2B-10 - 9999
3X-RAY DIFFRACTION3C-10 - 9999
4X-RAY DIFFRACTION4D-10 - 9999

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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