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- PDB-3p7j: Drosophila HP1a chromo shadow domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p7j
タイトルDrosophila HP1a chromo shadow domain
要素Heterochromatin protein 1HP1
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / heterochromatin protein 1 (HP1) / chromo shadow domain / gene silencing (遺伝子サイレンシング) / epigenetics (エピジェネティクス)
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to euchromatin / positive regulation of FACT complex assembly / polytene chromosome chromocenter / polytene chromosome puff / satellite DNA binding / positive regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / pericentric heterochromatin formation / chromocenter / 多糸染色体 / rDNA binding ...protein localization to euchromatin / positive regulation of FACT complex assembly / polytene chromosome chromocenter / polytene chromosome puff / satellite DNA binding / positive regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / pericentric heterochromatin formation / chromocenter / 多糸染色体 / rDNA binding / condensed chromosome, centromeric region / regulation of protein localization to chromatin / RNA polymerase binding / RNA polymerase II C-terminal domain binding / chromosome, centromeric region / chromosome organization / ヘテロクロマチン / pericentric heterochromatin / heterochromatin formation / condensed chromosome / Hsp70 protein binding / methylated histone binding / telomere maintenance / ユークロマチン / protein-macromolecule adaptor activity / mitotic cell cycle / 染色体 / chromatin organization / histone binding / chromosome, telomeric region / negative regulation of gene expression / mRNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / protein-containing complex binding / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / 核質 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Chromo shadow domain / Chromo shadow domain / Chromo Shadow Domain / Chromo domain subgroup / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / Chromo/chromo shadow domain ...Chromo shadow domain / Chromo shadow domain / Chromo Shadow Domain / Chromo domain subgroup / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Chromo-like domain superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kim, D. / Chruszcz, M. / Minor, W. / Khorasanizadeh, S.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2011
タイトル: The HP1a Disordered C Terminus and Chromo Shadow Domain Cooperate to Select Target Peptide Partners.
著者: Mendez, D.L. / Kim, D. / Chruszcz, M. / Stephens, G.E. / Minor, W. / Khorasanizadeh, S. / Elgin, S.C.
履歴
登録2010年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heterochromatin protein 1
B: Heterochromatin protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1633
ポリマ－20,0702
非ポリマー921
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Heterochromatin protein 1
ヘテロ分子

A: Heterochromatin protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1633
ポリマ－20,0702
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1/2,-y,z+1/21
Buried area1640 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area7600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.755, 56.545, 67.295
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Heterochromatin protein 1 / HP1 / HP1 / Non-histone chromosomal protein C1A9 antigen


分子量: 10035.203 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 131-206 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Su(var)205, HP1, CG8409 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE3)-RIL / 参照: UniProt: P05205
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.02 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 12% PEG400, 0.1 M HEPES. Cryoprotected in 12% PEG400, 0.1 M HEPES, 33% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月17日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 8023 / Num. obs: 8023 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 52.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 37.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.475 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 397 / Rsym value: 0.475 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX精密化
CNS精密化
REFMAC5.5.0109精密化
Cootモデル構築
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2FMM

2fmm


解像度: 2.3→31.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 12.616 / SU ML: 0.144 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24613 370 4.6 %RANDOM
Rwork0.19853 ---
all0.20094 7607 --
obs0.20094 7607 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 62.534 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.79 Å20 Å20 Å2
2---1.03 Å20 Å2
3----2.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→31.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数940 0 6 37 983
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_refined_d0.0190.022959
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_other_d0.0060.02672
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_refined_deg1.4211.9691285
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_other_deg0.8431630
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_1_deg5.4845118
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_2_deg39.50424.16748
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_3_deg14.67415172
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_4_deg10.147158
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0930.2140
X-RAY DIFFRACTIONf_gen_planes_refined0.0050.021066
X-RAY DIFFRACTIONf_gen_planes_other0.0010.02198
X-RAY DIFFRACTIONf_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONf_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONf_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONf_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONf_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONf_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONf_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONf_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONf_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONf_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONf_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONf_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONf_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONf_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONf_mcbond_it0.9761.5592
X-RAY DIFFRACTIONf_mcbond_other0.0371.5244
X-RAY DIFFRACTIONf_mcangle_it1.772946
X-RAY DIFFRACTIONf_scbond_it2.4723367
X-RAY DIFFRACTIONf_scangle_it3.944.5339
X-RAY DIFFRACTIONf_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONf_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONf_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 25 -
Rwork0.22 566 -
obs--98.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.88723.68740.59549.42472.3855.6858-0.02-0.04080.296-0.2263-0.0630.3083-0.2965-0.22220.0830.03080.00970.00240.0313-0.01160.0501-19.0304-5.8247-22.3063
210.2013.2941-8.936810.4483-1.00568.26650.09020.50240.7998-0.40280.20311.2847-0.1333-0.5749-0.29340.1950.0681-0.10860.3208-0.23590.4775-22.64121.6355-16.9052
323.54555.39758.979713.77594.787526.43550.4129-0.5427-1.09660.6645-0.0907-0.79251.57290.9904-0.32220.18430.1129-0.05560.1429-0.01340.1169-14.5889-4.5241-9.0934
47.6506-2.81892.81068.8585-0.35426.5998-0.13-0.30390.08610.5908-0.03890.2525-0.083-0.51340.16890.08750.0070.01470.0556-0.01750.0198-15.70768.19484.4246
54.0514-7.03845.682219.7618-1.688816.91060.0777-0.3518-0.5330.51260.24331.23290.7185-0.9472-0.3210.1082-0.0260.01690.18660.00410.2097-22.09712.8621-1.0251
613.5965-3.24320.020412.8303-0.410114.04510.17270.4550.3303-0.3323-0.3654-1.2388-0.08031.25510.19260.0270.02270.02050.15250.03610.131-12.40816.1165-9.2443
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A141 - 178
2X-RAY DIFFRACTION2A179 - 187
3X-RAY DIFFRACTION3A188 - 200
4X-RAY DIFFRACTION4B141 - 178
5X-RAY DIFFRACTION5B179 - 187
6X-RAY DIFFRACTION6B188 - 200

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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