PDB-3pdk: crystal structure of phosphoglucosamine mutase from B. anthracis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3pdk

タイトル

crystal structure of phosphoglucosamine mutase from B. anthracis

要素

Phosphoglucosamine mutase

ホスホグルコサミンムターゼ

キーワード

ISOMERASE (異性化酵素) / 4-domain architecture / mixed a/b fold / phosphohexomutase

機能・相同性

機能・相同性情報

ホスホグルコサミンムターゼ /

phosphoglucosamine mutase activity / carbohydrate metabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Mehra-Chaudhary, R. / Mick, J. / Tanner, J.J. / Henzl, M. / Beamer, L.J.

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of Bacillus anthracis Phosphoglucosamine Mutase, an Enzyme in the Peptidoglycan Biosynthetic Pathway.
著者: Mehra-Chaudhary, R. / Mick, J. / Beamer, L.J.

履歴

登録	2010年10月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年8月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3pdk.cif.gz	338.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3pdk.ent.gz	279.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3pdk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/3pdk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/3pdk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2f7lS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5t33-d 4lv5-d 3u8x-d 6l62-d 4umw-d 6wp7-d 6f49-d 6i3z-d 4ydj-2 2fvz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phosphoglucosamine mutase

B: Phosphoglucosamine mutase

ヘテロ分子

103 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.064, 86.064, 266.844
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

#1: タンパク質	Phosphoglucosamine mutase / ホスホグルコサミンムターゼ分子量: 51023.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 遺伝子: BAS0158, BA_0157, GBAA_0157, glmM / プラスミド: pDEST17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q81VN7, ホスホグルコサミンムターゼ
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1 M sodium acetate, 2.0 M Na/K phosphate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 103 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→89.09 Å / Num. obs: 32427 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.83 % / B_iso Wilson estimate: 93 Å² / R_merge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 9.1
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 6.01 % / R_merge(I) obs: 0.521 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 3157 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
d*TREK		データ削減
d*TREK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2F7L

2f7l

解像度: 2.7→43.03 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 34.546 / SU ML: 0.301 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.357 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28052	1626	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21438	-	-	-
all	0.21759	32427	-	-
obs	0.21759	30462	98.83 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 85.74 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.35 Å²	2.17 Å²	0 Å²
2-	-	4.35 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.52 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.497 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→43.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6435	0	40	17	6492

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	6561
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.865	1.979	8912
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.357	5	887
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.333	25.486	257
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.546	15	1028
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.748	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.123	0.2	1043
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	4926
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.525	1.5	4372
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.987	2	6922
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.884	3	2189
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.036	4.5	1990
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	1468	medium positional	0.32	0.5
B	1195	loose positional	0.57	5
A	1468	medium thermal	0.66	2
B	1195	loose thermal	0.95	10

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.452	122	-
R_work	0.362	2234	-
obs	-	-	99.75 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.6428	4.4208	1.2508	8.1081	1.5814	5.3129	0.3768	-0.4794	0.5478	1.0027	-0.2103	0.2347	-0.0893	-0.1854	-0.1665	0.4436	0.0344	0.023	0.0554	-0.0403	0.0988	16.9826	-5.2029	27.9405
2	1.0052	1.2253	-0.2518	5.7709	-1.566	3.5459	-0.0625	0.02	-0.0244	0.1237	0.038	-0.0513	0.2113	0.0051	0.0245	0.2302	-0.0382	0.0441	0.011	-0.0194	0.0484	19.7122	-21.6412	31.9711
3	2.1314	1.4632	-1.1222	6.0782	0.0566	3.5624	0.1473	-0.3462	0.0784	1.0722	-0.1614	0.2683	0.037	0.0245	0.0141	0.6581	-0.0806	0.0571	0.0825	0.0029	0.0897	16.8955	-25.9195	53.2541
4	11.0695	3.0201	-2.5293	10.0762	-2.625	1.0428	0.4774	0.9071	0.7401	-1.0946	-0.5288	-0.8546	-0.0732	-0.0511	0.0513	1.1611	0.2089	0.4011	0.2509	0.1873	0.3895	-5.6709	-12.7653	57.4923
5	11.7305	1.5733	-1.3162	3.6551	-1.845	3.4544	-0.0637	1.3853	0.3522	-0.8343	0.3889	0.5938	-0.9161	-0.5805	-0.3252	0.9008	0.1115	-0.1176	0.2355	0.0619	0.11	14.82	-5.6695	5.7937
6	4.0338	-0.3894	-3.2711	1.2389	0.4478	5.2827	-0.2214	0.0571	-0.1829	-0.232	0.0528	-0.0045	0.2724	-0.0574	0.1686	0.3884	-0.091	0.0067	0.0906	0.0202	0.1095	26.9121	-16.4592	0.5951
7	3.9358	-0.4614	0.6664	2.6493	-1.8985	2.7322	-0.402	0.3743	0.0199	-0.6337	0.2345	-0.1095	0.4962	-0.094	0.1675	0.5253	-0.2902	0.0976	0.2253	-0.0837	0.1185	32.0685	-13.8157	-20.8681
8	27.3989	-1.6066	-16.9614	6.5998	2.6609	15.4459	1.3367	-1.498	3.9794	0.5709	0.2282	0.362	-1.0631	0.0223	-1.5649	0.4117	-0.1895	0.1665	0.4739	-0.3164	0.8546	36.1437	10.641	-15.1181

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 41
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	42 - 241
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	242 - 369
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	370 - 446
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	3 - 41
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	42 - 242
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	243 - 369
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	370 - 446

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